PDB-6pbb: Crystal structure of Hen Egg White Lysozyme in complex with I3C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pbb

タイトル

Crystal structure of Hen Egg White Lysozyme in complex with I3C

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.89151078799 Å

データ登録者

Truong, J.Q.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Combining random microseed matrix screening and the magic triangle for the efficient structure solution of a potential lysin from bacteriophage P68.
著者: Truong, J.Q. / Panjikar, S. / Shearwin-Whyatt, L. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.E.

履歴

登録	2019年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pbb.cif.gz	81.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pbb.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o43C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nxp-2 1ouh-d 5eep-d 1iwz-d 1iwy-d 1gfu-d 1gdx-d 1ip3-1 7jtz-3 1gev-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.160, 77.160, 38.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-326- HOH
2	1	A-372- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: B8YK79, UniProt: P00698*PLUS, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸分子量: 558.835 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₄I₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: Rectangular prism
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.459 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→38.2 Å / Num. obs: 9810 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 43.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.8218497582 Å² / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.87→1.92 Å / Num. unique obs: 475

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2689	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.89151078799→34.5070010288 Å / SU ML: 0.243569862865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.90937325444 / 位相誤差: 27.2332016465

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.240338619954	1660	9.54461821527 %
R_work	0.196642865377	-	-
obs	0.200725274419	9547	98.717221024 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.3201983581 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89151078799→34.5070010288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	996	0	65	73	1134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00306098938929	1093
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.538582090866	1491
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0380168209544	145
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00281873592064	193
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4261499499	624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8915-1.9472	0.420127637227	134	0.367486278295	1277	X-RAY DIFFRACTION	95.9211420802
1.9472-2.01	0.330187577234	138	0.236600972746	1326	X-RAY DIFFRACTION	98.3870967742
2.01-2.0818	0.23703509896	126	0.193781873256	1309	X-RAY DIFFRACTION	99.4455994456
2.0818-2.1652	0.257935842805	142	0.185506743137	1317	X-RAY DIFFRACTION	99.590443686
2.1652-2.2637	0.297957894907	160	0.201102927063	1287	X-RAY DIFFRACTION	96.6599866399
2.2637-2.383	0.285915470758	145	0.199622971384	1274	X-RAY DIFFRACTION	97.9296066253
2.383-2.5323	0.298128858362	158	0.205637773018	1300	X-RAY DIFFRACTION	99.4542974079
2.5323-2.7277	0.274029148537	121	0.206783044717	1330	X-RAY DIFFRACTION	99.3835616438
2.7277-3.0021	0.232102277905	115	0.224599078026	1344	X-RAY DIFFRACTION	99.2517006803
3.0021-3.4362	0.250101366321	128	0.199959774329	1337	X-RAY DIFFRACTION	99.6598639456
3.4362-4.3279	0.186439150325	146	0.153368593563	1316	X-RAY DIFFRACTION	99.9316473001
4.3279-34.5127	0.190798131258	147	0.188588242607	1315	X-RAY DIFFRACTION	99.388171312

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.88076883414	-1.68185720436	-0.89849259947	4.11577338428	-0.377118863601	3.99573035082	-0.103937958999	-0.0646072320797	-0.486068641772	-0.0116094632354	0.107596722416	0.176208963174	0.111543348878	-0.223282436874	0.0335689501381	0.185164295332	-0.0125308584012	0.0147179241168	0.228334723912	0.0688073590613	0.27265437814	20.8973073143	-7.39785075023	23.2454487881
2	3.90820877121	-0.337483852579	-1.92165962023	4.20614023002	-1.13336341648	8.68738496538	0.209766937444	0.335861123614	0.118461411586	-0.233937356662	-0.0171460970763	-0.0555386302857	-0.446886367381	0.127460190701	-0.232555157613	0.193452333146	0.0252875272132	0.00514760790928	0.245297800509	0.0399852504861	0.228414831346	17.0167728586	7.56310139315	18.7029852752
3	5.61366340732	-4.39899351595	1.60179097503	6.47474157505	1.18424926998	2.42289591163	0.259889627792	0.359930401655	-0.589224416942	-0.524829061935	-0.282650194003	0.262460192989	-0.0738036882138	0.0811566053712	0.0204208407418	0.232097352437	0.018196831778	-0.0325517674223	0.275625924833	-0.0253108720662	0.280060164426	13.5604563316	1.72143546246	10.7496286387
4	3.08480118748	-0.446232055463	-0.807359836177	7.96481261485	5.35497454355	3.70631729572	0.102168359863	0.398296186302	0.116381034178	-0.449712049975	0.148463263414	-0.227353525395	-0.540488355	0.0940524707777	-0.291616463781	0.256472355972	0.00116905166379	-4.75375919086E-5	0.272507032563	0.0436238063641	0.287504925231	28.7151554382	-0.381443281147	15.1308820022
5	3.97742719847	4.30609515215	-4.5630686814	5.27978620293	-4.66541330858	7.03736173886	-0.345449902379	-0.44283603462	-1.12126867567	0.0284285202959	-0.0483347359414	-0.370426823392	0.76156336121	0.291952398627	0.566742125616	0.410629234116	0.0466772693047	0.0255815226292	0.371509383486	0.104335849834	0.435441620467	28.1987726517	-8.83258690609	29.290795306

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 99 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 100 through 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 115 through 129 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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