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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pjn | ||||||
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タイトル | HIV-1 Protease NL4-3 WT in Complex with LR2-41 | ||||||
![]() | Protease NL4-3 | ||||||
![]() | hydrolase/hydrolase inhibitor / HIV / NL4-3 PROTEASE / DRUG RESISTANCE / PROTEASE INHIBITOR / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lockbaum, G.J. / Rusere, L.N. / Henes, M. / Kosovrasti, K. / Lee, S.K. / Spielvogel, E. / Nalivaika, E.A. / Swanstrom, R. / KurtYilmaz, N. / Schiffer, C.A. / Ali, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis of Potent Hybrid HIV-1 Protease Inhibitors Containing Bis-tetrahydrofuran in a Pseudosymmetric Dipeptide Isostere. 著者: Rusere, L.N. / Lockbaum, G.J. / Henes, M. / Lee, S.K. / Spielvogel, E. / Rao, D.N. / Kosovrasti, K. / Nalivaika, E.A. / Swanstrom, R. / Kurt Yilmaz, N. / Schiffer, C.A. / Ali, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6pjbC ![]() 6pjcC ![]() 6pjdC ![]() 6pjeC ![]() 6pjfC ![]() 6pjgC ![]() 6pjhC ![]() 6pjiC ![]() 6pjkC ![]() 6pjlC ![]() 6pjmC ![]() 6pjoC ![]() 6dgxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10831.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-OQP / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 23-27% (w/v) Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris-Methane-HCl Buffer pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 13515 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.1333 Å / Num. unique obs: 2580 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6DGX 解像度: 1.98→26.598 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→26.598 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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