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- PDB-6pwg: Ewingella americana HopBF1 kinase bound to AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pwg
タイトルEwingella americana HopBF1 kinase bound to AMP-PNP
要素Type III effector HopBF1
キーワードTRANSFERASE / HSP90 / phosphorylation / chaperone / immunity / kinase
機能・相同性: / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / kinase activity / host cell / extracellular region / ATP binding / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Type III effector protein HopBF1 / Type III effector HopBF1
機能・相同性情報
生物種Ewingella americana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Park, B.C.
資金援助 米国, ポーランド, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)R00DK099254 米国
Robert A. Welch FoundationI-1911 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP170674 米国
Polish National Science Centre2014/15/B/NZ1/03559 ポーランド
Polish National Science Centre2017/25/B/NZ1/01883 ポーランド
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: A Bacterial Effector Mimics a Host HSP90 Client to Undermine Immunity.
著者: Lopez, V.A. / Park, B.C. / Nowak, D. / Sreelatha, A. / Zembek, P. / Fernandez, J. / Servage, K.A. / Gradowski, M. / Hennig, J. / Tomchick, D.R. / Pawlowski, K. / Krzymowska, M. / Tagliabracci, V.S.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III effector HopBF1
B: Type III effector HopBF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5239
ポリマ－45,2012
非ポリマー1,3237
水4,179232
1
A: Type III effector HopBF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3556
ポリマ－22,6001
非ポリマー7545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Type III effector HopBF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1693
ポリマ－22,6001
非ポリマー5682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.185, 76.185, 351.362
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-524-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Type III effector HopBF1


分子量: 22600.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ewingella americana (バクテリア)
遺伝子: A8A01_18940 / プラスミド: ppSumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A2N0N2I2, UniProt: A0A085GHR3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M sodium citrate, 22% PEG3000, 1 mM AMP-PNP, 5 mM manganese chloride, 1 mM TCEP, 0.05 M sodium chloride, 25% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.007 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→36.22 Å / Num. obs: 31760 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.212 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1546 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.728 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PWD

6pwd


解像度: 1.89→36.22 Å / SU ML: 0.2081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6701
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 1996 6.72 %
Rwork0.2056 --
obs0.2079 29703 92.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→36.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2748 0 82 232 3062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81593905
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.50981754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.940.3630.269864X-RAY DIFFRACTION41.51
1.94-1.990.28221100.26261532X-RAY DIFFRACTION73.21
1.99-2.050.27781380.2411926X-RAY DIFFRACTION91.61
2.05-2.120.29471510.22962087X-RAY DIFFRACTION98.72
2.12-2.190.26951500.22012080X-RAY DIFFRACTION99.64
2.19-2.280.23371510.20142085X-RAY DIFFRACTION99.78
2.28-2.390.25791520.2012122X-RAY DIFFRACTION99.78
2.39-2.510.26061510.20162091X-RAY DIFFRACTION99.78
2.51-2.670.2331530.19052127X-RAY DIFFRACTION99.69
2.67-2.880.25071530.20242112X-RAY DIFFRACTION99.74
2.88-3.160.24031550.19382139X-RAY DIFFRACTION99.65
3.16-3.620.20071530.18442137X-RAY DIFFRACTION99.39
3.62-4.560.19151550.17232158X-RAY DIFFRACTION99.23
4.56-36.220.27411610.24182247X-RAY DIFFRACTION97.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.42731712350.0835900552160.49025099064.570762831510.3144176426562.835154825330.09688166484360.362449765014-0.256710356187-0.309922319275-0.145812130123-0.3063255034420.4457763243340.3844022859450.0125997337890.2362615762210.127101075310.0004006578576390.253053322081-0.0714644677350.22076239936424.590832391217.6892587508-18.7980557279
28.32688646952-4.747303898693.751094739353.35608677078-1.874665813792.613540778270.09566830193670.0168920126816-0.7182377344540.06661403744970.03489554297960.5389839655320.4001431869280.0945245426533-0.1326622068510.1783882235470.04916446483050.03011541230990.173222647655-0.002930330197640.26392049595611.057600096318.9125896499-12.4618033149
32.07596664814-2.089730096250.2128708755024.194714548150.02924050924150.9828945158740.252788349579-0.0419959070954-0.285955672528-0.4098707174780.03815894424590.164661304770.3031404695430.118653860078-0.2335246804410.1800454373350.0316942693428-0.05507151727810.152887877896-0.03931304318460.17834032221213.741628061221.8478548059-18.7073275101
41.79038255338-0.12613406208-0.04904658924495.278367466940.6833113168920.8440664490210.04188530567210.2226284017350.08217334134630.1455663739770.0481577010195-0.4259745987280.2059771374850.371424687859-0.005938954912120.1147834373830.0515313382111-0.03013164507190.1921754484280.00675521517410.15948826662323.206202447327.2275825083-16.9036171568
53.56762254783-2.503411151983.978660516463.98526828872-0.5971878088646.88192525033-0.169863887846-0.3751178511530.7896959665090.2622817644230.040700851017-1.28548205077-0.278659266503-0.1174621262810.2265997914780.1571853433140.000631662866288-0.04867475771160.3124383192940.004394178545530.36197231598827.059914604942.6048625214-12.3049658572
67.627494627735.37543615375-3.031725959165.58624278307-3.064272460372.961480300730.03380579853460.116425498390.52828325008-0.1343850340770.06103164729450.261002533008-0.0831913942239-0.213160495334-0.1678941355710.1092215163690.0421106602558-0.002506432122610.108391552875-0.002983448173150.1344605059169.9952800826242.0424679233-13.5935295415
74.181848194560.655136678388-2.060786882181.86595476715-0.2002450467312.95798144153-0.190017053387-0.289630210732-0.5163189742090.0660692532625-0.0775480113207-0.08424654213550.2645347007980.1331823698690.2246209115580.1110709620610.03969976146040.000941703744160.1568530499990.04036575633990.16348285643812.449883300130.6950140533-9.93107618449
85.098546957481.58908080357-2.373807712985.22781456041-2.669966976684.609101973320.0340325087318-0.5122903149070.1905159616650.432612822996-0.107706933208-0.589566982078-0.2944133068730.0270141271080.1227162278320.1368560897770.0278579088348-0.04114759406140.18761726969-0.02745031012720.16920292513616.309868229943.7977560655-6.55504182487
93.88455894127-0.9508937193910.5087864333870.2705708854340.1313246744842.05181179466-0.0104735836751-0.2717770562-0.5365372943590.2956837251290.018991554128-0.07374134026771.014712227760.264514555409-0.1583791814260.5155726095550.187813823873-0.07922305905210.2027129295020.03097375073130.28090732252314.83470646669.44751809276-38.4166664674
101.5263248364-1.23068576907-1.774885332744.742324430911.723240018752.06292313163-0.169542846841-0.4470009715420.02445539729360.6449304060150.492425977381-0.2582697663810.3941432742310.480833233137-0.03088996478420.7447182553030.408980527772-0.04109209621180.0380542979399-0.1337466434870.22044564645911.053561015512.1275289528-33.4546142864
111.34264068999-1.45482587719-1.255395020742.588908577921.262280581971.244945002310.1876649670340.160195215531-0.118687281466-0.657315227895-0.204653805242-0.06096418331240.2601073733130.351181059804-0.03988782803920.6426050670770.272872587144-0.03005173156720.284865274288-0.02824975747420.21697563809415.996599414510.8471667408-46.7720638076
120.08471353475960.120274865079-0.06238880083125.934970469513.60163166692.69031750522-0.0592009321830.04311944984030.189681757445-0.6410845589870.334588764295-0.9126310661180.697234667961.08011656068-0.2455772142940.3285031383760.1831535656050.02681194619230.26844286094-0.0553927393240.24279169901118.476039253223.4037526438-46.2036490489
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 67 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 68 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 98 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 99 through 119 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 120 through 128 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 129 through 149 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 150 through 179 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 180 through 199 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 25 through 41 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 42 through 52 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 53 through 67 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 68 through 84 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 85 through 119 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 120 through 128 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 129 through 149 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 150 through 199 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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