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- PDB-6p8c: 2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8c
タイトル2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase (MthRED) from Methanothermobacter thermautotrophicus
要素2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Riboflavin / Cofactor / Methanothermobacter thermautotrophicus.
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
2,5-diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine 1-reductase, archaeal / Riboflavin-specific deaminase, C-terminal / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Carbone, V. / Schofield, L.R. / Hannus, I. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Other government ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of 2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase (MthRED) from Methanothermobacter thermautotrophicus
著者: Carbone, V. / Schofield, L.R. / Hannus, I. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase
B: 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,74511
ポリマ－54,7952
非ポリマー1,9509
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: UTILIZED PISA ANALYSIS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.921, 89.597, 107.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.123043, 0.006945, -0.992377), (0.000161, -0.999976, -0.006979), (-0.992401, 0.000699, -0.123041)133.266846, 37.004261, 150.921509

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / DARP reductase / 2 / 5-diamino-6-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidin-4(3H)-one reductase / 5- ...DARP reductase / 2 / 5-diamino-6-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidin-4(3H)-one reductase / 5-diamino-6-ribitylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate synthase / DARIPP synthase


分子量: 27397.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (strain ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H) (古細菌)
株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: MTH_235 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O26337, 2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase

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非ポリマー , 5種, 275分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 10% (w/v) PEG 8000, 0.1 M Na-Cacodylate pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→68.698 Å / Num. all: 34024 / Num. obs: 34024 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.1 / Net I/av σ(I): 5.4 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 179331
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.07-2.185.30.68412599448650.3320.7630.6842.599.4
2.18-2.315.30.4871.22445546080.2410.5460.4873.799.6
2.31-2.475.40.2952.62359143940.1410.3280.2955.199.8
2.47-2.675.30.2023.62154440410.0980.2250.2027.299.8
2.67-2.935.30.1364.91999937550.0660.1520.1369.799.9
2.93-3.275.30.0848.51825834480.040.0930.08413.4100
3.27-3.785.20.0737.41597430580.0360.0820.07318.1100
3.78-4.635.10.0579.71329925890.0280.0640.05721.2100
4.63-6.5550.04612.21040420610.0230.0510.04621.299.9
6.55-45.9384.80.04110.8581312050.0220.0460.04122.299.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.94 Å
Translation2.5 Å45.94 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AZN

2azn


解像度: 2.07→45.981 Å / SU R Cruickshank DPI: 0.1685 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: UTILIZED TLS REFINEMENT FOR FINAL CYCLE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22168 1724 5.1 %
Rwork0.17051 --
obs0.17317 32245 99.6451 %
原子変位パラメータBiso max: 92.41 Å2 / Biso mean: 38.9059 Å2 / Biso min: 18.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→45.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3294 0 123 267 3684

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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