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- PDB-6pfm: Crystal structure of GDC-0927 bound to estrogen receptor alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pfm
タイトルCrystal structure of GDC-0927 bound to estrogen receptor alpha
要素Estrogen receptor
キーワードNUCLEAR PROTEIN / antagonist / breast cancer / ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OGJ / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Vinogradova, M. / Liang, J. / Zhang, B. / Wang, X. / Zbieg, J.R. / Labadie, S.S. / Li, J. / Ray, N.C. / Ortwine, D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a C-8 hydroxychromene as a potent degrader of estrogen receptor alpha with improved rat oral exposure over GDC-0927.
著者: Labadie, S.S. / Li, J. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Goodacre, S. / Hartman, S.J. / Liang, W. / Kiefer, J.R. / Kleinheinz, T. / Lai, T. / Liao, J. / Ortwine, D.F. / Mody, V. / Ray, N.C. / ...著者: Labadie, S.S. / Li, J. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Goodacre, S. / Hartman, S.J. / Liang, W. / Kiefer, J.R. / Kleinheinz, T. / Lai, T. / Liao, J. / Ortwine, D.F. / Mody, V. / Ray, N.C. / Roussel, F. / Vinogradova, M. / Yeap, S.K. / Zhang, B. / Zheng, X. / Zbieg, J.R. / Liang, J. / Wang, X.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Estrogen receptor
A: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8844
ポリマ－63,9612
非ポリマー9232
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.106, 144.106, 171.064
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-704-

HOH

21A-703-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 307 - 529 / Label seq-ID: 34 - 256

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1DA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 31980.295 Da / 分子数: 2 / 変異: L372S, L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物 ChemComp-OGJ / (2S)-2-(4-{2-[3-(fluoromethyl)azetidin-1-yl]ethoxy}phenyl)-3-(3-hydroxyphenyl)-4-methyl-2H-1-benzopyran-6-ol


分子量: 461.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28FNO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 25-35% PEG 3,350 0.1 M Bis-Tris (pH 6.1-6.5) 150-300 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→35 Å / Num. obs: 16277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.84-2.95.20.97980.4580.4270.9990.55399.9
2.9-2.955.60.8598100.580.3920.9460.63699.9
2.95-3.015.90.6998050.8670.3110.7670.62399.9
3.01-3.0760.6878110.7940.3030.7530.638100
3.07-3.146.10.6467840.8280.2830.7070.659100
3.14-3.216.20.5648110.8320.2440.6150.66699.9
3.21-3.296.30.4878050.9170.210.5310.709100
3.29-3.386.40.3938140.940.1670.4270.748100
3.38-3.486.40.3527880.9220.1490.3830.829100
3.48-3.596.60.2868090.9610.1190.3110.844100
3.59-3.726.80.2258180.9750.0920.2430.955100
3.72-3.876.90.1788130.9880.0720.1920.962100
3.87-4.0470.1398090.9920.0560.151.079100
4.04-4.267.10.1178090.9940.0460.1261.118100
4.26-4.527.20.0938150.9960.0370.11.079100
4.52-4.877.40.0818330.9960.0320.0871.189100
4.87-5.367.30.0818040.9970.0320.0871.174100
5.36-6.137.20.0958270.9950.0370.1021.28199.9
6.13-7.717.20.0628370.9990.0250.0671.217100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→33.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 36.727 / SU ML: 0.317 / SU R Cruickshank DPI: 1.4479 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.448 / ESU R Free: 0.352
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 814 5 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.2111 15463 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.22 Å2 / Biso mean: 73.166 Å2 / Biso min: 1.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20.43 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----2.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.84→33.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3594 0 120 22 3736
Biso mean--77.16 54.52 -
残基数----459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0133759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.6515093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1941.5878257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9955460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27923.152165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.47815680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5981516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02724
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6714 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1D
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.841→2.914 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 59 -
Rwork0.346 1088 -
all-1147 -
obs--97.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0388-0.6911-0.43034.81071.15863.0151-0.0119-0.0846-0.24840.14070.0557-0.40240.28450.1534-0.04380.21230.0461-0.05160.26370.02630.093118.963964.18344.8573
22.5452-1.44210.03786.3203-0.99791.7998-0.3142-0.3901-0.11650.80320.446-0.56430.21810.0908-0.13180.53930.0997-0.25180.5076-0.04650.172527.180366.123669.2282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D307 - 545
2X-RAY DIFFRACTION2A307 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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