+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pbu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | ClpP1 from Mycobacterium smegmatis | ||||||
Components | ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Protease / Degradation / AAA+ unfoldase | ||||||
Function / homology | Function and homology information endopeptidase Clp / ATP-dependent peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Heras, B. / Nagpal, J. / Dougan, D.A. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: Molecular and structural insights into an asymmetric proteolytic complex (ClpP1P2) from Mycobacterium smegmatis. Authors: Nagpal, J. / Paxman, J.J. / Zammit, J.E. / Alhuwaider, A. / Truscott, K.N. / Heras, B. / Dougan, D.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pbu.cif.gz | 286.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6pbu.ent.gz | 229 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pbu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6pbu_validation.pdf.gz | 507.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6pbu_full_validation.pdf.gz | 521.2 KB | Display | |
Data in XML | 6pbu_validation.xml.gz | 60.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6pbu_validation.cif.gz | 86.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2cbyS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 23470.572 Da / Num. of mol.: 7 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (bacteria) Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: clpP, MSMEG_4673 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0R198, endopeptidase Clp #2: Chemical | ChemComp-MLI / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.15 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 2.1 - 3.4 M sodium malonate pH 6.6 - 6.8 / PH range: 6.6 - 6.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 29, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 111562 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.515 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 1387039 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2CBY Resolution: 2→37.149 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.39
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.24 Å2 / Biso mean: 31.2464 Å2 / Biso min: 13.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→37.149 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|