PDB-6pll: Crystal structure of the ZIG-8 IG1 homodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pll

タイトル

Crystal structure of the ZIG-8 IG1 homodimer

要素

Zwei Ig domain protein zig-8

キーワード

CELL ADHESION / Cell Surface Receptor / Immunoglobulin Superfamily / Nervous System / Homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

neuron projection membrane / synapse organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.693 Å

データ登録者

Cheng, S. / Ozkan, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Family of neural wiring receptors in bilaterians defined by phylogenetic, biochemical, and structural evidence.
著者: Cheng, S. / Park, Y. / Kurleto, J.D. / Jeon, M. / Zinn, K. / Thornton, J.W. / Ozkan, E.

履歴

登録	2019年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pll.cif.gz	157.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pll.ent.gz	124.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6pll_validation.pdf.gz	284.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pll_full_validation.pdf.gz	284.2 KB	表示
XML形式データ	6pll_validation.xml.gz	1.2 KB	表示
CIF形式データ	6pll_validation.cif.gz	4.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/6pll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/6pll	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6on6C 6on9SC 6onbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3haw-2 3i2l-2 1cuo-d 4koc-d 3hgb-d 2hx7-2 2hx7-1 4hi4-5 3rur-4 3k2p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (2)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Zwei Ig domain protein zig-8

B: Zwei Ig domain protein zig-8

C: Zwei Ig domain protein zig-8

ヘテロ分子

43.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Zwei Ig domain protein zig-8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Very weak dimer, approx KD of 5 millimolar
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Zwei Ig domain protein zig-8

B: Zwei Ig domain protein zig-8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.560, 73.560, 270.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質

Zwei Ig domain protein zig-8 / 2 Ig domain protein zig-8

分子量: 14297.955 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: zig-8, Y39E4B.8 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G5ED00

#2: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium dihydrogen phosphate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791928 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月13日
放射	モノクロメーター: Si (111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791928 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 12889 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.225 / R_rim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 15.33
反射シェル	解像度: 2.69→2.86 Å / 冗長度: 17.7 % / R_merge(I) obs: 2.597 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 1967 / CC_1/2: 0.529 / R_rim(I) all: 2.673 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
XDS	20190315	データ削減
XDS	20190315	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ON9

6on9

解像度: 2.693→46.381 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.63

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2695	662	5.17 %	Random selection
R_work	0.2368	-	-	-
obs	0.2385	12800	99.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.693→46.381 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2742	0	24	13	2779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2821
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.753	3852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.994	1726
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	438
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6935-2.9014	0.4227	126	0.3577	2314	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9014-3.1933	0.3292	130	0.309	2374	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1933-3.6552	0.3175	130	0.2709	2384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6552-4.6046	0.261	135	0.2061	2444	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6046-46.3875	0.2159	141	0.2075	2622	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1931	0.3789	3.8545	0.5172	-0.8434	6.6273	-0.5565	-0.6175	3.0277	-0.824	-0.1099	-0.6439	-1.6727	-0.9304	0.3704	0.4683	0.0123	-0.0185	0.4204	0.0572	1.0937	1.0373	43.0037	15.1242
2	5.6134	0.0237	-1.2694	2.0588	-0.753	2.6009	0.059	-0.4559	-0.3463	-0.0067	-0.2724	-0.0345	0.5791	-0.5735	0.0009	0.4385	-0.1691	-0.0336	0.5856	-0.0485	0.3291	0.7276	29.0177	11.5931
3	9.6005	-2.1964	-0.594	2.9831	0.4683	8.6398	-0.0873	0.3916	-0.4927	0.7347	0.1241	-0.7537	1.3285	0.6916	-0.2524	0.733	0.0157	-0.0835	0.512	-0.0601	0.5669	7.6943	21.2753	19.3026
4	3.0699	-0.365	-1.3159	1.3172	-1.1379	6.1442	-0.0373	-0.1647	-0.4011	0.1244	-0.1281	0.2015	0.6599	-0.5385	0.1755	0.4893	-0.1511	-0.071	0.4208	-0.0137	0.4775	-2.4614	25.9982	19.6197
5	4.5812	2.0703	4.652	2.5328	2.8654	5.0741	-0.6393	-0.4891	2.3669	0.7349	-0.5122	0.4064	-2.975	0.0331	0.9046	0.9468	0.1577	-0.0108	0.6092	-0.0994	0.8693	10.518	41.5194	43.0763
6	4.7622	-3.5812	5.1199	3.3281	-3.4154	5.6379	-0.4131	-1.2843	-0.0705	0.3406	0.6701	0.7869	-1.0429	-1.2363	-0.0476	0.5607	0.1922	0.0171	1.2952	0.0971	0.7698	-1.7536	32.7159	45.8184
7	6.6443	-1.285	1.7	5.6968	0.132	8.8642	-0.1878	-0.7032	-0.2921	0.4196	0.1078	-0.0027	1.099	-0.5375	-0.1154	0.5603	0.2142	-0.0197	0.6579	0.1461	0.4039	14.0454	24.7635	46.8148
8	8.7404	0.5537	-1.3289	4.2029	-1.0076	7.5658	-0.248	-0.1063	-0.0621	-0.5197	0.2844	0.0561	1.2869	-0.9436	0.0779	0.5192	0.0641	-0.0442	0.4838	0.0001	0.3208	6.1616	22.191	33.8733
9	3.2773	0.9901	-3.0772	6.7329	1.1003	3.367	-0.9151	0.4253	-0.7049	0.7828	0.4509	0.853	1.1875	-1.1367	0.5255	0.9681	-0.1536	-0.0163	0.6326	0.2164	0.7173	5.8623	18.1054	42.6665
10	7.559	-3.6889	-0.1624	3.5626	-2.4855	7.3779	0.0295	0.3833	-0.3223	-2.4972	0.5139	-1.3085	1.8982	2.2465	-0.457	0.8956	0.2771	0.0393	0.9902	0.0828	0.6895	21.5175	25.5746	39.7703
11	4.8035	5.0256	-4.3608	2.1762	-0.9746	6.4803	1.3519	1.162	-0.4332	0.6978	-0.3273	-0.4016	0.1108	-1.2702	-0.5267	0.4107	-0.0159	-0.0353	0.5445	0.0684	0.4286	4.9089	29.486	37.7729
12	6.3536	3.2293	3.8637	5.1086	-1.3079	5.4115	0.8433	-0.3047	1.772	1.5421	-0.0791	0.9651	-0.8376	-0.5753	-0.4688	0.7624	-0.0827	0.2568	0.795	-0.0092	0.6095	-7.8202	28.8407	35.7726
13	3.1751	-1.3339	1.4572	4.4552	-0.8938	4.8477	0.1721	-0.0462	0.8873	-0.0165	-0.1845	-0.409	0.148	0.7603	0.4936	0.5436	0.3144	-0.022	0.7434	0.0481	0.4412	13.9391	31.4746	44.371
14	2.3852	1.7006	-1.6326	5.3179	-5.4997	5.6841	-0.2604	-0.3234	0.2864	0.9403	1.1044	0.2765	-1.3433	-1.6592	-0.9533	0.6585	0.062	0.1268	0.7944	0.0437	0.6833	-13.7614	37.9969	26.7084
15	6.1083	-2.6643	1.8779	2.3806	0.6277	8.4077	-0.3321	1.3889	1.1783	0.2197	-0.8216	-1.9207	-0.7084	-0.1574	0.6406	0.7346	-0.1207	-0.0983	1.1535	-0.0033	0.6679	-21.873	28.2597	23.3153
16	1.9681	-1.5613	0.754	4.7222	0.8932	5.026	0.8563	0.4434	0.0959	-0.2321	-0.7377	1.3146	-0.1422	-1.9051	0.1961	0.6124	0.1522	-0.0061	1.4835	0.2609	0.835	-29.1921	34.9228	31.0191
17	6.8441	0.5245	2.0282	5.9681	0.4054	3.8956	0.1625	0.6825	-0.8332	0.2453	-0.0072	0.9765	-0.4729	-1.8284	-0.3757	0.6196	0.0418	0.0611	1.2613	0.0679	0.7083	-30.7814	34.1973	39.5591
18	6.3597	-0.5358	-2.2067	5.7028	0.5	6.5279	-0.067	-0.0051	0.0478	0.2261	-0.1435	-0.1332	-0.0386	-1.5686	0.2842	0.5231	0.1775	0.0707	1.0358	0.1648	0.5381	-25.5782	36.5898	32.8779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 20 through 32 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 33 through 43 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 44 through 58 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 59 through 90 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 91 through 105 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 106 through 113 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 114 through 120 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 121 through 126 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 127 through 137 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 23 through 32 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 33 through 43 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 44 through 71 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 72 through 99 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 100 through 137 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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