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万見
- PDB-6pnl: Structure of Epimerase Mth375 from the thermophilic pseudomurein-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pnl
タイトルStructure of Epimerase Mth375 from the thermophilic pseudomurein-containing methanogen Methanothermobacter thermautotrophicus
要素UDP-glucose 4-epimerase related protein
キーワードISOMERASE / Pseudomurein / UDP-N-acetylglucosamine / epimerase / cell wall / Methanothermobacter
機能・相同性NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glucose 4-epimerase related protein
機能・相同性情報
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Carbone, V. / Schofield, L.R. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandAGR1301 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a UDP-GALE 4-epimerase (Mth375) from the thermophilic pseudomurein-containing methanogen Methanothermobacter thermautotrophicus
著者: Carbone, V. / Schofield, L.R. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: database_2 / entity_src_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年12月27日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / struct / Item: _entity.pdbx_ec / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose 4-epimerase related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3997
ポリマ－42,0491
非ポリマー1,3506
水4,306239
1
A: UDP-glucose 4-epimerase related protein
ヘテロ分子

A: UDP-glucose 4-epimerase related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,79814
ポリマ－84,0992
非ポリマー2,70012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area8170 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.311, 89.311, 174.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-676-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-glucose 4-epimerase related protein


分子量: 42049.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O26475

-
非ポリマー , 5種, 245分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Sodium chloride, 1.6 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium HEPES, 3.0% w/v 1,8-Diaminooctane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953653 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953653 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→46.52 Å / Num. obs: 28060 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.01-2.0718.70.9873661119580.8674.696.3
9-46.5213.90.07456114050.99527.599.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.351
最高解像度最低解像度
Rotation46.52 Å2.13 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PMH

6pmh


解像度: 2.01→46.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.015 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1551 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.133
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1895 1379 4.9 %RANDOM
Rwork0.1619 ---
obs0.1633 26639 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.01 Å2 / Biso mean: 22.501 Å2 / Biso min: 10.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.12 Å20 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 86 240 3033
Biso mean--24.42 31.28 -
残基数----336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192944
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.9864008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95436225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.125350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43323.758149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73915470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7091523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02718
LS精密化 シェル解像度: 2.014→2.066 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 86 -
Rwork0.201 1902 -
all-1988 -
obs--97.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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