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万見
- PDB-6paj: Structure of the SrrAB Histidine Kinase DHp-CA domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6paj
タイトルStructure of the SrrAB Histidine Kinase DHp-CA domain
要素Sensor protein SrrB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / sensor protein / dimer / histidine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ResE, histidine kinase sensor domain / Histidine kinase sensor domain / : / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain ...ResE, histidine kinase sensor domain / Histidine kinase sensor domain / : / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor protein SrrB
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lopez Redondo, M.L. / Marina Moreno, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-78571-P スペイン
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: The SrrAB two-component system regulatesStaphylococcus aureuspathogenicity through redox sensitive cysteines.
著者: Tiwari, N. / Lopez-Redondo, M. / Miguel-Romero, L. / Kulhankova, K. / Cahill, M.P. / Tran, P.M. / Kinney, K.J. / Kilgore, S.H. / Al-Tameemi, H. / Herfst, C.A. / Tuffs, S.W. / Kirby, J.R. / ...著者: Tiwari, N. / Lopez-Redondo, M. / Miguel-Romero, L. / Kulhankova, K. / Cahill, M.P. / Tran, P.M. / Kinney, K.J. / Kilgore, S.H. / Al-Tameemi, H. / Herfst, C.A. / Tuffs, S.W. / Kirby, J.R. / Boyd, J.M. / McCormick, J.K. / Salgado-Pabon, W. / Marina, A. / Schlievert, P.M. / Fuentes, E.J.
履歴
登録2019年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein SrrB
B: Sensor protein SrrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9273
ポリマ－51,8092
非ポリマー1181
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.212, 58.952, 70.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein SrrB / Staphylococcal respiratory response protein B


分子量: 25904.602 Da / 分子数: 2 / 断片: DHp-CA domain (UNP residues 355-583) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: srrB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q9L523, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG4000, 15% MPD, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.979,0.9505
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.95051
反射解像度: 1.99→69.082 Å / Num. obs: 33780 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.052 / Net I/av σ(I): 7.9 / Net I/σ(I): 19.9 / Num. measured all: 132910
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.99-2.140.34621980949230.40.3463.799.9
2.1-2.2240.1973.81858746380.2280.1976.499.9
2.22-2.3840.1335.31756243930.1540.1339.799.9
2.38-2.5740.0927.91639141060.1060.09213.7100
2.57-2.8140.06310.81486137520.0730.06319.799.9
2.81-3.153.90.0512.51342434020.0580.0527.799.7
3.15-3.633.90.04811.81169430070.0560.04836.299.7
3.63-4.453.70.03814.1944425670.0450.03842.499.8
4.45-6.293.70.03513.4739619960.0410.03546.699.9
6.29-69.0823.80.03913.437429960.0450.03947.288.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
SCALA3.2.19データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.89 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.17
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 1671 5 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.1899 31592 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.19 Å2 / Biso mean: 37.407 Å2 / Biso min: 17.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.79 Å20 Å2-3.3 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3158 0 8 334 3500
Biso mean--59.03 48.49 -
残基数----402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0153331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.7324522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4881.7077504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9695434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.08320.21792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.80915557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7761516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02534
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 120 -
Rwork0.247 2321 -
all-2441 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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