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- PDB-6pun: Crystal structure of a ternary complex of FBF-2 with LST-1 (site ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pun
タイトルCrystal structure of a ternary complex of FBF-2 with LST-1 (site B) and compact FBE RNA
要素
  • Fem-3 mRNA-binding factor 2
  • LST-1
  • RNA (5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / PUF / protein-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sex differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / G-protein alpha-subunit binding / mRNA 3'-UTR binding / regulation of gene expression / cell differentiation / negative regulation of translation / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Lateral signaling target 1 protein / Fem-3 mRNA-binding factor 2 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Qiu, C. / Campbell, Z.T. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: A crystal structure of a collaborative RNA regulatory complex reveals mechanisms to refine target specificity.
著者: Qiu, C. / Bhat, V.D. / Rajeev, S. / Zhang, C. / Lasley, A.E. / Wine, R.N. / Campbell, Z.T. / Tanaka Hall, T.M.T.
履歴
登録2019年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fem-3 mRNA-binding factor 2
B: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*U)-3')
C: Fem-3 mRNA-binding factor 2
D: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*U)-3')
E: LST-1
F: LST-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,09612
ポリマ－105,7336
非ポリマー3636
水2,990166
1
A: Fem-3 mRNA-binding factor 2
B: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*U)-3')
E: LST-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1688
ポリマ－52,8663
非ポリマー3015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
2
C: Fem-3 mRNA-binding factor 2
D: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*U)-3')
F: LST-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9294
ポリマ－52,8663
非ポリマー621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.751, 74.380, 81.547
Angle α, β, γ (deg.)107.170, 104.400, 101.760
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 3種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Fem-3 mRNA-binding factor 2


分子量: 47019.055 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 164-575 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: fbf-2, F21H12.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPuls(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q09312
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*U)-3')


分子量: 2527.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: タンパク質・ペプチド LST-1


分子量: 3319.860 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 64-88 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86RT0, UniProt: P91820*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 172分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17-20% w/v PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→50 Å / Num. obs: 50128 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 41.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.294 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.146.50.74925140.8650.3120.8130.93697.1
2.14-2.186.60.67925240.8920.2820.7360.9298.6
2.18-2.226.50.56925560.9170.2380.6180.97998.5
2.22-2.266.40.4925680.9360.2060.5331.08497.5
2.26-2.316.40.43525210.9390.1830.4731.05798.7
2.31-2.376.30.3625340.9640.1520.3911.11397.6
2.37-2.426.30.31425040.9690.1330.3421.22997.9
2.42-2.495.90.26224870.9760.1150.2871.30595.3
2.49-2.565.90.25521890.9740.1120.2791.33184.6
2.56-2.656.60.21524640.9820.0890.2331.43495
2.65-2.747.20.18725400.9880.0740.2011.42498.5
2.74-2.857.10.16725860.990.0670.181.52899.4
2.85-2.987.20.14925720.990.060.1611.44799.6
2.98-3.147.10.12725410.9920.0510.1371.47999.3
3.14-3.3370.11125700.9930.0450.121.59499.4
3.33-3.596.80.09725850.9940.040.1051.7999.3
3.59-3.956.60.08925620.9940.0370.0971.40698.7
3.95-4.5260.07724730.9950.0340.0851.26396.3
4.52-5.76.40.07722760.9940.0330.0841.287.9
5.7-5070.09225620.990.0380.0991.19699

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3V74

3v74


解像度: 2.099→42.691 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 2000 3.99 %
Rwork0.1984 --
obs0.2001 50104 96.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.71 Å2 / Biso mean: 54.4985 Å2 / Biso min: 25.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.099→42.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6502 317 23 166 7008
Biso mean--67.48 50.12 -
残基数----830
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.099-2.15150.33251410.2966338994
2.1515-2.20960.35691440.2733346199
2.2096-2.27470.29681440.2508348098
2.2747-2.34810.25431460.2336351298
2.3481-2.4320.26981450.2251345798
2.432-2.52940.24381340.2301325091
2.5294-2.64450.27181350.2237324691
2.6445-2.78390.26881460.2184349699
2.7839-2.95820.21191460.2161352299
2.9582-3.18660.251480.2147354399
3.1866-3.50710.2421470.205353599
3.5071-4.01430.21941450.1769350499
4.0143-5.05630.2391330.1638319089
5.0563-42.6910.21161460.1796351999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39750.37340.31560.81020.95481.9832-0.0269-0.0019-0.00270.02560.064-0.01080.02060.2084-0.04650.28570.02820.02430.33320.00420.3419-21.6104-18.828830.6786
20.1098-0.01780.05951.18051.55582.11490.0081-0.07080.0850.3205-0.23270.34770.4884-0.3750.20480.5413-0.06610.08050.5574-0.08570.4034-31.7057-18.39437.9916
30.65920.1734-0.18820.99780.50671.8456-0.0268-0.04420.11110.0261-0.02350.0688-0.12380.06690.0550.2805-0.0298-0.0410.33750.01660.3488-33.18627.987112.4524
40.3883-0.01210.28131.0571.04982.22370.0864-0.28670.2660.0278-0.0217-0.1815-0.39440.26920.00880.5492-0.17490.00540.5444-0.05730.3666-24.166313.808115.0217
51.43320.447-0.13511.985-0.20051.8019-0.04020.17390.22820.11640.0305-0.3421-0.67750.41570.02890.7221-0.148-0.07250.6416-0.06820.6738-23.38978.130751.0508
61.83980.49360.33233.6566-0.49863.0039-0.1558-0.1639-0.030.45170.0455-0.50050.1432-0.19850.13230.68820.0059-0.01440.7237-0.10410.7821-28.756716.700644.9447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 167 through 568)A167 - 568
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 8)B1 - 8
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 167 through 564)C167 - 564
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 2 through 8)D2 - 8
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 76 through 80)E76 - 80
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 75 through 80)F75 - 80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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