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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pcc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta-ketoadipyl-CoA thiolase mutant (H356A) in complex hexanoyl coenzyme A | ||||||
要素 | Beta-ketoadipyl-CoA thiolase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Thiolase / aromatic pollutant catabolism / degradative enzymes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-oxoadipyl-CoA thiolase / 3-oxoadipyl-CoA thiolase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / phenylacetate catabolic process / fatty acid beta-oxidation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Sukritee, B. / Panjikar, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020 タイトル: Structural basis for differentiation between two classes of thiolase: Degradative vs biosynthetic thiolase. 著者: Bhaskar, S. / Steer, D.L. / Anand, R. / Panjikar, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pcc.cif.gz | 336.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pcc.ent.gz | 268.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pcc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pcc_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pcc_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pcc_validation.xml.gz | 68.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pcc_validation.cif.gz | 99.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/6pcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/6pcc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44452.645 Da / 分子数: 4 / 変異: H356A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: pcaF-I, PP_1377 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q88N39, acetyl-CoA C-acyltransferase, 3-oxoadipyl-CoA thiolase #2: 化合物 | ChemComp-COA / #3: 化合物 | ChemComp-O8Y / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 % / 解説: Plate type |
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結晶化 | 温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: lithium chloride,PEG 6000,tris (pH- 7.3-8.3) / PH範囲: 7.3-8.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→80 Å / Num. obs: 220195 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.16 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 8.52 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.08 Å / 冗長度: 3.04 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique obs: 35163 / CC1/2: 0.742 / Rrim(I) all: 0.624 / % possible all: 94.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Native structure 解像度: 1.96→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.666 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.143
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.883 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.96→19.94 Å
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拘束条件 |
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