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- PDB-6pnx: Crystal Structure of an Asymmetric Dimer of FGF Receptor 3 Kinase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pnx
タイトルCrystal Structure of an Asymmetric Dimer of FGF Receptor 3 Kinases Trapped in A-loop Tyrosine Transphosphorylation Reaction
要素Fibroblast growth factor receptor 3
キーワードTRANSFERASE / Tyrosine kinase / Transphosphorylation / Asymmetric dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / FGFR3b ligand binding and activation / positive regulation of phospholipase activity / Signaling by activated point mutants of FGFR3 ...t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / FGFR3b ligand binding and activation / positive regulation of phospholipase activity / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / endochondral ossification / fibroblast growth factor receptor activity / bone morphogenesis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / PI-3K cascade:FGFR3 / bone mineralization / fibroblast growth factor binding / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chondrocyte differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / SHC-mediated cascade:FGFR3 / transport vesicle / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / Negative regulation of FGFR3 signaling / skeletal system development / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / MAPK cascade / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Fibroblast growth factor receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Mohammadi, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)R01 DE13686 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for receptor tyrosine kinase A-loop tyrosine transphosphorylation.
著者: Chen, L. / Marsiglia, W.M. / Chen, H. / Katigbak, J. / Erdjument-Bromage, H. / Kemble, D.J. / Fu, L. / Ma, J. / Sun, G. / Zhang, Y. / Liang, G. / Neubert, T.A. / Li, X. / Traaseth, N.J. / Mohammadi, M.
履歴
登録2019年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 3
B: Fibroblast growth factor receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2906
ポリマ－73,0882
非ポリマー1,2034
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR spectroscopy, Cell-based assays
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area29260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.686, 93.253, 75.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 3 / FGFR-3


分子量: 36543.855 Da / 分子数: 2 / 変異: C482A, C582S, R669E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR3, JTK4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22607, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, and 1.8 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→48.58 Å / Num. obs: 73565 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.199→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5907 / Rrim(I) all: 1.03 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K33

4k33


解像度: 2.199→39.378 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 3919 5.33 %
Rwork0.1928 --
obs0.1947 73565 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 242.12 Å2 / Biso mean: 74.7675 Å2 / Biso min: 28.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.199→39.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4625 0 72 249 4946
Biso mean--138.62 64.78 -
残基数----585
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1992-2.22610.33041350.3234236694
2.2261-2.25420.31211340.3217242198
2.2542-2.28390.32941450.3431251899
2.2839-2.31520.34621390.31212459100
2.3152-2.34830.30821400.27942543100
2.3483-2.38330.27831400.27522437100
2.3833-2.42050.2591420.26132502100
2.4205-2.46020.24261430.26112508100
2.4602-2.50260.30861390.25932508100
2.5026-2.54810.31321390.25412453100
2.5481-2.59710.26321440.25322559100
2.5971-2.65010.26921400.23512477100
2.6501-2.70770.2221430.22142496100
2.7077-2.77070.2861380.22342470100
2.7707-2.840.27321420.22482525100
2.84-2.91670.27431380.22482504100
2.9167-3.00250.26581380.21492505100
3.0025-3.09940.21821400.21352480100
3.0994-3.21020.261400.21052495100
3.2102-3.33860.27221390.2082486100
3.3386-3.49050.24161390.19432489100
3.4905-3.67440.28291410.18472497100
3.6744-3.90440.19651420.17062497100
3.9044-4.20550.18561390.15712501100
4.2055-4.62820.17981400.1482497100
4.6282-5.29650.20521390.15412468100
5.2965-6.66780.19061410.17152498100
6.6678-39.37420.18061400.1461248799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2022-0.96910.39043.8654-1.34281.76970.23190.2440.0027-0.1676-0.10010.2134-0.1915-0.3528-0.08360.37740.11850.00870.478-0.00780.28834.7953-20.4749-20.112
22.26232.7220.37984.98320.76840.86970.3689-0.32620.13830.6833-0.41780.20160.1614-0.16830.03230.4787-0.11850.01350.4892-0.01980.339216.064-17.249816.4543
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 456 through 757)A456 - 757
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 455 through 756)B455 - 756

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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