+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pgf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | WDR5delta32 bound to N-(4-(4-(hydroxymethyl)-1H-imidazol-2-yl)butyl)acrylamide | ||||||
![]() | WD repeat-containing protein 5 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING/INHIBITOR / Inhibitor / Scaffolding Protein / B-propellor / Chromatin regulator / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dennis, M.L. / Peat, T.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fragment screening for a protein-protein interaction inhibitor to WDR5. 著者: Dennis, M.L. / Morrow, B.J. / Dolezal, O. / Cuzzupe, A.N. / Stupple, A.E. / Newman, J. / Bentley, J. / Hattarki, M. / Nuttall, S.D. / Foitzik, R.C. / Street, I.P. / Stupple, P.A. / Monahan, B.J. / Peat, T.S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 60.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 681.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 682 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6pg3C ![]() 6pg4SC ![]() 6pg5C ![]() 6pg6C ![]() 6pg7C ![]() 6pg8C ![]() 6pg9C ![]() 6pgaC ![]() 6pgbC ![]() 6pgcC ![]() 6pgdC ![]() 6pgeC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33537.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-OJP / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.16 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris chloride, pH 6.1, 30.1% w/v PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→48.71 Å / Num. obs: 43339 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1913 / CC1/2: 0.847 / % possible all: 88 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 6PG4 解像度: 1.54→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.177 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.526 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.54→48.71 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|