PDB-6q1x: Lasso peptide pandonodin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q1x

タイトル

Lasso peptide pandonodin

要素

Pandonodin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Lasso peptide / RiPPs

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pandoraea norimbergensis (バクテリア)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Link, A.J. / Cheung-Lee, W.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Pandonodin: A Proteobacterial Lasso Peptide with an Exceptionally Long C-Terminal Tail.
著者: Cheung-Lee, W.L. / Cao, L. / Link, A.J.

履歴

登録	2019年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q1x.cif.gz	196.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q1x.ent.gz	163.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q1x_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q1x_full_validation.pdf.gz	555.8 KB	表示
XML形式データ	6q1x_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	6q1x_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6gig-d 1xvk-d 6lwz-2 2fcg-d 2kgn-d 1p9i-1 2lq0-d 2me2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30651Lasso peptide pandonodin

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pandonodin

3.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	target function

#1: タンパク質・ペプチド	Pandonodin 分子量: 3330.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Isopeptide bond between N-terminus and Glu-8 side chain 由来: (組換発現) Pandoraea norimbergensis (バクテリア) 遺伝子: AT302_15525 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U2WJJ9

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D gCOSY
1	2	1	isotropic	1	2D TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D NOESY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 6 mg/mL pandonodin, Methanol-d3 / Label: 1 / 溶媒系: Methanol-d3
試料	濃度: 6 mg/mL / 構成要素: pandonodin / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 Not defined / Label: condition_1 / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
MestreLab (Mnova / MestReNova / MestReC)	11	Mestrelab Research	解析
MestreLab (Mnova / MestReNova / MestReC)	11	Mestrelab Research	chemical shift assignment
MestreLab (Mnova / MestReNova / MestReC)	11	Mestrelab Research	peak picking
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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