PDB-6pal: Bacteroides uniformis endo-laminarinase BuGH158 from the beta(1,3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pal

タイトル

Bacteroides uniformis endo-laminarinase BuGH158 from the beta(1,3)-glucan utilization locus

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / laminarinase / endo-glucanase

機能・相同性

Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / ACETATE ION / Glycoside hydrolase family 2 TIM barrel-domain containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides uniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.818 Å

データ登録者

Tamura, K. / Brumer, H. / van Petegem, F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Synergy between Cell Surface Glycosidases and Glycan-Binding Proteins Dictates the Utilization of Specific Beta(1,3)-Glucans by Human GutBacteroides.
著者: Dejean, G. / Tamura, K. / Cabrera, A. / Jain, N. / Pudlo, N.A. / Pereira, G. / Viborg, A.H. / Van Petegem, F. / Martens, E.C. / Brumer, H.

履歴

登録	2019年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_detector Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pal.cif.gz	309.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pal.ent.gz	255.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pal_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pal_full_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示
XML形式データ	6pal_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	6pal_validation.cif.gz	54 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/6pal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/6pal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jw4-2 1uby-2 4osw-2 4ot3-2 4osq-2 4ost-2 3v6t-2 6jw5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

91.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.675, 106.030, 126.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 45757.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (バクテリア) 遺伝子: Bun01g_20700, DWW83_06800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A412SRH5
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1 M bicine pH 9.0 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.818→40.726 Å / Num. obs: 80471 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.818→1.849 Å / R_merge(I) obs: 1.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3966 / CC_1/2: 0.69 / R_pim(I) all: 0.49 / R_rim(I) all: 1.56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.818→40.726 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	4004	4.976 %
R_work	0.1693	-	-
all	0.171	-	-
obs	-	80470	99.986 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.169 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.353 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.588 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.765 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.818→40.726 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6302	0	21	655	6978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	6537
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	5979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.642	8878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.335	1.575	13838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.351	5	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.565	22.716	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.281	15	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.576	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	5531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.29	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.279	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.208	2.676	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.206	2.676	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.102	3.994	4072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.102	3.995	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.084	2.991	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.08	2.989	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.734	4.344	4806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.73	4.341	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.046	31.191	7414
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.956	30.838	7305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.818-1.865	0.279	292	0.262	5576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.865-1.916	0.273	257	0.226	5480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.916-1.971	0.235	275	0.205	5296	X-RAY DIFFRACTION	100
1.971-2.032	0.225	283	0.184	5114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.099	0.212	251	0.171	5031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.099-2.172	0.204	248	0.159	4857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.172-2.254	0.217	256	0.159	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.254-2.346	0.21	249	0.149	4510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.346-2.45	0.2	233	0.153	4290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.57	0.213	227	0.163	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.709	0.226	199	0.165	3972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.709-2.873	0.224	187	0.171	3744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.873-3.071	0.236	187	0.186	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.071-3.317	0.213	165	0.18	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.317-3.632	0.188	168	0.167	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.632-4.06	0.171	148	0.145	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.686	0.163	135	0.132	2455	X-RAY DIFFRACTION	100
4.686-5.735	0.19	107	0.17	2105	X-RAY DIFFRACTION	100
5.735-8.09	0.217	88	0.199	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
8.09-40.726	0.203	49	0.177	976	X-RAY DIFFRACTION	98.9382

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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