PDB-6pbv: Crystal structure of Fab668 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pbv

タイトル

Crystal structure of Fab668 complex

要素

Fab668 heavy chain
Fab668 light chain
Junctional peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.566 Å

データ登録者

Oyen, D. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of monoclonal antibody binding to the junctional epitope of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: David Oyen / Jonathan L Torres / Phillip C Aoto / Yevel Flores-Garcia / Špela Binter / Tossapol Pholcharee / Sean Carroll / Sini Reponen / Rachael Wash / Qi Liang / Franck Lemiale / Emily ...
要旨: Lasting protection has long been a goal for malaria vaccines. The major surface antigen on Plasmodium falciparum sporozoites, the circumsporozoite protein (PfCSP), has been an attractive target for ...

履歴

登録	2019年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6pbv_full_validation.pdf.gz	486.3 KB	表示
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CIF形式データ	6pbv_validation.cif.gz	62.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	20444C 20445C 6pbwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qhr-d 7k8q-d 6umj-d 6b5t-d 4hkb-6 6fy3-2 6pbw-d 5u15-2 5mp6-2 4dcq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab668 light chain

B: Fab668 heavy chain

C: Fab668 light chain

D: Fab668 heavy chain

G: Junctional peptide

I: Junctional peptide

ヘテロ分子

97.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab668 light chain

B: Fab668 heavy chain

G: Junctional peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fab668 light chain

D: Fab668 heavy chain

I: Junctional peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.065, 60.127, 76.338
Angle α, β, γ (deg.)	72.43, 68.07, 83.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	Fab668 light chain 分子量: 22737.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab668 heavy chain 分子量: 24596.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Junctional peptide 分子量: 1459.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: Q7K740*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES (pH 6.96) 8% Ethylene Glycol 16% PEG10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.566→50 Å / Num. obs: 111126 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.907 / R_pim(I) all: 0.072 / R_sym value: 0.181 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 1.566→1.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5151 / CC_1/2: 0.703 / R_pim(I) all: 0.389 / R_sym value: 0.773

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 1.566→35.051 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	5483	4.94 %
R_work	0.177	-	-
obs	0.1787	111082	86.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.566→35.051 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6592	0	8	778	7378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	6950
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.393	9542
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.281	5521
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1086
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1225

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5664-1.5842	0.2592	154	0.2202	2723	X-RAY DIFFRACTION	67
1.5842-1.6028	0.2507	177	0.2219	3649	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6028-1.6224	0.2514	171	0.2056	3593	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6224-1.6429	0.2375	180	0.2035	3571	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6429-1.6645	0.2304	183	0.2012	3626	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6645-1.6873	0.2577	187	0.2024	3531	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6873-1.7114	0.2438	196	0.2027	3529	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7114-1.737	0.2427	208	0.1893	3484	X-RAY DIFFRACTION	87
1.737-1.7641	0.2232	177	0.1861	3510	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7641-1.793	0.2425	201	0.1871	3407	X-RAY DIFFRACTION	85
1.793-1.824	0.2038	193	0.1913	3414	X-RAY DIFFRACTION	83
1.824-1.8571	0.229	149	0.1951	3210	X-RAY DIFFRACTION	79
1.8571-1.8928	0.2459	159	0.1952	3257	X-RAY DIFFRACTION	80
1.8928-1.9315	0.2301	196	0.1851	3698	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9315-1.9735	0.224	194	0.1807	3637	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9735-2.0194	0.2354	193	0.1841	3661	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0194-2.0699	0.2284	201	0.1812	3620	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0699-2.1258	0.2166	204	0.181	3586	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1258-2.1884	0.2544	174	0.1773	3607	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1884-2.259	0.2294	177	0.1898	3555	X-RAY DIFFRACTION	87
2.259-2.3397	0.2133	173	0.1802	3382	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3397-2.4334	0.2386	158	0.1767	3295	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4334-2.5441	0.2149	169	0.1766	3826	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5441-2.6782	0.2032	211	0.1798	3668	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6782-2.8459	0.2394	193	0.1859	3703	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8459-3.0655	0.2083	188	0.1792	3663	X-RAY DIFFRACTION	90
3.0655-3.3738	0.1955	177	0.1779	3385	X-RAY DIFFRACTION	83
3.3738-3.8614	0.1963	198	0.1657	3471	X-RAY DIFFRACTION	86
3.8614-4.8629	0.1614	175	0.1495	3772	X-RAY DIFFRACTION	92
4.8629-35.051	0.1862	167	0.1635	3566	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6182	0.6528	-1.3261	3.6655	-0.2074	2.6158	0.0403	-0.0841	-0.0448	0.0937	-0.1261	-0.2185	0.0056	0.1742	0.0529	0.0917	0.0128	-0.0079	0.1425	0.0224	0.1374	11.0127	12.3435	-26.3916
2	0.9862	-0.4053	-0.7586	2.2768	1.4115	1.2717	0.1666	0.0273	0.1738	-0.0964	-0.0823	-0.1046	-0.2167	0.1103	-0.0802	0.1196	0.0033	0.0154	0.1334	0.0197	0.1434	7.119	18.1136	-22.3078
3	2.4622	-0.0662	-1.9949	2.1058	-0.5451	3.3691	-0.0586	-0.0793	-0.0103	-0.0558	-0.0808	-0.2172	0.1769	0.0413	0.1363	0.1322	-0.0115	-0.0066	0.1066	-0.0011	0.1431	-5.3574	37.7002	-0.8155
4	2.3981	-2.5824	-1.9093	5.6368	4.0744	3.06	0.4681	-0.1153	0.4661	-0.2115	-0.1218	-0.8232	-0.6085	0.388	-0.426	0.1812	-0.0312	-0.0101	0.2055	0.0087	0.2901	0.5771	45.2486	-0.3318
5	1.7061	-0.2907	-0.3064	1.7619	1.2131	2.1192	0.0567	0.0274	-0.028	0.1492	0.0407	0.2155	0.2979	-0.5096	-0.0628	0.2291	-0.0233	0.0562	0.1878	-0.0018	0.2045	-12.6453	4.033	-14.5311
6	2.9656	0.7919	-0.0135	4.0197	-0.1595	1.7099	-0.0311	-0.0132	0.0807	0.1059	-0.036	0.1719	-0.0655	-0.0054	0.0536	0.1406	0.0122	0.0314	0.084	0.0098	0.0827	-1.1868	2.7572	-17.1456
7	4.7388	1.6459	1.8587	7.0545	1.6343	5.621	0.066	-0.2758	-0.3703	0.5393	0.1021	-0.3379	0.3393	0.1319	-0.1612	0.2222	0.0325	0.0026	0.0926	0.0516	0.1213	0.7984	-5.9323	-12.6205
8	3.0545	-1.4342	1.2764	3.6647	-0.2753	8.05	-0.2302	-0.1469	-0.0275	0.5052	-0.0524	0.4207	0.1064	-0.3386	0.192	0.2593	-0.0175	0.0751	0.136	0.0194	0.1766	-8.9013	-4.2701	-13.2281
9	2.1573	-0.3809	-1.8347	2.9925	-0.0137	3.5815	0.033	-0.2594	0.0096	0.572	0.0194	-0.133	0.0599	0.1491	-0.0863	0.2098	-0.0001	0.0008	0.129	-0.0014	0.1466	-4.3668	6.2694	-10.8778
10	1.1149	0.2576	0.284	2.7329	0.3689	1.9504	-0.1242	0.1626	-0.1721	-0.0826	-0.0639	-0.2124	0.3484	0.0826	0.1644	0.2094	0.0077	0.0585	0.1118	0.0276	0.1667	-0.1323	0.4941	-23.1291
11	2.7834	-1.9808	0.0082	2.4524	0.7524	2.0233	-0.2328	-0.0916	0.0121	0.2672	0.1676	0.2219	-0.1243	0.0275	0.1	0.1956	-0.0262	-0.0093	0.1807	-0.0262	0.0903	-17.6568	31.1532	0.6678
12	2.6644	0.4032	-0.5381	3.5195	-4.4043	5.5909	0.0009	0.0847	0.4447	0.4586	-0.1941	0.1339	-0.5232	0.2269	0.2194	0.1644	-0.0347	-0.0461	0.1504	-0.0043	0.1822	-16.2609	36.4001	-3.2527
13	0.7338	-2.3222	1.5544	8.9428	-4.6536	3.5939	0.1178	0.3117	-0.1125	-0.6107	-0.2212	0.0915	0.318	0.0039	0.1113	0.2243	-0.0155	0.0062	0.2571	-0.0227	0.1578	-20.6367	29.2552	-8.4366
14	4.1264	-0.3296	-0.5107	4.4211	-0.6032	0.5952	0.0001	0.5243	0.0464	-0.4815	-0.1624	-0.3291	0.1124	0.2611	0.1977	0.2042	-0.0466	0.0405	0.1993	-0.0485	0.1432	-13.0175	31.7149	-7.1399
15	3.4423	-0.5976	0.4018	8.3086	-3.8607	4.4953	-0.341	0.3486	0.5205	-0.0245	0.1694	-0.0762	-0.5446	-0.182	0.0989	0.3212	-0.0144	-0.058	0.2088	0.0096	0.1586	-16.0322	40.2455	-8.1603
16	4.5318	-1.727	0.7315	7.0562	-4.6205	5.3398	-0.1256	0.1542	0.1651	-0.417	0.3197	0.6935	-0.2604	-0.3254	-0.1497	0.206	-0.0298	-0.0472	0.2631	-0.0058	0.1142	-24.8427	36.2425	-6.9621
17	6.0326	3.7889	-2.0961	2.8	-2.2906	2.9849	0.2086	-0.0077	0.4022	0.5807	-0.2083	0.6336	-0.218	-0.107	-0.0004	0.1753	-0.0077	-0.0189	0.2477	0.0167	0.1695	-25.8053	36.7878	-2.2109
18	6.0707	2.4056	2.1604	8.6158	3.2081	5.8687	0.0467	-0.1363	-0.2993	0.3495	-0.0122	-0.1879	0.0497	0.1243	-0.0338	0.1342	0.0101	0.0122	0.1427	0.0346	0.1232	-59.4557	39.1605	35.4713
19	2.8383	1.0387	-0.1677	2.8853	-0.2306	0.7882	0.0894	-0.0155	-0.0009	0.0996	-0.0822	0.0773	0.046	-0.084	-0.0003	0.085	0.0077	-0.0085	0.1143	-0.0017	0.0768	-59.7655	48.8892	30.6378
20	0.857	-2.3065	-1.4783	6.17	3.9602	2.5279	-0.0334	0.01	-0.3746	0.0054	-0.3939	0.6777	-0.0062	-0.2094	0.3622	0.1385	-0.0017	-0.0016	0.1435	-0.0199	0.3426	-56.9608	26.1792	26.71
21	8.316	2.6377	-4.0635	2.6311	-1.7325	3.5167	0.1913	0.0657	0.3642	-0.1584	-0.082	-0.0478	-0.1278	0.2095	-0.0936	0.1498	-0.0186	0.0504	0.197	-0.0294	0.2069	-26.9923	18.6439	13.0616
22	5.7177	0.5837	-0.5897	2.418	-0.0001	2.7374	-0.0363	-0.0862	0.1635	0.0495	-0.0334	0.1156	-0.1286	0.0866	0.073	0.1439	-0.0302	0.0159	0.0783	-0.0181	0.1889	-39.7349	21.9688	23.4762
23	4.1579	-0.8032	-1.1033	2.693	0.3621	2.8851	-0.1815	-0.2415	-0.69	0.0303	-0.1286	-0.2436	0.2427	0.3165	0.2749	0.1414	0.0132	0.0407	0.1911	0.0329	0.2594	-31.1744	15.2143	23.3973
24	2.4438	0.3224	-0.3027	2.7011	0.0512	1.6715	-0.027	0.0739	-0.0117	-0.0218	0.0375	-0.0728	0.0029	0.065	-0.0063	0.0797	-0.0052	-0.0195	0.0986	0.0096	0.1009	-44.8979	57.9383	21.7296
25	2.2597	0.7176	-0.1605	4.1921	0.4963	2.0972	-0.0671	0.1864	-0.2769	-0.2631	0.1053	0.32	0.1643	-0.503	-0.0322	0.1274	-0.0312	-0.0294	0.3042	0.006	0.2628	-35.1673	26.2479	7.3001
26	5.7944	-0.8301	-2.3632	3.0175	1.8764	3.6226	0.0976	0.0924	-0.1415	-0.3388	0.0304	-0.6902	0.2484	0.357	0.1327	0.3828	0.1576	0.1322	0.1468	0.0439	0.334	11.3498	-7.765	-24.4656
27	3.2789	2.365	-4.7184	2.3477	-3.7311	7.7244	0.0536	-0.1744	0.1277	0.8059	-0.1172	0.3156	-0.3543	-0.2135	-0.0317	0.2553	0.0231	0.1042	0.1712	-0.0611	0.2975	-58.4444	66.4571	34.1571

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 113 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 114 through 187 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 188 through 208 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 28 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 29 through 52 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 52A through 63 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 82 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 82A through 96 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 97 through 111 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 112 through 134 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 135 through 145 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 146 through 157 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 158 through 175 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 176 through 188 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 189 through 203 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 204 through 214 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 2 through 24 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 25 through 101 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 102 through 113 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 114 through 129 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 130 through 173 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 174 through 208 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 2 through 111 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 112 through 214 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 6 through 14 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'I' and (resid 6 through 14 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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