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万見
- PDB-6pvx: RNase A in complex with p5U -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pvx
タイトルRNase A in complex with p5U
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードLYASE / RNase A / nucleotide / poly-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U5F / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Windsor, I.W. / Sheppard, S.M. / Cummins, C.C. / Raines, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA073808 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Nucleoside Tetra- and Pentaphosphates Prepared Using a Tetraphosphorylation Reagent Are Potent Inhibitors of Ribonuclease A.
著者: Shepard, S.M. / Windsor, I.W. / Raines, R.T. / Cummins, C.C.
履歴
登録2019年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3495
ポリマ－27,4172
非ポリマー1,9323
水3,783210
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9973
ポリマ－13,7081
非ポリマー1,2882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3522
ポリマ－13,7081
非ポリマー6441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.540, 32.640, 72.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-U5F / 5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]uridine


分子量: 644.101 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17N2O21P5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20 mM sodium citrate, 20% (v/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→29.42 Å / Num. obs: 34001 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2948 / CC1/2: 0.823 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.017 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1afu

1afu


解像度: 1.55→29.42 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 1983 5.83 %
Rwork0.1991 --
obs0.2008 33999 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.51 Å2 / Biso mean: 22.24 Å2 / Biso min: 6.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→29.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1894 0 144 210 2248
Biso mean--41.83 28.06 -
残基数----248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.580.3021180.25931836X-RAY DIFFRACTION82
1.58-1.630.2651430.24112321X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.680.28951440.23562281X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.730.2491420.23152289X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.790.26491440.21592307X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.860.25061370.22022295X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.950.2391500.2132318X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.050.25311410.2062302X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.180.19641410.20622330X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.350.24131440.20472286X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.590.2171450.19932325X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.960.22671440.20112348X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.730.21881420.17412349X-RAY DIFFRACTION100
3.73-29.420.21480.17762429X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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