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万見
- PDB-6ptg: Structure of RNA polymerase binding protein and transcriptional r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ptg
タイトルStructure of RNA polymerase binding protein and transcriptional regulator Dks from Chlamydia trachomatis L2 (LGV434)
要素DnaK Suppressor
キーワードTRANSCRIPTION / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性DksA, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, DksA/TraR C4-type / Prokaryotic dksA/traR C4-type zinc finger / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger profiles. / zinc ion binding / DnaK Suppressor
機能・相同性情報
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of RNA polymerase binding protein and transcriptional regulator Dks from Chlamydia trachomatis L2 (LGV434)
著者: Abendroth, J. / Buchko, G.W. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.title / _entity.pdbx_fragment ..._citation.title / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.title / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaK Suppressor
B: DnaK Suppressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9742
ポリマ－29,9742
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10500 Å2
2
A: DnaK Suppressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9871
ポリマ－14,9871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: DnaK Suppressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9871
ポリマ－14,9871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.420, 83.420, 99.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 25 or (resid 63...
21(chain B and (resid 2 through 25 or resid 63...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTHRTHR(chain A and (resid 2 through 25 or (resid 63...AA2 - 2510 - 33
12THRTHRTYRTYR(chain A and (resid 2 through 25 or (resid 63...AA63 - 6771 - 75
13METMETSERSER(chain A and (resid 2 through 25 or (resid 63...AA1 - 1229 - 130
14METMETSERSER(chain A and (resid 2 through 25 or (resid 63...AA1 - 1229 - 130
15METMETSERSER(chain A and (resid 2 through 25 or (resid 63...AA1 - 1229 - 130
16METMETSERSER(chain A and (resid 2 through 25 or (resid 63...AA1 - 1229 - 130
21PROPROTHRTHR(chain B and (resid 2 through 25 or resid 63...BB2 - 2510 - 33
22THRTHRVALVAL(chain B and (resid 2 through 25 or resid 63...BB63 - 11071 - 118
23LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 2 through 25 or resid 63...BB111119
24PROPROGLYGLY(chain B and (resid 2 through 25 or resid 63...BB2 - 12310 - 131
25PROPROGLYGLY(chain B and (resid 2 through 25 or resid 63...BB2 - 12310 - 131
26PROPROGLYGLY(chain B and (resid 2 through 25 or resid 63...BB2 - 12310 - 131

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要素

#1: タンパク質 DnaK Suppressor


分子量: 14986.935 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (strain L2 (LGV434)) (トラコーマクラミジア)
株: L2 (LGV434) / プラスミド: ChtrB.19237.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O84412*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Optimization screen HRCS_B5_PEG4000-3350, based on Hampton Research Crystal Screen B5, condition H3: 200mM Lithium sulfate, 25% (w/V) PEG 4000, 100mM Tris Base / HCl pH 8.5: ChtrB.19237.a.B1. ...詳細: Optimization screen HRCS_B5_PEG4000-3350, based on Hampton Research Crystal Screen B5, condition H3: 200mM Lithium sulfate, 25% (w/V) PEG 4000, 100mM Tris Base / HCl pH 8.5: ChtrB.19237.a.B1.PW38581 at 24mg/ml, grown at 14C: cryo: 15% EG: tray 310000 h3: puck lkp6-3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月27日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→30.024 Å / Num. obs: 8668 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.108 % / Biso Wilson estimate: 63.378 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 20.54 / Num. measured all: 52942
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.95-3.036.2250.6253.1239096356280.890.68298.9
3.03-3.116.3530.4814.1938186106010.8970.52498.5
3.11-3.26.2150.3425.7936795985920.9670.37399
3.2-3.36.1960.2357.7436435935880.9870.25799.2
3.3-3.416.2680.1819.835735745700.9920.19799.3
3.41-3.536.2430.13312.3933465425360.9980.14598.9
3.53-3.666.2250.11714.6132935365290.9960.12798.7
3.66-3.816.140.08319.632055275220.9970.0999.1
3.81-3.986.1550.07721.3129424834780.9980.08599
3.98-4.176.2130.06225.1129704814780.9980.06899.4
4.17-4.46.1350.04929.5727364504460.9980.05399.1
4.4-4.666.1450.04533.325444184140.9990.04999
4.66-4.996.0520.0531.0924454094040.9980.05598.8
4.99-5.396.0130.04631.6422793813790.9980.0599.5
5.39-5.95.9370.05228.7220843543510.9990.05799.2
5.9-6.65.8220.04234.7818343163150.9980.04699.7
6.6-7.625.8930.03144.3117152932910.9990.03499.3
7.62-9.335.6860.02549.1139324824510.02898.8
9.33-13.195.4790.02356.0610521951920.9990.02598.5
13.19-30.0244.4220.02545.494821281090.9990.02885.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3500)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MR-Rosetta位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MR-Rosetta, using input from PDB codes 4ijj, 1tjl, 2kq9, 2kgo, and 5w1s

4ijj

1tjl

2kq9

2kgo

5w1s


解像度: 2.95→30.024 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.85
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 835 9.65 %0
Rwork0.1823 ---
obs0.1866 8651 98.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 181.16 Å2 / Biso mean: 73.7569 Å2 / Biso min: 29.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→30.024 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1270 0 0 23 1293
Biso mean---53.43 -
残基数----171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5421721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.278808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004216
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A788X-RAY DIFFRACTION4.587TORSIONAL
12B788X-RAY DIFFRACTION4.587TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9502-3.13490.32791330.2636127199
3.1349-3.37660.2671320.2246127199
3.3766-3.71590.24931230.1949130498
3.7159-4.25230.24141490.1679128799
4.2523-5.35250.20981290.1566132299
5.3525-30.0240.19561690.1746136199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.87372.40310.19232.40640.18494.2583-0.09470.30350.03670.2396-0.1994-1.2785-0.22831.2890.19950.5145-0.0597-0.0560.8427-0.1250.569456.904231.049157.9523
26.0476-1.06350.08835.721-4.72313.9824-0.3134-0.12410.31320.9276-0.10310.2913-1.4389-0.03040.36380.66260.0018-0.02320.7396-0.19370.580747.328236.639360.7916
39.45041.4106-5.66666.9949-1.03843.4138-0.4779-0.1208-0.36410.6748-0.0451-0.32570.3773-0.11980.52060.54760.0378-0.0990.5607-0.09490.383746.80924.227460.2933
44.6453-2.16270.2984.5834-0.02820.0238-0.03641.359-0.0611-1.50790.13660.7433-0.8416-1.92390.0080.78590.0917-0.04711.02770.14290.465432.919929.063159.2556
53.35072.7747-1.60747.73590.59499.8565-0.5892-0.479-0.8587-0.31390.0209-0.56640.82740.38770.59530.67050.02080.02920.45960.06650.5945.74036.775841.0841
67.0672.92071.14166.58292.66467.8260.0714-0.73750.1362-0.207-0.089-0.0913-0.07460.04480.08240.45870.01390.04150.42260.01980.302444.916519.991843.3261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 24 )A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 81 )A25 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 109 )A82 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 110 through 122 )A110 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 81 )B2 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 82 through 123 )B82 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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