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- PDB-6py0: Crystal Structure of mouse Serum Amyloid A3 (SAA3) bound with Retinol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6py0
タイトルCrystal Structure of mouse Serum Amyloid A3 (SAA3) bound with Retinol
要素Serum amyloid A-3 protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Retinol binding / Asymmetric / Trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stilbenoid / Toll-like receptor 4 binding / high-density lipoprotein particle / chemoattractant activity / cellular response to interleukin-1 / acute-phase response / cell chemotaxis / response to bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serum amyloid A protein / : / Serum amyloid A protein / Serum amyloid A proteins signature. / Serum amyloid A proteins
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINOL / Serum amyloid A-3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å
データ登録者Hu, Z. / Hooper, L.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for retinol binding by serum amyloid A during infection.
著者: Hu, Z. / Bang, Y.J. / Ruhn, K.A. / Hooper, L.V.
履歴
登録2019年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum amyloid A-3 protein
B: Serum amyloid A-3 protein
C: Serum amyloid A-3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0324
ポリマ－35,7463
非ポリマー2861
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.242, 75.749, 89.263
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serum amyloid A-3 protein


分子量: 11915.195 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 19-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Saa3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04918
#2: 化合物 ChemComp-RTL / RETINOL / レチノ-ル


分子量: 286.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M trisodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 6% PEG6000, 10% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 18610 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 155009
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.245.20.8268700.6440.3710.9110.96495
2.24-2.285.40.7338970.7810.3270.8070.97697
2.28-2.326.40.69100.8750.250.6530.95898.1
2.32-2.3780.5669060.8980.210.6050.96599.5
2.37-2.428.60.4549300.9520.1620.4830.94299
2.42-2.488.90.3939200.9680.1380.4170.98999.7
2.48-2.5490.319220.9750.1080.3290.9999.9
2.54-2.6190.279170.9820.0950.2870.99899.1
2.61-2.6990.1919190.990.0670.2030.9899
2.69-2.778.40.1619200.9920.0590.1710.97798.4
2.77-2.878.60.1349210.9940.0480.1421.01399.4
2.87-2.999.30.1089450.9940.0370.1150.99799.7
2.99-3.129.20.0939230.9960.0320.0990.97799.7
3.12-3.299.20.0719490.9980.0250.0750.95699.5
3.29-3.4990.0589200.9980.020.0621.00499
3.49-3.768.30.0519330.9980.0190.0551.04297.2
3.76-4.149.20.0469390.9980.0160.0491.03199.1
4.14-4.7490.0439610.9980.0150.0460.91599.5
4.74-5.978.40.0399640.9990.0140.0420.8198.3
5.97-508.30.03810440.9990.0140.0410.93698.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.204→45.726 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 859 4.96 %
Rwork0.2181 --
obs0.2196 17327 91.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.68 Å2 / Biso mean: 37.13 Å2 / Biso min: 10.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.204→45.726 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 21 101 2545
Biso mean--57.13 38.81 -
残基数----299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1263365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.309939
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.204-2.34180.354780.2636167657
2.3418-2.52260.27791520.2422287398
2.5226-2.77640.27741550.2272291499
2.7764-3.17810.27471560.22142953100
3.1781-4.00370.23441540.1918295599
4.0037-45.720.21961640.2215309799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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