PDB-6pbi: Crystal Structure of EcDsbA in a complex with purified morpholine 8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pbi

タイトル

Crystal Structure of EcDsbA in a complex with purified morpholine 8

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / DSBA / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / REFiLX / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Bentley, M. / Doak, B. / Scanlon, M.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	Project Grant APP1099151	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	LIEF LE160100047	オーストラリア

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Rapid Elaboration of Fragments into Leads by X-ray Crystallographic Screening of Parallel Chemical Libraries (REFiL X ).
著者: Bentley, M.R. / Ilyichova, O.V. / Wang, G. / Williams, M.L. / Sharma, G. / Alwan, W.S. / Whitehouse, R.L. / Mohanty, B. / Scammells, P.J. / Heras, B. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Capuano, B. ...

履歴

登録	2019年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pbi.cif.gz	202.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pbi.ent.gz	132.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pbi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6pbi_validation.pdf.gz	683.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pbi_full_validation.pdf.gz	688.7 KB	表示
XML形式データ	6pbi_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	6pbi_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5qkcC 5qkdC 5qkeC 5qkfC 5qkgC 5qkhC 5qkiC 5qkjC 5qkkC 5qklC 5qkmC 5qknC 5qkoC 5qkpC 5qkqC 5qkrC 5qksC 5qktC 5qkuC 5qkvC 5qkwC 5qkxC 5qkyC 5qkzC 5ql0C 5ql1C 5ql2C 5ql3C 5ql4C 5ql5C 5ql6C 5ql7C 5ql8C 5ql9C 5qlaC 5qlbC 5qlcC 5qldC 5qleC 5qlfC 5qlgC 5qlhC 5qliC 5qljC 5qlkC 5qllC 5qlmC 5qlnC 5qloC 5qlpC 5qlqC 5qlrC 5qlsC 5qltC 5qluC 5qlvC 5qlwC 5qlxC 5qlyC 5qlzC 5qm0C 5qm1C 5qm2C 5qm3C 5qm4C 5qm5C 5qm6C 5qm7C 5qm8C 5qm9C 5qmaC 5qmbC 5qmcC 5qmdC 5qmeC 5qmfC 5qmgC 5qmhC 5qmiC 5qmjC 5qmkC 5qmlC 5qmmC 5qmnC 5qmoC 5qmpC 5qmqC 5qmrC 5qmsC 5qmtC 5qmuC 5qmvC 5qmwC 5qmxC 5qmyC 5qmzC 5qn0C 5qn1C 5qn2C 5qn3C 5qn4C 5qn5C 5qn6C 5qn7C 5qn8C 5qn9C 5qnaC 5qnbC 5qncC 5qndC 5qneC 5qnfC 5qngC 5qnhC 5qniC 5qnjC 5qnkC 5qnlC 5qnmC 5qnnC 5qnoC 5qnpC 5qnqC 5qnrC 5qnsC 5qntC 5qnuC 5qnvC 5qnwC 5qnxC 5qnyC 5qnzC 5qo0C 5qo1C 5qo2C 5qo3C 5qo4C 5qo5C 5qo6C 5qo7C 5qo8C 5qo9C 5qoaC 5qobC 5qocC 5qodC 5qoeC 5qofC 5qogC 6pc9C 6pd7C 6pdhC 6pg1C 6pg2C 6pgjC 6piqC 6pliC 6whdC 1dsbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qmv-1 6poh-1 5qle-1 6poq-1 5qlx-1 6br4-1 5qm4-1 5qo0-1 5ql3-1 5qma-2 5qm7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.734, 64.624, 74.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.783, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-447- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-O6Y / 2-methyl-4-{4-[2-(morpholin-4-yl)-2-oxoethyl]phenoxy}benzonitrile 分子量: 336.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25-35 % PEG MME 2000, 100-300 mM KBr

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月21日
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→34.79 Å / Num. obs: 35587 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2191 / CC_1/2: 0.753 / R_pim(I) all: 0.517 / R_rim(I) all: 0.789 / Χ²: 0.98 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3211	精密化
XDS		データ削減
Aimless	1.11.12	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DSB

1dsb

解像度: 1.9→34.79 Å / SU ML: 0.2294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8154

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	1737	4.88 %
R_work	0.1905	-	-
obs	0.1924	35578	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2870	0	26	306	3202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	3010
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7978	4099
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0441	449
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.083	2707

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.96	0.3103	118	0.2788	2792	X-RAY DIFFRACTION	97.36
1.96-2.02	0.2797	141	0.2521	2821	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.02-2.09	0.2753	147	0.2403	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.09-2.17	0.3056	137	0.224	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.17-2.27	0.2604	155	0.2138	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.2748	154	0.2119	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.2872	171	0.2106	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.54-2.74	0.2808	132	0.2168	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.74-3.01	0.248	122	0.2026	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.01-3.45	0.2188	159	0.1924	2802	X-RAY DIFFRACTION	98.8
3.45-4.35	0.1908	140	0.1566	2788	X-RAY DIFFRACTION	97.31
4.35-34.79	0.1809	161	0.161	2856	X-RAY DIFFRACTION	97.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.55656565173	-0.364512738433	0.963081505847	2.46342996249	1.75357633337	2.17549367649	0.0742313325654	0.311993638152	-0.050067466905	-0.319197831118	-0.0163062338609	0.116613508657	-0.051821537323	0.145438308873	-0.00844619801189	0.280641436492	-0.021596949224	-0.031421728313	0.20264334634	-0.0199353405372	0.191875008686	29.1256378704	-7.38718411961	-1.6943176593
2	9.39022379667	-2.88451693092	-4.8152939944	5.3152857768	1.38350485558	7.79027604996	0.160821483256	-0.484347930001	-0.534602347572	0.495524053907	-0.0896099595828	0.00169813344728	0.356245024969	0.464553531802	0.0199030013445	0.32940322565	-0.0465399961146	-0.037793115936	0.250521128526	-0.00666418410978	0.223882455604	30.946322724	-18.0002934394	5.62767587801
3	1.32958907207	1.51918581598	0.419312524072	4.11488635384	1.8551361951	3.73785413306	-0.154825205312	0.15876912653	-0.470978904625	-0.229244384586	0.331469073212	-0.430136372841	0.204638072966	0.433083643578	-0.17575924342	0.187108212495	0.00376252550957	0.0124751112657	0.218703271759	-0.0570790549663	0.30182928038	35.9070826808	-6.18349869275	4.29348261033
4	2.20946712334	0.780026567841	0.117789409432	2.15712207696	0.183529380788	3.34349262139	-0.0375231409397	-0.124736104678	0.0732357437004	0.081674637417	-0.00828466193507	-0.141180129151	0.192552018989	0.31155292734	0.0407365702158	0.210027494284	0.0243323211843	-0.0316592185745	0.221721134333	-0.00457048429861	0.214906093347	37.1879494165	-0.273992161165	16.7069121078
5	3.89199212561	0.351151903412	-0.601136346454	6.2324432774	1.68102169837	5.95208504242	-0.220983894347	0.638632254146	0.0951539550082	-0.856049011947	0.364750043101	0.0178283160232	-0.261414723804	-0.0114693640922	-0.0934685194629	0.270366410541	-0.0822553560902	-0.0236802657622	0.312704527279	0.00770957486495	0.214597183322	31.2016355812	-4.99256841855	-4.20405208452
6	2.57391585749	0.974678081423	-0.826728268653	2.25436472882	-0.894394295459	2.45959969974	-0.0848240166983	0.0750042438057	0.00939786636463	0.0656613927647	0.121782784961	0.0255778293759	-0.0586803783901	-0.123250484787	-0.0543997132082	0.302140338448	0.0279817252561	-0.0521276574271	0.215553392738	-0.0440082071096	0.226574670467	24.6183011457	-17.1967940868	-2.84983796392
7	1.2583587017	-0.618794835664	-0.893752972078	1.49007365684	-0.170998385228	0.941740655883	0.688664452932	0.569436294368	0.413217707332	-1.09315257	-0.337999985528	0.0806619522184	-0.861213471178	-0.582202296382	-0.0202059643471	1.14991985675	0.522736356303	0.310712132526	0.737421540698	0.0454301886781	0.709747883438	2.58678336746	10.4352916989	20.6470446522
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10	1.50296393102	0.274273087999	1.31209131252	3.82454645154	1.73027073987	3.03479687976	0.101567715342	-0.0508370406289	0.670923647822	-0.700106368127	-0.203678268399	0.718294590356	-0.919562062546	-0.807899008908	0.137315154009	0.668248250289	0.279179006112	0.0475684608568	0.687625670406	0.0991296875279	0.539365846468	0.264002669331	-2.77466539168	12.4588936066
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12	5.20018334401	0.801851058184	1.40993935282	3.81011025546	-0.540787494768	4.32705502397	0.482196798563	0.189912949636	0.422157910139	-0.185144001549	-0.39628053935	0.301755728103	-0.710572510772	-0.592828885716	0.0166478214824	0.509843796984	0.144219812242	0.217923470472	0.374273052194	-0.0632708028987	0.523999209552	5.96467579327	4.82118239284	30.014773174

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 65 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 66 through 145 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 146 through 161 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 162 through 188 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 21 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 22 through 65 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 66 through 128 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 129 through 161 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 162 through 170 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 171 through 188 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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