PDB-6pjw: Adenylate kinase from Methanococcus igneus - AMP bound form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pjw

タイトル

Adenylate kinase from Methanococcus igneus - AMP bound form

要素

Adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / adenylate kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylate kinase / AMP kinase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanotorris igneus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Moon, S. / Kim, J. / Olmos, J.L. / Bae, E. / Phillips Jr., G.N.

資金援助

韓国,

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Adenylate kinase from Methanococcus igneus - AMP bound form
著者: Bae, E.

履歴

登録	2019年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _audit_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._audit_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pjw.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pjw.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pjw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/6pjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/6pjw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pspC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6psp-2 6ln3-1 3h86-2 6psp-1 3h86-1 6kr5-d 2woj-2 4il5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenylate kinase

B: Adenylate kinase

C: Adenylate kinase

D: Adenylate kinase

E: Adenylate kinase

F: Adenylate kinase

G: Adenylate kinase

H: Adenylate kinase

I: Adenylate kinase

J: Adenylate kinase

K: Adenylate kinase

L: Adenylate kinase

ヘテロ分子

279 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylate kinase

B: Adenylate kinase

C: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Consistently a trimer across many archael species
69.7 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Adenylate kinase

E: Adenylate kinase

F: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Consistently a trimer across many archael species
69.7 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Adenylate kinase

H: Adenylate kinase

I: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Consistently a trimer across many archael species
69.7 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Adenylate kinase

K: Adenylate kinase

L: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Consistently a trimer across many archael species
69.7 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.770, 121.390, 121.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase 分子量: 22501.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanotorris igneus (古細菌) / 遺伝子: adkA, adk / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43408, adenylate kinase
#2: 化合物	... ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 4 mM AMP, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000, 100 mM magnesium acetate, and 100 mM sodium acetate pH 4.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月5日 / 詳細: Rh coated Torroidal Mirror
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48 Å / Num. obs: 92418 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 56.5 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.85
反射シェル	解像度: 2.4→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 4948 / CC_1/2: 0.249 / % possible all: 72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
XDS	20170923	データ削減
XSCALE	20170923	データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot	1.15.2_3472	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→44.328 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2479	2016	2.19 %
R_work	0.2002	-	-
obs	0.2013	92197	94.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.328 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17844	0	564	224	18632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	18672
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.566	25284
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.413	11712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	3024
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	3444

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4592	0.3515	100	0.3385	4404	X-RAY DIFFRACTION	65
2.4592-2.5257	0.3354	100	0.3222	5110	X-RAY DIFFRACTION	75
2.5257-2.6	0.371	101	0.2945	5831	X-RAY DIFFRACTION	85
2.6-2.6839	0.3484	202	0.2773	6507	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6839-2.7798	0.3053	101	0.2571	6832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7798-2.8911	0.296	202	0.2445	6768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8911-3.0226	0.2768	101	0.2353	6863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0226-3.1819	0.2837	202	0.2418	6791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1819-3.3812	0.3087	101	0.2384	6842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3812-3.6422	0.2931	202	0.2093	6782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6422-4.0085	0.2707	101	0.1831	6900	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0085-4.588	0.203	201	0.1613	6796	X-RAY DIFFRACTION	100
4.588-5.7784	0.1918	101	0.1686	6939	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7784-33	0.2011	201	0.1645	6816	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7245	-0.1327	0.5799	4.1181	0.0448	3.2054	0.0871	0.9071	0.0799	-0.6921	0.0648	0.5441	-0.0816	-0.4604	-0.0792	0.4416	0.0829	-0.0476	0.6357	0.0577	0.5048	17.8898	1.2523	32.6457
2	3.5181	0.2452	-0.0595	5.053	0.8811	2.8789	0.0751	-0.1087	-0.1857	0.2838	-0.0241	-0.5889	0.46	0.0354	-0.0132	0.3156	0.0395	-0.0408	0.2386	0.0065	0.4448	35.8374	-12.7928	54.4415
3	3.993	0.516	-1.1645	4.1747	1.3777	5.3257	0.2011	0.3005	0.6963	-0.4145	0.1604	-0.6588	-0.9445	0.2922	0.029	0.4636	-0.02	0.1433	0.2614	0.0646	0.7093	38.1333	18.2516	49.4866
4	3.402	0.3191	0.5046	3.6679	0.1003	3.4526	0.0509	0.5296	-0.1817	-0.3293	0.0334	0.4808	0.0425	-0.412	-0.0442	0.362	0.0788	-0.0609	0.4042	-0.0824	0.383	45.3372	-3.2106	92.7523
5	3.5161	0.6529	0.3186	5.404	0.3201	2.978	0.0725	-0.156	-0.378	0.4842	0.0212	-0.6619	0.5124	0.4461	-0.0027	0.4492	0.1202	-0.0776	0.3171	-0.0068	0.4485	68.1534	-12.1314	112.5265
6	3.2341	0.3001	-1.4687	3.6604	1.2629	4.3821	0.1807	0.2304	0.5767	-0.3105	0.0692	-0.333	-0.7187	0.086	-0.0665	0.5333	0.0303	0.0448	0.2442	0.0342	0.4577	64.8783	18.284	105.063
7	3.5449	-0.082	-0.8663	3.9637	-0.5987	2.7571	-0.0513	0.4719	0.7854	0.2488	0.5389	0.7891	-0.685	-0.875	-0.0664	0.6761	0.3582	0.0936	0.8426	0.3078	0.5749	53.4338	20.4538	9.4687
8	3.4474	0.4145	-0.409	4.0142	-0.2982	4.3647	-0.135	-0.7106	0.1004	0.7693	0.2913	-0.5635	-0.2334	0.2062	-0.0706	0.6487	0.2417	-0.0851	0.6511	-0.0531	0.3801	76.0048	9.1931	28.3942
9	3.5084	0.5408	0.526	3.4039	-0.7141	4.3053	0.079	0.2273	-0.6665	0.0735	0.0842	0.4265	0.5607	-0.5782	-0.1257	0.5092	0.0508	0.0568	0.6901	0.0233	0.4886	55.2891	-10.5344	15.294
10	5.0423	-0.1102	-0.606	3.6177	-0.01	4.5932	-0.2664	-1.2038	0.0144	0.8028	0.1503	-0.2869	0.0926	-0.0362	0.0581	0.4299	0.1472	-0.0835	0.7171	-0.0358	0.3122	102.0853	8.0497	86.7251
11	3.925	-0.5993	0.32	3.4337	-0.1398	4.2068	0.0995	-0.2489	-0.8322	-0.0386	-0.2159	0.7597	1.3465	-1.1225	-0.0251	0.6465	-0.2882	0.0413	0.7823	-0.1072	0.6173	81.2242	-6.574	68.2644
12	4.5586	-0.4534	0.8887	3.7859	0.3116	4.2057	-0.2393	0.0989	0.6264	-0.1665	0.0217	0.2104	-0.7065	-0.5503	0.0727	0.3875	0.1364	-0.0681	0.5876	-0.1149	0.432	85.4094	24.3544	65.6498

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G'
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H'
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I'
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'J'
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'K'
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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