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Yorodumi- PDB-6pul: Structure of human MAIT A-F7 TCR in complex with human MR1 3'D-5-OP-RU -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6pul | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of human MAIT A-F7 TCR in complex with human MR1 3'D-5-OP-RU | ||||||
 Components | 
  | ||||||
 Keywords | IMMUNE SYSTEM / MAIT / MR1 / Metablite presentation | ||||||
| Function / homology |  Function and homology informationpositive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function  | ||||||
| Biological species |  Homo sapiens (human) | ||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84 Å  | ||||||
 Authors | Awad, W. / Keller, A.N. / Rossjohn, J. | ||||||
| Funding support |   Australia, 1items 
  | ||||||
 Citation |  Journal: Nat.Immunol. / Year: 2020Title: The molecular basis underpinning the potency and specificity of MAIT cell antigens. Authors: Awad, W. / Ler, G.J.M. / Xu, W. / Keller, A.N. / Mak, J.Y.W. / Lim, X.Y. / Liu, L. / Eckle, S.B.G. / Le Nours, J. / McCluskey, J. / Corbett, A.J. / Fairlie, D.P. / Rossjohn, J.  | ||||||
| History | 
  | 
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil Jmol/JSmol | 
|---|
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format |  6pul.cif.gz | 860 KB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb6pul.ent.gz | 591.3 KB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  6pul.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  6pul_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  6pul_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
| Data in XML |  6pul_validation.xml.gz | 79.2 KB | Display | |
| Data in CIF |  6pul_validation.cif.gz | 119.2 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pul | HTTPS FTP  | 
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6pucC ![]() 6pudC ![]() 6pueC ![]() 6pufC ![]() 6pugC ![]() 6puhC ![]() 6puiC ![]() 6pujC ![]() 6pukC ![]() 6pumC ![]() 4l4tS S: Starting model for refinement C: citing same article (  | 
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| Similar structure data | 
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]() 
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| 1 | ![]() 
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| 2 | ![]() 
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| Unit cell | 
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Components
-Protein , 4 types, 8 molecules ACBDEGFH       
| #1: Protein | Mass: 31711.670 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Gene: MR1 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 22781.268 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Gene: TRA@ / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 27677.760 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Production host: ![]()  | 
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1809 molecules 








| #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Chemical |  ChemComp-ACT /  | #8: Chemical | ChemComp-NA / #9: Water |  ChemComp-HOH /  |  | 
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y | 
|---|---|
| Has protein modification | Y | 
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1  | 
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.04 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM BTP (pH 6.0 - 6.5), 8-20% PEG3350 and 200 mM sodium acetate  | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  Australian Synchrotron   / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95372 Å | 
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 3, 2018 | 
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection | Resolution: 1.84→49.49 Å / Num. obs: 178381 / % possible obs: 98.77 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / CC1/2: 0.04859 / Net I/σ(I): 15.2 | 
| Reflection shell | Resolution: 1.84→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.7747 / Num. unique obs: 17570 | 
-
Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4L4T Resolution: 1.84→49.49 Å / SU ML: 0.1928 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.744 
  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 44.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→49.49 Å
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| Refine LS restraints | 
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| LS refinement shell | 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | 
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Homo sapiens (human)
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