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- PDB-6px2: Acropora millepora GAPDH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6px2
タイトルAcropora millepora GAPDH
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex with NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Acropora millepora (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Brandt, G.S. / Fields, P.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS-1654249 米国
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2021
タイトル: Thermal stability and structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from the coral Acropora millepora.
著者: Perez, A.M. / Wolfe, J.A. / Schermerhorn, J.T. / Qian, Y. / Cela, B.A. / Kalinowski, C.R. / Largoza, G.E. / Fields, P.A. / Brandt, G.S.
履歴
登録2019年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年12月25日ID: 6DFZ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
H: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,67624
ポリマ－311,6098
非ポリマー6,06716
水4,017223
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,83812
ポリマ－155,8044
非ポリマー3,0348
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20610 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area43410 Å2
手法PISA
2
E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
H: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,83812
ポリマ－155,8044
非ポリマー3,0348
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20550 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area43340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.219, 79.117, 138.819
Angle α, β, γ (deg.)76.680, 77.700, 67.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 38951.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acropora millepora (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3F2YLZ0, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M SODIUM CITRATE, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射モノクロメーター: DOUBLE SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.95 Å / Num. obs: 183232 / % possible obs: 90.56 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 11180 / CC1/2: 0.911 / Rpim(I) all: 0.241 / Rrim(I) all: 0.341 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K9D

4k9d


解像度: 2.4→19.95 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 9143 4.99 %
Rwork0.2091 173934 -
obs0.2103 183077 78.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.51 Å2 / Biso mean: 67.64 Å2 / Biso min: 24.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20255 0 392 223 20870
Biso mean--66.41 56.74 -
残基数----2656
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.42720.34283180.3264589781
2.4272-2.45570.34933170.3151598781
2.4557-2.48560.31212910.3036572179
2.4856-2.5170.34822930.3005600080
2.517-2.55010.3183220.2888580179
2.5501-2.58490.31183110.2791597081
2.5849-2.62180.28773150.2708596681
2.6218-2.66080.32643090.2736588480
2.6608-2.70230.30153070.2664583080
2.7023-2.74650.2682770.2668583279
2.7465-2.79380.29343310.2598579379
2.7938-2.84440.27842750.2502567377
2.8444-2.8990.27113110.2395570577
2.899-2.9580.27332820.2424541174
2.958-3.02210.27452730.2322517870
3.0221-3.09210.27262920.2305495269
3.0921-3.16910.25932660.2363559576
3.1691-3.25450.2453120.2249605081
3.2545-3.34980.2412830.2141594282
3.3498-3.45740.24993190.2208600782
3.4574-3.58030.26123270.2198596581
3.5803-3.72270.2683180.2172592381
3.7227-3.8910.23363300.2066589780
3.891-4.09450.22922900.1863565577
4.0945-4.34850.22143030.1806588179
4.3485-4.68030.17333160.1619583980
4.6803-5.14390.17313060.1768585179
5.1439-5.87160.18882880.1876524272
5.8716-7.33590.19843140.1938602782
7.3359-19.950.16833470.1632646088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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