PDB-6pfx: D-alanyl transferase DltD from Enterococcus faecium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pfx

タイトル

D-alanyl transferase DltD from Enterococcus faecium

要素

D-alanyl transferase DltD

キーワード

TRANSFERASE / D-alanine / D-alanylation / lipoteichoic acid / LTA / D-alanyl lipoteichoic acid / cell wall / Gram-positive bacteria

機能・相同性

DltD / D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis DltD, Firmicutes / DltD protein / lipoteichoic acid biosynthetic process / plasma membrane / Protein DltD / Protein DltD

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecium TX0133A04 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Shakhashiro, M. / Korotkov, K.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: D-alanyl transferase DltD from Enterococcus faecium
著者: Shakhashiro, M. / Williamson, Z.A. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V.

履歴

登録	2019年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pfx.cif.gz	388.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pfx.ent.gz	256.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pfx_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pfx_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	6pfx_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	6pfx_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o93S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i10-d 1m5r-1 6yu2-1 6yu5-2 6vko-4 5oe3-1 5h8b-2 6nle-d 4e5d-d 4n00-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D-alanyl transferase DltD

B: D-alanyl transferase DltD

ヘテロ分子

93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-alanyl transferase DltD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: D-alanyl transferase DltD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.255, 76.434, 78.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.725, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	D-alanyl transferase DltD 分子量: 46390.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium TX0133A04 (バクテリア) 遺伝子: dltD, AWT83_05715, B4W81_00525, BU187_05285, BU190_00460, BU192_07235, BXT96_01745, CQR37_04475, CUM68_11350, CUS36_06310, DKP91_06765, DTPHA_600407, EB12_02182, NCTC13923_01752 プラスミド: pRSF-NT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: A0A132P6N8, UniProt: Q3XZT4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.81 % / 解説: prizm
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8 詳細: 0.1M sodium citrate pH 3.8, 25% PEG3350, 4% polypropylene glycol P400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月17日
詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→33.04 Å / Num. obs: 121042 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.01 Å² / R_pim(I) all: 0.076 / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	3	0.749	5948	0.655	0.492	0.9	0.539	97.3
1.53-1.55	3.2	0.74	6041	0.66	0.474	0.883	0.558	98.4
1.55-1.58	3.4	0.686	6111	0.685	0.429	0.813	0.572	98.8
1.58-1.62	3.5	0.621	6072	0.738	0.382	0.733	0.62	99.1
1.62-1.65	3.5	0.543	6068	0.801	0.332	0.639	0.663	98.9
1.65-1.69	3.5	0.5	6154	0.801	0.31	0.591	0.675	99.1
1.69-1.73	3.4	0.424	6067	0.844	0.266	0.503	0.725	99
1.73-1.78	3.3	0.344	6050	0.866	0.224	0.413	0.882	98.4
1.78-1.83	3.1	0.303	5998	0.888	0.205	0.368	1.047	97.5
1.83-1.89	3.5	0.272	6084	0.926	0.17	0.322	1.152	98.8
1.89-1.96	3.7	0.233	6087	0.945	0.142	0.274	1.345	98.5
1.96-2.04	3.7	0.193	6006	0.96	0.119	0.227	1.675	98
2.04-2.13	3.5	0.162	6084	0.97	0.102	0.192	1.92	98.3
2.13-2.24	3.4	0.144	6060	0.974	0.092	0.172	2.167	97.8
2.24-2.38	3.2	0.124	6023	0.979	0.083	0.15	2.547	97.5
2.38-2.56	2.8	0.104	5923	0.98	0.075	0.13	2.687	96.1
2.56-2.82	3.2	0.094	6026	0.986	0.062	0.113	2.815	97.3
2.82-3.23	3.3	0.082	6047	0.988	0.053	0.098	3.32	97.2
3.23-4.07	3.2	0.065	6067	0.992	0.043	0.078	3.628	97.5
4.07-33.04	3.2	0.057	6126	0.993	0.038	0.069	3.357	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3139	精密化
HKL-2000	716.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6O93

6o93

解像度: 1.5→33.04 Å / SU ML: 0.1707 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.6987

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2106	6394	5.29 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.1882	-	-	-
obs	0.1895	120980	97.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6347	0	12	630	6989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	6518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9006	8794
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0684	914
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6346	2463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2996	143	0.2744	2900	X-RAY DIFFRACTION	74.06
1.52-1.53	0.3106	232	0.2733	3813	X-RAY DIFFRACTION	98.04
1.53-1.55	0.2942	196	0.2547	3851	X-RAY DIFFRACTION	98.35
1.55-1.57	0.2785	205	0.2496	3878	X-RAY DIFFRACTION	98.77
1.57-1.59	0.2735	211	0.2414	3921	X-RAY DIFFRACTION	98.92
1.59-1.61	0.2679	199	0.2162	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.11
1.61-1.64	0.249	216	0.2052	3859	X-RAY DIFFRACTION	98.93
1.64-1.66	0.2218	218	0.2015	3839	X-RAY DIFFRACTION	98.85
1.66-1.69	0.2313	195	0.2081	3919	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.69-1.72	0.2349	184	0.209	3903	X-RAY DIFFRACTION	98.93
1.72-1.74	0.2295	191	0.2064	3900	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.74-1.78	0.2296	204	0.2026	3879	X-RAY DIFFRACTION	98.41
1.78-1.81	0.2465	199	0.1998	3825	X-RAY DIFFRACTION	97.96
1.81-1.85	0.2135	209	0.19	3819	X-RAY DIFFRACTION	97.7
1.85-1.89	0.2299	210	0.1848	3896	X-RAY DIFFRACTION	98.82
1.89-1.93	0.2064	200	0.1812	3856	X-RAY DIFFRACTION	98.07
1.93-1.98	0.1991	208	0.1798	3851	X-RAY DIFFRACTION	98.62
1.98-2.03	0.2095	212	0.1822	3842	X-RAY DIFFRACTION	97.8
2.03-2.09	0.2065	209	0.1787	3858	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.09-2.16	0.2291	177	0.1806	3888	X-RAY DIFFRACTION	98.09
2.16-2.24	0.224	221	0.1838	3863	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.24-2.33	0.196	242	0.1721	3823	X-RAY DIFFRACTION	97.58
2.33-2.43	0.2185	208	0.1733	3777	X-RAY DIFFRACTION	96.82
2.43-2.56	0.2085	260	0.1771	3743	X-RAY DIFFRACTION	96.06
2.56-2.72	0.2174	245	0.1838	3787	X-RAY DIFFRACTION	96.88
2.72-2.93	0.1975	201	0.1902	3855	X-RAY DIFFRACTION	97.66
2.93-3.23	0.2114	266	0.1882	3808	X-RAY DIFFRACTION	97.23
3.23-3.69	0.1847	234	0.1752	3804	X-RAY DIFFRACTION	97.21
3.69-4.65	0.174	196	0.1636	3896	X-RAY DIFFRACTION	97.08
4.65-33.05	0.1989	303	0.2017	3829	X-RAY DIFFRACTION	97.02

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