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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6psl | |||||||||
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タイトル | Structure of a N-Me-D-Gln4,D-aza-Thr8,Arg10-teixobactin analogue | |||||||||
![]() | teixobactin analogue | |||||||||
![]() | ANTIBIOTIC / teixobactin / azateixobactin | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nowick, J.S. / Yang, H. / Pishenko, A. / Li, X. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Design, Synthesis, and Study of Lactam and Ring-Expanded Analogues of Teixobactin. 著者: Yang, H. / Pishenko, A.V. / Li, X. / Nowick, J.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 16.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 8.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1276.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.43 Å3/Da |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.16 M CaCl2, 0.1 M HEPES Na pH 7.00, 24% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→15.28 Å / Num. obs: 535 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 45.7 % / Biso Wilson estimate: 8.89 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 78.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.35 Å / 冗長度: 33.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 52.7 / Num. unique obs: 144 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.067 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→15.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.12 |