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- PDB-6pdx: Crystal structure of C585 Fab in complex with influenza virus hem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pdx
タイトルCrystal structure of C585 Fab in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Switzerland/9715293/2013 (H3N2)
要素
  • C585 Fab heavy chain
  • C585 Fab light chain
  • Hemagglutinin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Influenza virus / Hemagglutinin / broadly neutralizing antibody / H3N2 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.993 Å
データ登録者Qiu, Y. / Zhou, Y.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2020
タイトル: Mapping of a Novel H3-Specific Broadly Neutralizing Monoclonal Antibody Targeting the Hemagglutinin Globular Head Isolated from an Elite Influenza Virus-Immunized Donor Exhibiting Serological Breadth.
著者: Qiu, Y. / Stegalkina, S. / Zhang, J. / Boudanova, E. / Park, A. / Zhou, Y. / Prabakaran, P. / Pougatcheva, S. / Ustyugova, I.V. / Vogel, T.U. / Mundle, S.T. / Oomen, R. / Delagrave, S. / ...著者: Qiu, Y. / Stegalkina, S. / Zhang, J. / Boudanova, E. / Park, A. / Zhou, Y. / Prabakaran, P. / Pougatcheva, S. / Ustyugova, I.V. / Vogel, T.U. / Mundle, S.T. / Oomen, R. / Delagrave, S. / Ross, T.M. / Kleanthous, H. / Qiu, H.
履歴
登録2019年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年3月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
H: C585 Fab heavy chain
L: C585 Fab light chain
B: Hemagglutinin
M: C585 Fab heavy chain
N: C585 Fab light chain
C: Hemagglutinin
O: C585 Fab heavy chain
P: C585 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,14328
ポリマ－314,1759
非ポリマー9,96819
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36680 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area119900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)287.265, 287.265, 182.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 56731.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Switzerland/9715293/2013 (H3N2) / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A1L3A363, UniProt: A0A5J6A331*PLUS

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抗体 , 2種, 6分子 HMOLNP

#2: 抗体 C585 Fab heavy chain


分子量: 25324.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 C585 Fab light chain


分子量: 22669.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 3種, 19分子

#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M sodium cacodylate, 1M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.068 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX425-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.068 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.993→49.7 Å / Num. obs: 71845 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.9 % / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.993→4.09 Å / Num. unique obs: 4312 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.993→47.877 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 3503 4.97 %
Rwork0.2121 --
obs0.2136 70452 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.993→47.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20408 0 477 0 20885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8329279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2367463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9926-4.04730.378770.35121825X-RAY DIFFRACTION65
4.0473-4.10510.34221320.3142514X-RAY DIFFRACTION92
4.1051-4.16630.31881230.29932487X-RAY DIFFRACTION91
4.1663-4.23140.3321400.2832546X-RAY DIFFRACTION93
4.2314-4.30070.3041360.2492574X-RAY DIFFRACTION93
4.3007-4.37480.28581440.24432576X-RAY DIFFRACTION94
4.3748-4.45430.26021470.23792632X-RAY DIFFRACTION96
4.4543-4.53990.27851350.23062772X-RAY DIFFRACTION99
4.5399-4.63250.26261540.22852726X-RAY DIFFRACTION99
4.6325-4.73320.27631760.21772707X-RAY DIFFRACTION99
4.7332-4.84320.23491200.21942760X-RAY DIFFRACTION100
4.8432-4.96420.29971460.21412740X-RAY DIFFRACTION100
4.9642-5.09830.23021510.20322777X-RAY DIFFRACTION100
5.0983-5.24810.21911440.20922762X-RAY DIFFRACTION100
5.2481-5.41730.26041510.20712764X-RAY DIFFRACTION100
5.4173-5.61060.23991440.20462749X-RAY DIFFRACTION100
5.6106-5.83490.2531500.2112757X-RAY DIFFRACTION100
5.8349-6.09990.24281410.21092803X-RAY DIFFRACTION100
6.0999-6.42080.26161110.21012785X-RAY DIFFRACTION100
6.4208-6.8220.25351430.2092769X-RAY DIFFRACTION100
6.822-7.34710.24731260.21182812X-RAY DIFFRACTION100
7.3471-8.08320.23031640.19182755X-RAY DIFFRACTION100
8.0832-9.24560.18861370.16462799X-RAY DIFFRACTION100
9.2456-11.62090.15811290.14752806X-RAY DIFFRACTION100
11.6209-47.88090.20351820.21942752X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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