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- PDB-6pv5: Structure of CpGH84B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pv5
タイトルStructure of CpGH84B
要素Putative O-GlcNAcase nagJ
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate derivative metabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 ...: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative O-GlcNAcase nagJ
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2019
タイトル: Structural and functional analysis of four family 84 glycoside hydrolases from the opportunistic pathogen Clostridium perfringens.
著者: Pluvinage, B. / Massel, P.M. / Burak, K. / Boraston, A.B.
履歴
登録2019年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative O-GlcNAcase nagJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1936
ポリマ－70,8821
非ポリマー3105
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area23340 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)171.389, 171.389, 128.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-743-

HOH

21A-774-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative O-GlcNAcase nagJ


分子量: 70882.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A
遺伝子: CPF_0875 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2YTZ1
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris HCl and 2.0 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→39.24 Å / Num. obs: 37842 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.18→2.3 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 5487 / CC1/2: 0.943 / Rpim(I) all: 0.168 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V5C

2v5c


解像度: 2.18→39.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.221 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 1861 4.9 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1908 35974 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.62 Å2 / Biso mean: 43.243 Å2 / Biso min: 15.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→39.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4339 0 20 234 4593
Biso mean--50.64 45.62 -
残基数----567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0124492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.6326095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6795574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35624.318220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.34815718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.981516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023460
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.237 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 150 -
Rwork0.254 2597 -
all-2747 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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