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- PDB-6pu1: Cysteine stabilized hexameric HIV-1 CA in complex with SEC24C peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pu1
タイトルCysteine stabilized hexameric HIV-1 CA in complex with SEC24C peptide
要素
  • Gag polyprotein
  • Protein transport protein Sec24C
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid / co-factor / HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / viral budding via host ESCRT complex / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / SNARE binding ...COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / viral budding via host ESCRT complex / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / SNARE binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / in utero embryonic development / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain ...: / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Gag polyprotein / Gag polyprotein / Protein transport protein Sec24C
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Lindenberger, J.J. / Kvaratskhelia, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI062520 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cysteine stabilized hexameric HIV-1 CA in complex with SEC24C peptide
著者: Lindenberger, J.J. / Kvaratskhelia, M.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein
B: Protein transport protein Sec24C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3488
ポリマ－26,8612
非ポリマー4876
水48627
1
A: Gag polyprotein
B: Protein transport protein Sec24C
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,08748
ポリマ－161,16512
非ポリマー2,92236
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area27000 Å2
ΔGint-323 kcal/mol
Surface area59590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.580, 92.580, 58.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Gag polyprotein


分子量: 25461.271 Da / 分子数: 1 / 変異: A14C, E45C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Protein transport protein Sec24C / SEC24-related protein C


分子量: 1399.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53992
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG3350, 24% glycerol, 0.35 M NaI, 50 mM sodium cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→47 Å / Num. obs: 13073 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 55.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / Num. unique obs: 1264

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.16_3546精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U0A

4u0a


解像度: 2.28→47 Å / SU ML: 0.3571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.0912
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 578 4.46 %
Rwork0.2321 --
obs0.2338 12971 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 6 27 1739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00231745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46882372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0367264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.93091067
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.510.381590.3262991X-RAY DIFFRACTION97.1
2.51-2.870.30911410.27683095X-RAY DIFFRACTION99.88
2.87-3.620.26871430.24833116X-RAY DIFFRACTION99.97
3.62-470.24891350.20713191X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.9293963818 Å / Origin y: -18.2546873472 Å / Origin z: -15.3463541017 Å
111213212223313233
T0.4751326991 Å2-0.133041440518 Å2-0.00371171646911 Å2-0.422532366028 Å20.00893761163169 Å2--0.397621929629 Å2
L2.01395493006 °2-0.976506599394 °2-0.504156209654 °2-3.23699448382 °21.38790089702 °2--2.90942311369 °2
S-0.14005471688 Å °0.0328037306678 Å °0.0524366605821 Å °0.162519657052 Å °0.0390359971699 Å °-0.0864328645579 Å °0.559492159279 Å °-0.289529689784 Å °0.0937392318192 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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