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- PDB-6pys: Human PI3Kalpha in complex with Compound 2-10 ((3S)-3-benzyl-3-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pys
タイトルHuman PI3Kalpha in complex with Compound 2-10 ((3S)-3-benzyl-3-methyl-5-[5-(2-methylpyrimidin-5-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-dihydro-2H-indol-2-one)
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PI3Kalpha kinase / transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / IRS-mediated signalling / autosome genomic imprinting / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / cellular response to hydrostatic pressure ...response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / IRS-mediated signalling / autosome genomic imprinting / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / cellular response to hydrostatic pressure / regulation of cellular respiration / positive regulation of protein localization to membrane / Activated NTRK2 signals through PI3K / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Activated NTRK3 signals through PI3K / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / vasculature development / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / cardiac muscle cell contraction / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / Nephrin family interactions / anoikis / Signaling by LTK in cancer / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Signaling by LTK / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / relaxation of cardiac muscle / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / negative regulation of macroautophagy / PI-3K cascade:FGFR2 / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / response to dexamethasone / negative regulation of anoikis / RET signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / protein kinase activator activity / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / regulation of multicellular organism growth / intercalated disc / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of TOR signaling / RAC2 GTPase cycle / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / GAB1 signalosome / Role of phospholipids in phagocytosis / adipose tissue development / phagocytosis / endothelial cell migration / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Signaling by FGFR4 in disease / positive regulation of lamellipodium assembly / energy homeostasis / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / cardiac muscle contraction / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / response to muscle stretch / T cell costimulation / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / Downstream signal transduction / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / liver development / response to activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Regulation of signaling by CBL / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to glucose stimulus / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain ...PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P5J / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Augustin, M.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Design of selective PI3K delta inhibitors using an iterative scaffold-hopping workflow.
著者: Fradera, X. / Methot, J.L. / Achab, A. / Christopher, M. / Altman, M.D. / Zhou, H. / McGowan, M.A. / Kattar, S.D. / Wilson, K. / Garcia, Y. / Augustin, M.A. / Lesburg, C.A. / Shah, S. / ...著者: Fradera, X. / Methot, J.L. / Achab, A. / Christopher, M. / Altman, M.D. / Zhou, H. / McGowan, M.A. / Kattar, S.D. / Wilson, K. / Garcia, Y. / Augustin, M.A. / Lesburg, C.A. / Shah, S. / Goldenblatt, P. / Katz, J.D.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6144
ポリマ－109,9831
非ポリマー6313
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area39900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.440, 133.914, 141.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 109983.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 107-1051 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-P5J / (3S)-3-benzyl-3-methyl-5-[5-(2-methylpyrimidin-5-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-dihydro-2H-indol-2-one


分子量: 446.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H22N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: not available

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→97.33 Å / Num. obs: 57664 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 56.064 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 16.58
反射 シェル解像度: 2.19→2.44 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Num. unique obs: 15711 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.042 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.19→97.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.108 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.207
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 1498 2.6 %RANDOM
Rwork0.2239 ---
obs0.2248 56166 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.15 Å2 / Biso mean: 57.165 Å2 / Biso min: 19.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å2-0 Å2
2--2.38 Å2-0 Å2
3----2.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→97.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7277 0 45 166 7488
Biso mean--63.61 52.87 -
残基数----890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0521.9639903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.879315686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9125894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4324.177328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.832151222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0171540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021699
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 109 -
Rwork0.326 4084 -
all-4193 -
obs--98.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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