PDB-6pxb: N-Terminal SH2 domain of the p120RasGAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pxb

タイトル

N-Terminal SH2 domain of the p120RasGAP

要素

Ras GTPase-activating protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SH2 GTPase Activating Proteins Ras pathway SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of RNA metabolic process / regulation of actin filament polymerization / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of cell adhesion / blood vessel morphogenesis / negative regulation of cell-matrix adhesion / mitotic cytokinesis / ephrin receptor signaling pathway / vasculogenesis / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.747 Å

データ登録者

Jaber Chehayeb, R. / Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of p120RasGAP N-terminal SH2 domain in its apo form and in complex with a p190RhoGAP phosphotyrosine peptide.
著者: Jaber Chehayeb, R. / Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.

履歴

登録	2019年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6pxb.ent.gz	223 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6pxb_full_validation.pdf.gz	486.4 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6pxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6pxb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6pxcC 4k44S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2k7x-d 6uae-4 1j0g-d 2kou-d 6r19-1 3d8l-2 5ez0-3 6r1w-1 5fx0-d 5ez0-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/698 / データの種類: diffraction image data

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (22) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (6) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (22)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (6)
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ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (5)
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血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
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RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (4)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

F: Ras GTPase-activating protein 1

C: Ras GTPase-activating protein 1

A: Ras GTPase-activating protein 1

D: Ras GTPase-activating protein 1

E: Ras GTPase-activating protein 1

B: Ras GTPase-activating protein 1

73.6 kDa, 6 ポリマー
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1

F: Ras GTPase-activating protein 1

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Ras GTPase-activating protein 1

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Ras GTPase-activating protein 1

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ras GTPase-activating protein 1

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Ras GTPase-activating protein 1

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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6

B: Ras GTPase-activating protein 1

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.021, 64.021, 119.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))
2	1	(chain B and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))
3	1	(chain C and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))
4	1	(chain D and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))
5	1	(chain E and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))
6	1	(chain F and resid 180 through 280)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain A and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	A	C	180 - 262	9 - 91
1	2	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain A and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	A	C	265 - 280	94 - 109
2	1	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain B and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	B	F	180 - 262	9 - 91
2	2	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain B and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	B	F	265 - 280	94 - 109
3	1	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain C and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	C	B	180 - 262	9 - 91
3	2	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain C and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	C	B	265 - 280	94 - 109
4	1	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain D and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	D	D	180 - 262	9 - 91
4	2	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain D and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	D	D	265 - 280	94 - 109
5	1	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain E and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	E	E	180 - 262	9 - 91
5	2	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain E and (resid 180 through 262 or resid 265 through 280))	E	E	265 - 280	94 - 109
6	1	GLN	GLN	ASP	ASP	(chain F and resid 180 through 280)	F	A	180 - 280	9 - 109

#1: タンパク質	Ras GTPase-activating protein 1 / RasGAP / Ras p21 protein activator / p120GAP 分子量: 12266.827 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASA1, GAP, RASA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P20936
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ras GTPase-activating protein 1 / RasGAP / Ras p21 protein activator / p120GAP

分子量: 12266.827 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASA1, GAP, RASA / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P20936

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 21% PEG 10,000 0.1M Tris pH 8.0 0.2M Ammonium Acetate Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.747→50 Å / Num. obs: 55502 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 5.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.81	8	0.835	5568	0.909	0.303	0.89	0.693	99.9
1.81-1.89	8.9	0.62	5617	0.965	0.215	0.657	0.716	100
1.89-1.97	9.5	0.491	5487	0.978	0.167	0.519	0.774	100
1.97-2.07	10.1	0.3	5548	0.992	0.099	0.316	0.84	100
2.07-2.2	10	0.204	5573	0.995	0.067	0.215	0.907	100
2.2-2.38	10.6	0.165	5537	0.996	0.053	0.174	1.006	100
2.38-2.61	10.4	0.117	5517	0.997	0.038	0.123	1.065	99.8
2.61-2.99	9.8	0.091	5529	0.998	0.03	0.096	1.026	99.7
2.99-3.77	10.8	0.066	5590	0.999	0.021	0.069	1.081	100
3.77-50	10.4	0.062	5536	0.999	0.02	0.065	0.988	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4K44

4k44

解像度: 1.747→39.816 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 35.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	2810	5.1 %
R_work	0.2198	-	-
obs	0.2221	55130	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.87 Å² / B_iso mean: 50.7053 Å² / B_iso min: 22.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.747→39.816 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4920	0	0	272	5192
B_iso mean	-	-	-	47.69	-
残基数	-	-	-	-	611

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2906	X-RAY DIFFRACTION	19.969	TORSIONAL
1	2	B	2906	X-RAY DIFFRACTION	19.969	TORSIONAL
1	3	C	2906	X-RAY DIFFRACTION	19.969	TORSIONAL
1	4	D	2906	X-RAY DIFFRACTION	19.969	TORSIONAL
1	5	E	2906	X-RAY DIFFRACTION	19.969	TORSIONAL
1	6	F	2906	X-RAY DIFFRACTION	19.969	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7471-1.7772	0.398	138	0.3759	2617	98
1.7772-1.8096	0.398	144	0.3374	2592	100
1.8096-1.8444	0.3672	106	0.331	2650	99
1.8444-1.882	0.397	108	0.3172	2707	99
1.882-1.9229	0.3381	162	0.3139	2542	99
1.9229-1.9677	0.3635	120	0.3035	2646	99
1.9677-2.0169	0.3209	168	0.3018	2580	99
2.0169-2.0714	0.35	87	0.296	2649	99
2.0714-2.1324	0.3353	162	0.2866	2631	100
2.1324-2.2012	0.3025	176	0.2796	2589	100
2.2012-2.2798	0.2974	140	0.2692	2613	100
2.2798-2.3711	0.3175	150	0.2789	2628	100
2.3711-2.479	0.3194	130	0.2614	2595	99
2.479-2.6097	0.2939	130	0.2476	2634	99
2.6097-2.7731	0.2627	156	0.239	2638	100
2.7731-2.9872	0.3032	145	0.2405	2578	99
2.9872-3.2877	0.2464	141	0.2068	2622	99
3.2877-3.7631	0.23	148	0.1756	2648	100
3.7631-4.7399	0.1916	164	0.1517	2570	100
4.7399-39.816	0.2247	135	0.1798	2591	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9338	-1.7441	-1.0803	2.6045	-0.7092	2.247	0.0305	0.2125	-0.2165	-0.9851	-0.2352	-0.2355	0.8933	-0.5379	0.1148	0.4224	-0.0886	-0.0114	0.4865	-0.0347	0.2703	82.0009	15.1122	47.9442
2	0.6821	-1.3263	-0.36	2.6778	1.2799	7.6327	0.0608	0.0164	-0.1811	0.6877	0.0474	0.2969	0.4775	-0.7115	0.0437	0.3198	-0.0466	-0.0008	0.5021	-0.0038	0.3116	79.6253	15.8524	60.082
3	1.8997	-3.2592	-1.0392	8.5212	-0.2064	8.2942	0.133	0.3888	0.0148	-0.0367	-0.2077	0.4153	0.3371	-1.3186	-0.0314	0.1696	-0.0057	-0.0137	0.5218	-0.0156	0.2431	79.9628	21.0411	53.3787
4	5.1162	1.5064	3.4029	7.2464	1.8009	8.7644	-0.3024	0.0766	0.0701	0.4807	-0.2163	1.2935	0.3978	-1.4333	0.41	0.3089	-0.0255	0.077	0.7625	-0.0555	0.4586	72.8449	19.1856	54.2705
5	2.8375	0.4861	3.536	5.7142	0.9398	4.4605	-0.2882	0.5483	0.6771	-0.2935	0.0297	1.2932	0.0729	-0.4805	0.5736	0.265	0.0007	-0.1371	1.0022	0.0247	0.5329	69.3201	21.0171	49.1784
6	4.6851	0.1153	0.9071	3.0546	-2.3316	3.81	0.0097	0.2545	0.4913	-0.334	0.9014	0.6829	-1.2516	-1.6758	0.4829	0.2945	0.2681	-0.1784	1.2761	0.0724	0.3784	70.4495	24.6221	38.3647
7	3.4351	0.8048	0.2827	2.5494	-0.8981	5.1104	-0.1648	0.2202	0.0992	0.4284	0.0288	0.3608	-1.2637	-0.9686	0.0381	0.4576	0.1974	-0.0418	0.446	-0.0492	0.2693	80.2423	27.693	48.0445
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50	4.4618	5.1909	-5.1243	6.1731	-5.988	5.9085	-0.0493	-1.3586	-1.8061	0.7118	0.7009	1.8841	1.551	-3.0532	-0.5577	0.9397	-0.3039	0.1509	1.0339	0.126	0.9415	69.0434	45.953	48.5273
51	8.1279	0.9713	4.58	6.2101	2.5108	6.302	-0.2179	-0.2005	0.0448	0.3177	0.0009	0.3635	-0.3431	-0.7125	0.2769	0.304	0.1117	0.0516	0.3451	0.0068	0.2282	72.57	57.9344	49.3796
52	3.6314	-0.5934	-3.6468	7.5929	1.7651	3.8824	-0.7303	1.1357	0.7707	-0.9335	0.4975	0.6253	-0.9784	-0.8814	0.2899	0.5058	0.0266	-0.1433	0.7853	-0.0221	0.4038	71.0881	62.5262	38.6444
53	7.991	0.7911	4.0264	8.6014	-0.6569	9.6028	-0.4166	0.44	0.1066	-0.0427	0.0496	0.2751	-1.3581	-0.0776	0.3072	0.3993	-0.0025	-0.0129	0.4425	-0.0029	0.1994	77.3874	65.7233	44.7568
54	7.0064	1.083	2.0292	7.213	-0.5757	9.1687	-0.1456	-0.8	0.5725	1.2094	0.0142	-0.2704	-1.1691	-0.1625	0.2802	0.4869	-0.0514	-0.0063	0.3191	0.0171	0.3209	81.4205	64.7059	53.238
55	4.428	-0.5954	4.2696	2.9722	-4.2009	9.1566	0.1687	0.755	0.9592	-0.068	-1.8758	-2.7224	0.3328	1.9651	1.7116	0.4095	0.0908	0.0667	0.7562	0.2186	0.6458	94.0839	43.5459	53.3419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 178 through 187 )	F	178 - 187
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 188 through 198 )	F	188 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 199 through 208 )	F	199 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 209 through 226 )	F	209 - 226
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'F' and (resid 227 through 235 )	F	227 - 235
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 236 through 248 )	F	236 - 248
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'F' and (resid 249 through 275 )	F	249 - 275
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'F' and (resid 276 through 280 )	F	276 - 280
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 178 through 208 )	C	178 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 209 through 215 )	C	209 - 215
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 216 through 241 )	C	216 - 241
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 242 through 263 )	C	242 - 263
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 264 through 273 )	C	264 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 274 through 280 )	C	274 - 280
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 178 through 187 )	A	178 - 187
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 188 through 198 )	A	188 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 199 through 208 )	A	199 - 208
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 209 through 215 )	A	209 - 215
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 216 through 235 )	A	216 - 235
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 236 through 248 )	A	236 - 248
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 249 through 258 )	A	249 - 258
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resid 259 through 263 )	A	259 - 263
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 264 through 268 )	A	264 - 268
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resid 269 through 273 )	A	269 - 273
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resid 274 through 280 )	A	274 - 280
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 180 through 187 )	D	180 - 187
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 188 through 208 )	D	188 - 208
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 209 through 215 )	D	209 - 215
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 216 through 226 )	D	216 - 226
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 227 through 235 )	D	227 - 235
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 236 through 248 )	D	236 - 248
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 249 through 258 )	D	249 - 258
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 259 through 263 )	D	259 - 263
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 264 through 268 )	D	264 - 268
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 269 through 273 )	D	269 - 273
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 274 through 280 )	D	274 - 280
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 179 through 187 )	E	179 - 187
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 188 through 198 )	E	188 - 198
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 199 through 208 )	E	199 - 208
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 209 through 215 )	E	209 - 215
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 216 through 226 )	E	216 - 226
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 227 through 235 )	E	227 - 235
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 236 through 241 )	E	236 - 241
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 242 through 258 )	E	242 - 258
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 259 through 263 )	E	259 - 263
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 264 through 273 )	E	264 - 273
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'E' and (resid 274 through 280 )	E	274 - 280
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'B' and (resid 180 through 187 )	B	180 - 187
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'B' and (resid 188 through 208 )	B	188 - 208
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'B' and (resid 209 through 215 )	B	209 - 215
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'B' and (resid 216 through 241 )	B	216 - 241
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'B' and (resid 242 through 248 )	B	242 - 248
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'B' and (resid 249 through 263 )	B	249 - 263
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'B' and (resid 264 through 273 )	B	264 - 273
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'B' and (resid 274 through 280 )	B	274 - 280

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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