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万見
- PDB-6pce: Human Coa6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pce
タイトルHuman Coa6
要素Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Coa6 copper Cytochrome c oxidase mitochondria structure
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane ATP synthesis coupled electron transport / respiratory chain complex IV assembly / respiratory chain complex IV / Mitochondrial protein import / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial intermembrane space / copper ion binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Maher, M.J. / Maghool, S.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP140102746 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1165217 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1140851 オーストラリア
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterization of the mitochondrial complex IV assembly factor Coa6.
著者: Maghool, S. / Cooray, N.D.G. / Stroud, D.A. / Aragao, D. / Ryan, M.T. / Maher, M.J.
履歴
登録2019年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
B: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1973
ポリマ－17,1012
非ポリマー961
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.950, 52.409, 78.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog


分子量: 8550.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COA6, C1orf31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JTJ3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.6, 29% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 16393 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Num. unique obs: 1602

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXDE位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→43.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.764 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22912 1632 10 %RANDOM
Rwork0.18832 ---
obs0.19234 14716 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→43.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1097 0 5 53 1155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131170
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.6541581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5251.6012350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.185142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22321.66778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.54515213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.2971511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7172.147532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.6772.14531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3033.188665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3033.198666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.0592.874638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.0482.874638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.583.987910
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.57325.4641431
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.56425.2991423
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.651→1.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 121 -
Rwork0.275 1034 -
obs--97.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.43970.19962.4920.46851.82458.37810.1617-0.0587-0.18630.0543-0.05760.01520.2828-0.2014-0.10410.156-0.0346-0.01110.14120.00430.1322-23.247-4.6823-4.3639
24.75383.72022.08636.29321.925.3344-0.0523-0.20870.1892-0.02980.00190.2902-0.0647-0.37030.05030.00190.0059-0.00060.03680.00180.0144-12.06228.83292.6509
32.5062-0.9406-0.46817.1811.24779.10620.1104-0.05430.19160.1664-0.0261-0.0057-0.13140.0096-0.08430.0956-0.0013-0.00810.08890.02010.0948-5.789431.8152-27.2797
42.41721.22561.06118.7748-1.46642.73320.04790.4197-0.4983-0.716-0.0936-0.48030.41090.12980.04570.14740.03250.05040.1415-0.0630.1538-2.144613.8737-27.8425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A52 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3B50 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4B56 - 86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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