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- PDB-6pl0: Crystal structure of the dark-adapted full-length bacteriophytoch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pl0
タイトルCrystal structure of the dark-adapted full-length bacteriophytochrome XccBphP from Xanthomonas campestris in the Pr state bound to BV chromophore
要素Bacteriophytochrome
キーワードSIGNALING PROTEIN / Photoreceptor / Bacterial protein / Photosensor / Red/far-red light / Phytochrome / Signal transduction / Phytopathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
PAS fold / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain ...PAS fold / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Otero, L.H. / Sirigu, S. / Klinke, S. / Goldbaum, F. / Chavas, L. / Rinaldi, J. / Bonomi, H.R.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
National Research Council (NRC, Argentina)PICT 2015-0621 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT 2016-1425 アルゼンチン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the Pr-Pfr long-range signaling mechanism of a full-length bacterial phytochrome at the atomic level.
著者: Otero, L.H. / Foscaldi, S. / Antelo, G.T. / Rosano, G.L. / Sirigu, S. / Klinke, S. / Defelipe, L.A. / Sanchez-Lamas, M. / Battocchio, G. / Conforte, V. / Vojnov, A.A. / Chavas, L.M.G. / ...著者: Otero, L.H. / Foscaldi, S. / Antelo, G.T. / Rosano, G.L. / Sirigu, S. / Klinke, S. / Defelipe, L.A. / Sanchez-Lamas, M. / Battocchio, G. / Conforte, V. / Vojnov, A.A. / Chavas, L.M.G. / Goldbaum, F.A. / Mroginski, M.A. / Rinaldi, J. / Bonomi, H.R.
履歴
登録2019年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,6984
ポリマ－142,5322
非ポリマー1,1652
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9260 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area52450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.530, 103.530, 346.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / BphP / XccBphP


分子量: 71266.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain 8004) (バクテリア)
株: 8004 / 遺伝子: bphP, XC_4241 / プラスミド: pET-24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2XCS3
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 12%(W/V) PEG 4000, 0.1 M TRIS, 0.2 M SODIUM ACETATE PH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→50 Å / Num. obs: 40526 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 140.34 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.96→3.13 Å / 冗長度: 17.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 3937 / CC1/2: 0.391 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AKP

5akp


解像度: 2.96→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 1.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.354 / SU Rfree Blow DPI: 0.351 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.357
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2021 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.209 40407 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 249.96 Å2 / Biso mean: 121.08 Å2 / Biso min: 54.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.586 Å20 Å20 Å2
2---5.586 Å20 Å2
3---11.1721 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.96→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9509 0 86 2 9597
Biso mean--129.75 122.51 -
残基数----1214
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4512SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes234HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1513HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9837HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1264SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11103SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9837HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13429HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.99
LS精密化 シェル解像度: 2.96→3.04 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3467 146 5.02 %
Rwork0.2655 2764 -
all0.2695 2910 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54160.2531-0.19180.83360.35821.90040.0673-0.05170.0284-0.0324-0.08820.27580.2835-0.49510.021-0.1734-0.152-0.0562-0.23760.0376-0.0966-30.608237.1429-6.9455
21.0580.26691.12460.85050.73732.59420.107-0.0655-0.20740.11780.0707-0.15870.21090.2424-0.1777-0.2066-0.1135-0.0557-0.29270.1318-0.0961-7.22537.2921-8.8695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A11 - 634
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B11 - 634

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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