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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pli | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of EcDsbA in a complex with purified oxadiazole 11 | |||||||||
![]() | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / REFiLX / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ilyichova, O.V. / Bentley, M. / Doak, B. / Scanlon, M.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rapid Elaboration of Fragments into Leads by X-ray Crystallographic Screening of Parallel Chemical Libraries (REFiL X ). 著者: Bentley, M.R. / Ilyichova, O.V. / Wang, G. / Williams, M.L. / Sharma, G. / Alwan, W.S. / Whitehouse, R.L. / Mohanty, B. / Scammells, P.J. / Heras, B. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Capuano, B. ...著者: Bentley, M.R. / Ilyichova, O.V. / Wang, G. / Williams, M.L. / Sharma, G. / Alwan, W.S. / Whitehouse, R.L. / Mohanty, B. / Scammells, P.J. / Heras, B. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Capuano, B. / Doak, B.C. / Scanlon, M.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 656.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 658.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5qkcC ![]() 5qkdC ![]() 5qkeC ![]() 5qkfC ![]() 5qkgC ![]() 5qkhC ![]() 5qkiC ![]() 5qkjC ![]() 5qkkC ![]() 5qklC ![]() 5qkmC ![]() 5qknC ![]() 5qkoC ![]() 5qkpC ![]() 5qkqC ![]() 5qkrC ![]() 5qksC ![]() 5qktC ![]() 5qkuC ![]() 5qkvC ![]() 5qkwC ![]() 5qkxC ![]() 5qkyC ![]() 5qkzC ![]() 5ql0C ![]() 5ql1C ![]() 5ql2C ![]() 5ql3C ![]() 5ql4C ![]() 5ql5C ![]() 5ql6C ![]() 5ql7C ![]() 5ql8C ![]() 5ql9C ![]() 5qlaC ![]() 5qlbC ![]() 5qlcC ![]() 5qldC ![]() 5qleC ![]() 5qlfC ![]() 5qlgC ![]() 5qlhC ![]() 5qliC ![]() 5qljC ![]() 5qlkC ![]() 5qllC ![]() 5qlmC ![]() 5qlnC ![]() 5qloC ![]() 5qlpC ![]() 5qlqC ![]() 5qlrC ![]() 5qlsC ![]() 5qltC ![]() 5qluC ![]() 5qlvC ![]() 5qlwC ![]() 5qlxC ![]() 5qlyC ![]() 5qlzC ![]() 5qm0C ![]() 5qm1C ![]() 5qm2C ![]() 5qm3C ![]() 5qm4C ![]() 5qm5C ![]() 5qm6C ![]() 5qm7C ![]() 5qm8C ![]() 5qm9C ![]() 5qmaC ![]() 5qmbC ![]() 5qmcC ![]() 5qmdC ![]() 5qmeC ![]() 5qmfC ![]() 5qmgC ![]() 5qmhC ![]() 5qmiC ![]() 5qmjC ![]() 5qmkC ![]() 5qmlC ![]() 5qmmC ![]() 5qmnC ![]() 5qmoC ![]() 5qmpC ![]() 5qmqC ![]() 5qmrC ![]() 5qmsC ![]() 5qmtC ![]() 5qmuC ![]() 5qmvC ![]() 5qmwC ![]() 5qmxC ![]() 5qmyC ![]() 5qmzC ![]() 5qn0C ![]() 5qn1C ![]() 5qn2C ![]() 5qn3C ![]() 5qn4C ![]() 5qn5C ![]() 5qn6C ![]() 5qn7C ![]() 5qn8C ![]() 5qn9C ![]() 5qnaC ![]() 5qnbC ![]() 5qncC ![]() 5qndC ![]() 5qneC ![]() 5qnfC ![]() 5qngC ![]() 5qnhC ![]() 5qniC ![]() 5qnjC ![]() 5qnkC ![]() 5qnlC ![]() 5qnmC ![]() 5qnnC ![]() 5qnoC ![]() 5qnpC ![]() 5qnqC ![]() 5qnrC ![]() 5qnsC ![]() 5qntC ![]() 5qnuC ![]() 5qnvC ![]() 5qnwC ![]() 5qnxC ![]() 5qnyC ![]() 5qnzC ![]() 5qo0C ![]() 5qo1C ![]() 5qo2C ![]() 5qo3C ![]() 5qo4C ![]() 5qo5C ![]() 5qo6C ![]() 5qo7C ![]() 5qo8C ![]() 5qo9C ![]() 5qoaC ![]() 5qobC ![]() 5qocC ![]() 5qodC ![]() 5qoeC ![]() 5qofC ![]() 5qogC ![]() 6pbiC ![]() 6pc9C ![]() 6pd7C ![]() 6pdhC ![]() 6pg1C ![]() 6pg2C ![]() 6pgjC ![]() 6piqC ![]() 6whdC ![]() 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ONY / | #3: 化合物 | ChemComp-CU / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→34.69 Å / Num. obs: 33581 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 37.69 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Num. unique obs: 1957 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.433 / Rrim(I) all: 0.817 / % possible all: 85.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FVK 解像度: 1.93→34.69 Å / SU ML: 0.2592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.6487
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→34.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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