PDB-6pbu: ClpP1 from Mycobacterium smegmatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pbu

タイトル

ClpP1 from Mycobacterium smegmatis

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / Protease / Degradation / AAA+ unfoldase

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / ATP-dependent peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Heras, B. / Nagpal, J. / Dougan, D.A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Molecular and structural insights into an asymmetric proteolytic complex (ClpP1P2) from Mycobacterium smegmatis.
著者: Nagpal, J. / Paxman, J.J. / Zammit, J.E. / Alhuwaider, A. / Truscott, K.N. / Heras, B. / Dougan, D.A.

履歴

登録	2019年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pbu.cif.gz	286.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pbu.ent.gz	229 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pbu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pbu_validation.pdf.gz	507.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pbu_full_validation.pdf.gz	521.2 KB	表示
XML形式データ	6pbu_validation.xml.gz	60.2 KB	表示
CIF形式データ	6pbu_validation.cif.gz	86.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cbyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vgk-d 3hln-2 1y7o-1 6vgn-d 2f6i-1 3qwd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

165 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, assay for oligomerization, Analytical Ultracentrifugation
330 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.617, 169.617, 114.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-419- HOH

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 23470.572 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: clpP, MSMEG_4673 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R198, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1083 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.1 - 3.4 M sodium malonate pH 6.6 - 6.8 / PH範囲: 6.6 - 6.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 111562 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 1.515 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 1387039

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	11	1.181	5412	0.813	0.364	1.238	1.401	98.3
2.03-2.07	11.1	1.005	5451	0.848	0.309	1.052	1.404	98.8
2.07-2.11	11.1	0.86	5484	0.885	0.264	0.901	1.431	99.1
2.11-2.15	11.2	0.734	5487	0.916	0.224	0.768	1.459	99.3
2.15-2.2	11.4	0.62	5507	0.935	0.188	0.648	1.46	99.4
2.2-2.25	11.5	0.535	5489	0.955	0.162	0.559	1.497	99.8
2.25-2.31	11.6	0.501	5549	0.959	0.151	0.524	1.519	99.9
2.31-2.37	11.8	0.423	5560	0.968	0.126	0.442	1.514	99.9
2.37-2.44	12	0.368	5520	0.98	0.109	0.384	1.535	100
2.44-2.52	12.2	0.306	5559	0.984	0.09	0.319	1.552	100
2.52-2.61	12.5	0.287	5567	0.985	0.084	0.3	1.558	100
2.61-2.71	12.7	0.22	5558	0.991	0.064	0.229	1.551	99.9
2.71-2.84	13	0.19	5589	0.993	0.054	0.197	1.555	99.9
2.84-2.99	13.2	0.148	5576	0.995	0.042	0.154	1.6	100
2.99-3.17	13.3	0.124	5585	0.996	0.035	0.129	1.76	100
3.17-3.42	13.3	0.108	5624	0.997	0.03	0.112	1.884	100
3.42-3.76	13.3	0.088	5651	0.998	0.025	0.091	1.874	100
3.76-4.31	13.8	0.065	5671	0.999	0.018	0.067	1.522	100
4.31-5.43	14	0.046	5736	0.999	0.013	0.048	1.187	100
5.43-50	14.1	0.035	5987	1	0.01	0.036	1.046	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CBY

2cby

解像度: 2→37.149 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2146	5584	5.02 %
R_work	0.1777	-	-
obs	0.1795	111313	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.24 Å² / B_iso mean: 31.2464 Å² / B_iso min: 13.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→37.149 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10121	0	63	1087	11271
B_iso mean	-	-	51.41	39.8	-
残基数	-	-	-	-	1336

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0004-2.0231	0.2608	158	0.232	3190	3348	91
2.0231-2.0469	0.2503	196	0.2254	3468	3664	98
2.0469-2.0718	0.2717	188	0.2177	3435	3623	99
2.0718-2.0981	0.2582	185	0.2118	3447	3632	99
2.0981-2.1257	0.2645	177	0.212	3483	3660	99
2.1257-2.1548	0.2725	175	0.2087	3522	3697	99
2.1548-2.1856	0.2653	157	0.2095	3476	3633	99
2.1856-2.2182	0.2562	204	0.2019	3481	3685	100
2.2182-2.2528	0.255	191	0.1927	3503	3694	100
2.2528-2.2898	0.2503	180	0.1973	3525	3705	100
2.2898-2.3293	0.2328	185	0.202	3517	3702	100
2.3293-2.3716	0.2449	191	0.1981	3510	3701	100
2.3716-2.4172	0.2713	182	0.196	3508	3690	100
2.4172-2.4665	0.2218	172	0.1958	3523	3695	100
2.4665-2.5202	0.2287	188	0.1951	3508	3696	100
2.5202-2.5788	0.2731	175	0.2047	3553	3728	100
2.5788-2.6432	0.2516	209	0.2001	3477	3686	100
2.6432-2.7147	0.2361	178	0.1943	3552	3730	100
2.7147-2.7945	0.2336	206	0.2074	3517	3723	100
2.7945-2.8847	0.2156	201	0.1913	3524	3725	100
2.8847-2.9878	0.2211	185	0.1883	3528	3713	100
2.9878-3.1073	0.227	212	0.1783	3520	3732	100
3.1073-3.2487	0.2449	152	0.1807	3584	3736	99
3.2487-3.4198	0.1945	192	0.1697	3538	3730	99
3.4198-3.6339	0.1747	183	0.1583	3563	3746	100
3.6339-3.9142	0.1797	194	0.1473	3568	3762	100
3.9142-4.3076	0.1773	187	0.1296	3590	3777	100
4.3076-4.9297	0.1424	184	0.1342	3628	3812	100
4.9297-6.2062	0.2042	185	0.1809	3675	3860	100
6.2062-37.155	0.2132	212	0.1769	3816	4028	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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