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万見
- PDB-6ph2: Complete LOV domain from the LOV-HK sensory protein from Brucella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ph2
タイトルComplete LOV domain from the LOV-HK sensory protein from Brucella abortus (mutant C69S, construct 15-155)
要素Blue-light-activated histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / PAS SUPERFAMILY / BLUE-LIGHT PHOTORECEPTOR / FMN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / response to stimulus / histidine kinase / photoreceptor activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / PAS fold-3 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / PAS fold-3 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Blue-light-activated histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biotype 1 (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Rinaldi, J. / Otero, L.H. / Fernandez, I. / Goldbaum, F.A. / Shin, H. / Yang, X. / Klinke, S.
資金援助 アルゼンチン, 3件
組織認可番号国
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT 2011-2672 アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT 2014-0959 アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT 2016-1618 アルゼンチン
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: Dimer Asymmetry and Light Activation Mechanism in Brucella Blue-Light Sensor Histidine Kinase.
著者: Rinaldi, J. / Fernandez, I. / Shin, H. / Sycz, G. / Gunawardana, S. / Kumarapperuma, I. / Paz, J.M. / Otero, L.H. / Cerutti, M.L. / Zorreguieta, A. / Ren, Z. / Klinke, S. / Yang, X. / Goldbaum, F.A.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Blue-light-activated histidine kinase
B: Blue-light-activated histidine kinase
C: Blue-light-activated histidine kinase
D: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8348
ポリマ－67,0084
非ポリマー1,8254
水1,29772
1
A: Blue-light-activated histidine kinase
B: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4174
ポリマ－33,5042
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA
2
C: Blue-light-activated histidine kinase
D: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4174
ポリマ－33,5042
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.270, 95.860, 107.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA19 - 1406 - 127
21ALAALABB19 - 1406 - 127
12ALAALAAA19 - 1406 - 127
22ALAALACC19 - 1406 - 127
13GLNGLNAA18 - 1405 - 127
23GLNGLNDD18 - 1405 - 127
14ALAALABB19 - 1406 - 127
24ALAALACC19 - 1406 - 127
15ALAALABB19 - 1406 - 127
25ALAALADD19 - 1406 - 127
16ALAALACC19 - 1406 - 127
26ALAALADD19 - 1406 - 127

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Blue-light-activated histidine kinase / BM-LOV-histidine kinase / BM-LOV-HK


分子量: 16752.086 Da / 分子数: 4 / 変異: C69S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biotype 1 (strain 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094) (マルタ熱菌)
株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEII0679 / プラスミド: pET-24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q8YC53, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 15% (w/v) PEG 3350 + 0.1 M sodium citrate, pH 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BIMORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→48.63 Å / Num. obs: 29308 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.34→2.49 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 4523 / CC1/2: 0.506 / Rrim(I) all: 0.624 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
MxCuBEデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T50

3t50


解像度: 2.34→48.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.903 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.239
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26071 1466 5 %RANDOM
Rwork0.22743 ---
obs0.22909 27840 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.838 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.96 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å2-0 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.34→48.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3900 0 124 72 4096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0154132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2741.7595639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4371.7158549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8975492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.80419.398166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.98715567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3641528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.093.8951980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0893.8981981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9875.822468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9865.8232469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9284.3022152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.934.3032149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2966.2353172
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.48145.9044172
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.48245.9024171
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A37520.08
12B37520.08
21A37490.07
22C37490.07
31A37950.06
32D37950.06
41B37730.08
42C37730.08
51B37750.07
52D37750.07
61C37300.07
62D37300.07
LS精密化 シェル解像度: 2.343→2.404 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 100 -
Rwork0.412 1889 -
obs--92.81 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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