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- PDB-6pny: X-ray Structure of Flpp3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pny
タイトルX-ray Structure of Flpp3
要素Flpp3
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / Virulence Determinant / Lipoprotein (リポタンパク質)
機能・相同性Lipoprotein Flpp3-like / Protein of unknown function (DUF3568) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Uncharacterized protein / Hypothetical lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zook, J.D. / Shekhar, M. / Hansen, D.T. / Conrad, C. / Grant, T.D. / Gupta, C. / White, T. / Barty, A. / Basu, S. / Zhao, Y. ...Zook, J.D. / Shekhar, M. / Hansen, D.T. / Conrad, C. / Grant, T.D. / Gupta, C. / White, T. / Barty, A. / Basu, S. / Zhao, Y. / Zatsepin, N.A. / Ishchenko, A. / Batyuk, A. / Gati, C. / Li, C. / Galli, L. / Coe, J. / Hunter, M. / Liang, M. / Weierstall, U. / Nelson, G. / James, D. / Stauch, B. / Craciunescu, F. / Thifault, D. / Liu, W. / Cherezov, V. / Singharoy, A. / Fromme, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: XFEL and NMR Structures of Francisella Lipoprotein Reveal Conformational Space of Drug Target against Tularemia.
著者: Zook, J. / Shekhar, M. / Hansen, D. / Conrad, C. / Grant, T. / Gupta, C. / White, T. / Barty, A. / Basu, S. / Zhao, Y. / Zatsepin, N. / Ishchenko, A. / Batyuk, A. / Gati, C. / Li, C. / Galli, ...著者: Zook, J. / Shekhar, M. / Hansen, D. / Conrad, C. / Grant, T. / Gupta, C. / White, T. / Barty, A. / Basu, S. / Zhao, Y. / Zatsepin, N. / Ishchenko, A. / Batyuk, A. / Gati, C. / Li, C. / Galli, L. / Coe, J. / Hunter, M. / Liang, M. / Weierstall, U. / Nelson, G. / James, D. / Stauch, B. / Craciunescu, F. / Thifault, D. / Liu, W. / Cherezov, V. / Singharoy, A. / Fromme, P.
履歴
登録2019年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flpp3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3301
ポリマ－13,3301
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.000, 51.900, 68.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Flpp3


分子量: 13329.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: BZ14_1359 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A454XXY1, UniProt: Q5NF33*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.76 %
結晶化温度: 300 K / 手法: batch mode / 詳細: Sodium Chloride, Calcium Chloride, Sodium Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→19 Å / Num. obs: 16570 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 217 % / Biso Wilson estimate: 22.85 Å2 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Num. unique obs: 1143
Serial crystallography measurementCollection time total: 1 hours / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse energy: 2.49 µJ / Pulse photon energy: 8.7 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: LCP Injection / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: LCP / Flow rate: 0.16 µL/min / Injector diameter: 50 µm
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 82157 / Frames failed index: 29458 / Frames indexed: 52699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260モデル構築
PHENIX1.14_3260精密化
iMOSFLMデータ削減
CrystFELデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MU4

2mu4


解像度: 1.65→19 Å / SU ML: 0.286 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.6538
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 596 4.77 %
Rwork0.1975 --
obs0.1994 12490 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数910 0 0 118 1028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58441307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.1391782
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.820.36071470.32112894X-RAY DIFFRACTION99.93
1.82-2.080.27241480.21142926X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.620.22031480.18552970X-RAY DIFFRACTION100
2.62-19.030.21651530.18353104X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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