PDB-6pzp: Crystal structure of caspase-1 in complex with VX-765

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pzp

タイトル

Crystal structure of caspase-1 in complex with VX-765

要素

(Caspase-1) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / protease / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glucose metabolic process / carbohydrate binding / DNA damage response
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Yang, J. / Liu, Z. / Xiao, T.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of caspase-1 in complex with VX-765
著者: Yang, J. / Liu, Z. / Xiao, T.S.

履歴

登録	2019年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pzp.cif.gz	127.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pzp.ent.gz	96.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6pzp_validation.pdf.gz	755.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pzp_full_validation.pdf.gz	760.7 KB	表示
XML形式データ	6pzp_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	6pzp_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bz9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rwv-d 3d6m-d 1rwo-d 1rwn-d 2h4w-d 1sc3-d 2hby-d 2h54-d 2hbr-d 2h48-d 1rww-d 6bz9-d 1bmq-d 2hbq-d 1rwk-d 3d6h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (2)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (2)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Caspase-1

B: Caspase-1

ヘテロ分子

30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.605, 63.605, 162.107
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-503- HOH

#1: タンパク質	Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta- ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta-converting enzyme / p45 分子量: 19869.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36
#2: タンパク質	Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta- ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta-converting enzyme / p45 分子量: 10258.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36
#3: 化合物	ChemComp-P7S / N-(4-amino-3-chlorobenzene-1-carbonyl)-3-methyl-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-3-oxopropan-2-yl]-L-prolinamide 分子量: 480.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₉ClN₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.42 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.935→28.89 Å / Num. obs: 25637 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/av σ(I): 19.7 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 1.197 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1727 / CC_1/2: 0.812 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BZ9

6bz9

解像度: 1.94→28.885 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2079	1998	7.82 %
R_work	0.1671	-	-
obs	0.1702	25536	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.65 Å² / B_iso mean: 47.2287 Å² / B_iso min: 23.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.94→28.885 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2075	0	33	156	2264
B_iso mean	-	-	52.47	48.7	-
残基数	-	-	-	-	262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2158
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.842	2910
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.789	1658

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.94-1.9838	0.2941	130	0.2743	1529	92
1.9838-2.0374	0.2904	139	0.2208	1652	100
2.0374-2.0973	0.2394	140	0.2075	1640	100
2.0973-2.165	0.2552	139	0.1838	1644	100
2.165-2.2423	0.2162	142	0.1798	1665	100
2.2423-2.3321	0.227	140	0.1758	1658	100
2.3321-2.4382	0.2084	143	0.1788	1684	100
2.4382-2.5666	0.1996	142	0.1779	1667	100
2.5666-2.7273	0.2155	143	0.1804	1692	100
2.7273-2.9377	0.2264	143	0.1733	1665	100
2.9377-3.233	0.213	145	0.1743	1713	100
3.233-3.7	0.176	145	0.1548	1717	100
3.7-4.6585	0.1853	148	0.1344	1740	100
4.6585-28.885	0.2135	159	0.1694	1872	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0504	-0.1518	0.6517	0.1754	-0.2454	0.4631	-0.2977	0.6791	-0.8357	-0.0519	0.0251	0.2523	0.7584	0.3421	-0.0063	0.5654	-0.0221	0.166	0.2487	-0.1114	0.4945	-20.5092	-49.872	-9.5846
2	1.4371	0.7732	-0.6028	0.6228	-0.3448	1.936	0.337	-0.2716	-0.7176	-0.1334	0.3402	1.2753	-0.5786	-1.3007	0.1779	0.3842	-0.3825	-0.0066	0.803	-0.1809	1.229	-36.5815	-39.778	-10.1734
3	0.0165	-0.0027	-0.1441	0.1893	-0.0955	0.0504	0.3022	0.6401	0.2078	-0.3998	-0.1611	0.0931	0.064	-0.5213	0	0.3623	-0.0479	-0.0049	0.4747	-0.067	0.2931	-25.3224	-36.9039	-19.8362
4	0.5285	-0.2164	0.3907	0.2368	0.2622	1.2796	0.5269	0.217	0.2118	-0.2151	0.0126	-0.3836	0.9384	0.541	0.0996	0.1213	0.0798	0.0182	0.5045	-0.1254	0.4858	1.2794	-30.8492	-5.4297
5	0.7184	-0.3386	-0.6994	0.8131	0.4135	1.4954	0.0363	0.1148	0.0596	-0.0216	0.0015	-0.1077	0.1283	0.3972	-0	0.2857	-0.0196	0.0376	0.3916	-0.0241	0.3307	-8.5079	-30.5246	-12.4451
6	0.6204	-0.1531	-0.5886	0.2007	0.5586	0.9443	0.1719	-0.0331	0.1585	-0.1286	-0.0124	-0.1334	-0.2027	0.127	-0.0008	0.2917	-0.066	0.0384	0.3551	0.0093	0.3614	-10.3966	-20.9364	-10.4312
7	0.3624	-0.2965	0.2683	0.3146	0.2916	0.3252	0.1531	-0.3715	0.0171	0.091	-0.0228	0.0408	-0.0759	0.6891	0.0002	0.3564	-0.0639	-0.0353	0.4637	-0.0218	0.3873	-10.2176	-25.3187	16.8077
8	-0.0262	0.0486	-0.0465	0.0949	-0.0218	0.0305	-0.098	0.2614	-0.0209	0.0902	0.1259	-0.1053	-0.0903	0.0208	-0	0.2765	-0.0484	0.0313	0.3955	0.0234	0.2771	-25.947	-17.4838	-16.5767
9	0.5487	0.4579	-0.5856	0.1927	-0.391	0.3392	0.0836	-0.0591	0.0464	0.2263	-0.059	-0.0335	0.2169	0.3639	0	0.3976	0.0371	-0.0558	0.39	-0.0226	0.3475	-7.3292	-31.0675	5.2043
10	0.0724	-0.1315	0.0509	0.0181	0.0134	0.0394	-0.2762	-0.1538	0.0023	0.4555	0.0777	0.2861	0.3234	0.1134	-0.0001	0.47	0.0054	0.07	0.2935	-0.02	0.3268	-16.3765	-40.0215	0.5558
11	0.0622	-0.2146	-0.2761	0.0169	0.0509	0.3708	-0.2192	0.247	0.0718	0.4381	-0.0176	0.1523	0.2161	0.1928	0.0002	0.3822	-0.047	0.0776	0.289	-0.0203	0.3245	-23.5516	-35.3493	1.7119
12	0.3295	-0.0047	-0.0566	-0.033	0.0688	0.1825	0.1364	-0.0177	-0.3776	-0.0858	0.1693	0.2417	0.6403	0.1431	0.0077	0.4266	0.0449	-0.0239	0.331	-0.0161	0.3616	-14.3553	-30.8127	10.1755
13	0.1277	-0.2518	-0.0602	0.0865	-0.1007	0.5149	-0.0109	0.005	0.08	-0.737	-0.1297	-0.0062	-0.0025	-0.183	-0.0003	0.3146	-0.053	0.0412	0.3059	-0.0117	0.3198	-26.8797	-32.2831	-9.7677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 125 through 137 )	A	125 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 138 through 151 )	A	138 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 152 through 163 )	A	152 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 164 through 181 )	A	164 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 245 )	A	182 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 283 )	A	246 - 283
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 284 through 297 )	A	284 - 297
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 317 through 328 )	B	317 - 328
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 329 through 347 )	B	329 - 347
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 348 through 360 )	B	348 - 360
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 361 through 377 )	B	361 - 377
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 378 through 390 )	B	378 - 390
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 391 through 404 )	B	391 - 404

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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