PDB-6pka: Structure of ClpP from Staphylococcus aureus in complex with urea...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 6pka
• タイトル: Structure of ClpP from Staphylococcus aureus in complex with ureadepsipeptide

要素

• ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
• OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

• キーワード: HYDROLASE/ANTIBIOTIC / ClpP ADEP / ANTIBIOTIC / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

分子機能:

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm

ドメイン・相同性:

ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta

構成要素:

OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

• 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌); synthetic construct (人工物)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
• データ登録者: Griffith, E.C. / Lee, R.E.

資金援助

米国, 1件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI110578	米国

• 引用: ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2019; タイトル: Ureadepsipeptides as ClpP Activators.; 著者: Griffith, E.C. / Zhao, Y. / Singh, A.P. / Conlon, B.P. / Tangallapally, R. / Shadrick, W.R. / Liu, J. / Wallace, M.J. / Yang, L. / Elmore, J.M. / Li, Y. / Zheng, Z. / Miller, D.J. / Cheramie, M.N. / Lee, R.B. / LaFleur, M.D. / Lewis, K. / Lee, R.E.

履歴

登録	2019年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

集合体

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

J: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

O: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

P: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

Q: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

R: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

U: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

V: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

X: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

Y: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

Z: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

a: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

b: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

c: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

概要:

• 328 kDa, 28 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	327,874	28
ポリマ－	327,874	28
非ポリマー	0	0
水	19,817	1100

1

概要:

• 登録構造と同一
• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 根拠: equilibrium centrifugation

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	60510 Å2
ΔGint	-292 kcal/mol
Surface area	87310 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.957, 126.681, 146.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.360, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P1211

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
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1	9	A
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2	10	M
1	11	A
2	11	N
1	12	A
2	12	S
1	13	A
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1	14	B
2	14	C
1	15	B
2	15	D
1	16	B
2	16	E
1	17	B
2	17	F
1	18	B
2	18	G
1	19	B
2	19	I
1	20	B
2	20	K
1	21	B
2	21	L
1	22	B
2	22	M
1	23	B
2	23	N
1	24	B
2	24	S
1	25	B
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2	27	E
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2	56	G
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2	59	L
1	60	F
2	60	M
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1	62	F
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1	63	F
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1	65	G
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1	66	G
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2	71	K
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2	72	L
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2	77	L
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2	78	M
1	79	K
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1	80	K
2	80	S
1	81	K
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1	82	L
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1	83	L
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1	84	L
2	84	S
1	85	L
2	85	T
1	86	M
2	86	N
1	87	M
2	87	S
1	88	M
2	88	T
1	89	N
2	89	S
1	90	N
2	90	T
1	91	S
2	91	T

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 192 / Label seq-ID: 4 - 192

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
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1	3	A	A
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1	8	A	A
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1	9	A	A
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1	11	A	A
2	11	N	L
1	12	A	A
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1	34	C	C
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1	42	D	D
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1	48	E	E
2	48	G	G
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2	56	G	G
1	57	F	F
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2	72	L	J
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2	82	M	K
1	83	L	J
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1	85	L	J
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2	86	N	L
1	87	M	K
2	87	S	M
1	88	M	K
2	88	T	N
1	89	N	L
2	89	S	M
1	90	N	L
2	90	T	N
1	91	S	M
2	91	T	N

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
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17
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20
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26
27
28
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51
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79
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86
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88
89
90
91

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G I K L M N S T
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp

詳細:

分子量: 22607.686 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: clpP, SAOUHSC_00790 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G036, endopeptidase Clp

#2: タンパク質・ペプチド

H J O P Q R U V X Y Z a b c
OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

詳細:

タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 811.872 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: OO1-WFP-SER-PRO-YCP-ALA-MP8 ureadepsipeptide

#3: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: Y

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.78 ų/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
• 結晶化: 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M NaOAc pH 4.5, 18-35% MPD, and 0.02 M CaCl2

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
• 検出器: タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月2日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 1 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 160858 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.205 / R_pim(I) all: 0.11 / R_rim(I) all: 0.234 / Χ²: 0.969 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 672138

反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Rmerge(I) obs	Num. unique obs	CC1/2	Rpim(I) all	Rrim(I) all	Χ2	% possible all
2.25-2.29	4.4	0.663	8058	0.656	0.344	0.751	0.499	97.8
2.29-2.33	4.3	0.625	8110	0.66	0.324	0.708	0.514	97.8
2.33-2.38	4.3	0.581	7975	0.685	0.306	0.66	0.535	97.8
2.38-2.42	4.1	0.517	7986	0.707	0.279	0.591	0.576	97.4
2.42-2.48	3.8	0.482	7934	0.703	0.272	0.557	0.614	96.9
2.48-2.53	4.1	0.434	7956	0.753	0.236	0.498	0.644	96.4
2.53-2.6	4.5	0.4	7999	0.831	0.204	0.452	0.667	97
2.6-2.67	4.7	0.37	7969	0.865	0.185	0.416	0.736	97.1
2.67-2.75	4.6	0.329	8001	0.852	0.166	0.37	0.807	97
2.75-2.83	4.5	0.3	7973	0.873	0.154	0.339	0.872	96.9
2.83-2.94	4.4	0.268	8001	0.876	0.139	0.304	0.921	97
2.94-3.05	4.2	0.239	7998	0.891	0.126	0.272	1.051	97
3.05-3.19	4.1	0.219	8044	0.905	0.117	0.25	1.091	97.6
3.19-3.36	3.9	0.194	7975	0.915	0.107	0.223	1.243	97.3
3.36-3.57	3.5	0.176	7976	0.855	0.105	0.206	1.46	96.5
3.57-3.85	3.7	0.157	8061	0.925	0.091	0.183	1.405	97.5
3.85-4.23	4.2	0.151	8131	0.945	0.082	0.173	1.476	98.3
4.23-4.85	4	0.142	8109	0.948	0.077	0.162	1.435	97.7
4.85-6.1	4.1	0.154	8241	0.946	0.082	0.175	1.503	99.1
6.1-50	4.2	0.172	8361	0.957	0.086	0.193	1.623	99.1

位相決定

• 位相決定: 手法: 分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.59 Å	40.58 Å
Translation	4.59 Å	40.58 Å

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3STA

3sta

解像度: 2.25→40.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 5.522 / SU ML: 0.139 / SU R Cruickshank DPI: 0.2474 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.187
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.2188	8139	5.1 %	RANDOM
Rwork	0.1944	-	-	-
obs	0.1956	152696	96.98 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.64 Ų / B_iso mean: 29.885 Ų / B_iso min: 13.72 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	0.14 Å2	0 Å2	0.67 Å2
2-	-	-0.32 Å2	0 Å2
3-	-	-	0.1 Å2

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→40.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19075	0	798	1100	20973
Biso mean	-	-	32.09	37.08	-
残基数	-	-	-	-	2510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.015	20190
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	18508
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.263	1.707	27386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.897	1.687	43274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.948	5	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.607	23.811	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.774	15	3389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.086	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	22508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3400

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5554	0.05
1	2	B	5554	0.05
2	1	A	5543	0.05
2	2	C	5543	0.05
3	1	A	5539	0.06
3	2	D	5539	0.06
4	1	A	5561	0.05
4	2	E	5561	0.05
5	1	A	5570	0.05
5	2	F	5570	0.05
6	1	A	5560	0.04
6	2	G	5560	0.04
7	1	A	5535	0.06
7	2	I	5535	0.06
8	1	A	5577	0.04
8	2	K	5577	0.04
9	1	A	5575	0.05
9	2	L	5575	0.05
10	1	A	5566	0.05
10	2	M	5566	0.05
11	1	A	5587	0.05
11	2	N	5587	0.05
12	1	A	5575	0.05
12	2	S	5575	0.05
13	1	A	5588	0.04
13	2	T	5588	0.04
14	1	B	5564	0.05
14	2	C	5564	0.05
15	1	B	5554	0.04
15	2	D	5554	0.04
16	1	B	5571	0.04
16	2	E	5571	0.04
17	1	B	5560	0.04
17	2	F	5560	0.04
18	1	B	5573	0.03
18	2	G	5573	0.03
19	1	B	5534	0.06
19	2	I	5534	0.06
20	1	B	5560	0.03
20	2	K	5560	0.03
21	1	B	5543	0.04
21	2	L	5543	0.04
22	1	B	5575	0.04
22	2	M	5575	0.04
23	1	B	5565	0.05
23	2	N	5565	0.05
24	1	B	5562	0.04
24	2	S	5562	0.04
25	1	B	5588	0.04
25	2	T	5588	0.04
26	1	C	5546	0.05
26	2	D	5546	0.05
27	1	C	5555	0.05
27	2	E	5555	0.05
28	1	C	5565	0.04
28	2	F	5565	0.04
29	1	C	5588	0.05
29	2	G	5588	0.05
30	1	C	5524	0.05
30	2	I	5524	0.05
31	1	C	5590	0.04
31	2	K	5590	0.04
32	1	C	5568	0.04
32	2	L	5568	0.04
33	1	C	5587	0.05
33	2	M	5587	0.05
34	1	C	5585	0.05
34	2	N	5585	0.05
35	1	C	5558	0.05
35	2	S	5558	0.05
36	1	C	5585	0.04
36	2	T	5585	0.04
37	1	D	5546	0.05
37	2	E	5546	0.05
38	1	D	5559	0.04
38	2	F	5559	0.04
39	1	D	5561	0.04
39	2	G	5561	0.04
40	1	D	5527	0.06
40	2	I	5527	0.06
41	1	D	5584	0.04
41	2	K	5584	0.04
42	1	D	5551	0.05
42	2	L	5551	0.05
43	1	D	5562	0.04
43	2	M	5562	0.04
44	1	D	5544	0.06
44	2	N	5544	0.06
45	1	D	5557	0.05
45	2	S	5557	0.05
46	1	D	5595	0.04
46	2	T	5595	0.04
47	1	E	5587	0.04
47	2	F	5587	0.04
48	1	E	5578	0.04
48	2	G	5578	0.04
49	1	E	5543	0.05
49	2	I	5543	0.05
50	1	E	5601	0.03
50	2	K	5601	0.03
51	1	E	5565	0.04
51	2	L	5565	0.04
52	1	E	5562	0.05
52	2	M	5562	0.05
53	1	E	5563	0.06
53	2	N	5563	0.06
54	1	E	5552	0.05
54	2	S	5552	0.05
55	1	E	5575	0.04
55	2	T	5575	0.04
56	1	F	5583	0.04
56	2	G	5583	0.04
57	1	F	5552	0.05
57	2	I	5552	0.05
58	1	F	5617	0.03
58	2	K	5617	0.03
59	1	F	5568	0.04
59	2	L	5568	0.04
60	1	F	5592	0.03
60	2	M	5592	0.03
61	1	F	5576	0.05
61	2	N	5576	0.05
62	1	F	5561	0.04
62	2	S	5561	0.04
63	1	F	5588	0.03
63	2	T	5588	0.03
64	1	G	5534	0.05
64	2	I	5534	0.05
65	1	G	5606	0.03
65	2	K	5606	0.03
66	1	G	5566	0.04
66	2	L	5566	0.04
67	1	G	5598	0.04
67	2	M	5598	0.04
68	1	G	5609	0.05
68	2	N	5609	0.05
69	1	G	5562	0.04
69	2	S	5562	0.04
70	1	G	5599	0.03
70	2	T	5599	0.03
71	1	I	5570	0.05
71	2	K	5570	0.05
72	1	I	5564	0.04
72	2	L	5564	0.04
73	1	I	5540	0.06
73	2	M	5540	0.06
74	1	I	5536	0.06
74	2	N	5536	0.06
75	1	I	5532	0.05
75	2	S	5532	0.05
76	1	I	5572	0.05
76	2	T	5572	0.05
77	1	K	5594	0.04
77	2	L	5594	0.04
78	1	K	5608	0.04
78	2	M	5608	0.04
79	1	K	5586	0.05
79	2	N	5586	0.05
80	1	K	5570	0.04
80	2	S	5570	0.04
81	1	K	5610	0.04
81	2	T	5610	0.04
82	1	L	5575	0.05
82	2	M	5575	0.05
83	1	L	5561	0.05
83	2	N	5561	0.05
84	1	L	5577	0.04
84	2	S	5577	0.04
85	1	L	5609	0.04
85	2	T	5609	0.04
86	1	M	5607	0.05
86	2	N	5607	0.05
87	1	M	5561	0.04
87	2	S	5561	0.04
88	1	M	5604	0.04
88	2	T	5604	0.04
89	1	N	5552	0.05
89	2	S	5552	0.05
90	1	N	5598	0.05
90	2	T	5598	0.05
91	1	S	5594	0.03
91	2	T	5594	0.03

LS精密化 シェル

解像度: 2.243→2.301 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.252	592	-
Rwork	0.211	10608	-
all	-	11200	-
obs	-	-	91.36 %