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- PDB-6psl: Structure of a N-Me-D-Gln4,D-aza-Thr8,Arg10-teixobactin analogue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6psl
タイトルStructure of a N-Me-D-Gln4,D-aza-Thr8,Arg10-teixobactin analogue
要素teixobactin analogue
キーワードANTIBIOTIC / teixobactin / azateixobactin
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nowick, J.S. / Yang, H. / Pishenko, A. / Li, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R21AI121548-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56AI137258 米国
引用ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2020
タイトル: Design, Synthesis, and Study of Lactam and Ring-Expanded Analogues of Teixobactin.
著者: Yang, H. / Pishenko, A.V. / Li, X. / Nowick, J.S.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22021年9月15日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: teixobactin analogue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3122
ポリマ－1,2771
非ポリマー351
水724
1
A: teixobactin analogue
ヘテロ分子

A: teixobactin analogue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6244
ポリマ－2,5532
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area1030 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area2320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)20.024, 20.024, 32.328
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド teixobactin analogue


分子量: 1276.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.43 Å3/Da
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.16 M CaCl2, 0.1 M HEPES Na pH 7.00, 24% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.77 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15.28 Å / Num. obs: 535 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 45.7 % / Biso Wilson estimate: 8.89 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 78.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.35 Å / 冗長度: 33.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 52.7 / Num. unique obs: 144 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.067 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→15.28 Å / SU ML: 0.1742 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 6.2054
Rfactor反射数%反射
Rfree0.117 --
Rwork0.092 --
obs-535 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 8.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数89 0 1 4 94
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.116118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001913
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.301840
LS精密化 シェル最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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