PDB-6p7p: Structure of E. coli MS115-1 NucC, cAAA-bound form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p7p

タイトル

Structure of E. coli MS115-1 NucC, cAAA-bound form

要素

Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)
E. coli MS115-1 NucC 2-241

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / nuclease

機能・相同性

Domain of unknown function DUF6602 / Domain of unknown function (DUF6602) / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / metal ion binding / RNA / Endodeoxyribonuclease NucC

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.665 Å

データ登録者

Ye, Q. / Lau, R.K. / Berg, K.R. / Corbett, K.D.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: Structure and Mechanism of a Cyclic Trinucleotide-Activated Bacterial Endonuclease Mediating Bacteriophage Immunity.
著者: Lau, R.K. / Ye, Q. / Birkholz, E.A. / Berg, K.R. / Patel, L. / Mathews, I.T. / Watrous, J.D. / Ego, K. / Whiteley, A.T. / Lowey, B. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J. / Jain, M. / Pogliano, J. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2019年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p7p.cif.gz	440.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p7p.ent.gz	365.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6p7p_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p7p_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	6p7p_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	6p7p_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p7oSC 6p7qC 6q1hC 6uxfC 6uxgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p7q-1 6p7q-2 6q1h-d 2vxo-d 10831 4zdf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/666

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: E. coli MS115-1 NucC 2-241

B: E. coli MS115-1 NucC 2-241

C: E. coli MS115-1 NucC 2-241

D: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

E: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

F: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

ヘテロ分子

83.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E. coli MS115-1 NucC 2-241

C: E. coli MS115-1 NucC 2-241

D: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

F: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

ヘテロ分子

A: E. coli MS115-1 NucC 2-241

C: E. coli MS115-1 NucC 2-241

D: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

F: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

ヘテロ分子

A: E. coli MS115-1 NucC 2-241

C: E. coli MS115-1 NucC 2-241

D: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

F: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Confirmed by size exclusion chromatography coupled to multi-angle light scattering (SEC-MALS)
167 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E. coli MS115-1 NucC 2-241

E: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

B: E. coli MS115-1 NucC 2-241

E: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

B: E. coli MS115-1 NucC 2-241

E: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

B: E. coli MS115-1 NucC 2-241

E: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

B: E. coli MS115-1 NucC 2-241

E: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

B: E. coli MS115-1 NucC 2-241

E: Cyclic tri-AMP (5'-3' linked)

登録者が定義した集合体
167 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_545	-y,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-x+y+1,-x,z	1
crystal symmetry operation	10_545	y+2/3,x-2/3,-z+1/3	1
crystal symmetry operation	11_445	x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/3	1
crystal symmetry operation	12_555	-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.592, 131.592, 252.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-544- HOH
2	1	B-468- HOH
3	1	C-448- HOH
4	1	D-103- HOH
5	1	E-105- HOH
6	1	F-103- HOH

#1: タンパク質	E. coli MS115-1 NucC 2-241 分子量: 26896.377 Da / 分子数: 3 / 変異: N-terminal SNA fusion; D73N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌) 遺伝子: HMPREF9540_01761 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Y2H5
#2: RNA鎖	Cyclic tri-AMP (5'-3' linked) 分子量: 942.660 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 17-24% PEG 3350, 0.1 M Na/K tartrate, and 25 mM Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→103.85 Å / Num. obs: 97528 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.601 / Num. unique obs: 4200 / CC_1/2: 0.89 / R_pim(I) all: 0.205 / R_rim(I) all: 0.636 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6P7O

6p7o

解像度: 1.665→65.796 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 14.58

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1621	4788	4.91 %
R_work	0.1419	-	-
obs	0.1429	97503	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.665→65.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5657	198	1	861	6717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6084
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	8302
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.297	3540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	893
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1052

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6646-1.6835	0.2451	138	0.2003	2517	X-RAY DIFFRACTION	83
1.6835-1.7033	0.2057	163	0.1774	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7033-1.7241	0.2	172	0.165	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7241-1.7459	0.2114	166	0.1663	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7459-1.7689	0.1876	160	0.1611	3109	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7689-1.7931	0.2147	158	0.2036	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7931-1.8188	0.2031	186	0.1815	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8188-1.8459	0.1798	171	0.1745	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8459-1.8747	0.2231	155	0.1653	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8747-1.9055	0.2078	148	0.1611	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9055-1.9383	0.1726	153	0.1556	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9383-1.9736	0.1914	169	0.1468	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9736-2.0116	0.1747	169	0.1445	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0116-2.0526	0.1764	160	0.1428	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0526-2.0973	0.1792	157	0.1465	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0973-2.146	0.1617	147	0.1412	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.1997	0.1794	148	0.1394	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1997-2.2592	0.1535	179	0.1349	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2592-2.3257	0.176	147	0.13	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3257-2.4007	0.1393	171	0.1273	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4007-2.4866	0.1554	146	0.1315	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4866-2.5861	0.1596	156	0.1348	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5861-2.7038	0.1617	182	0.1394	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7038-2.8464	0.1395	126	0.1385	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8464-3.0247	0.1655	150	0.1409	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0247-3.2582	0.1524	155	0.1424	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2582-3.5861	0.1419	172	0.131	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5861-4.1049	0.1357	161	0.1231	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1049-5.1715	0.1235	162	0.1165	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1715-65.8474	0.1813	161	0.1674	3290	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6139	0.4161	0.2626	0.6645	0.3311	0.4259	0.002	0.076	-0.039	-0.0512	0.0131	-0.1092	-0.03	0.0577	-0.0133	0.1227	0.0062	0.0132	0.1328	0.0041	0.1384	20.2855	0.4436	29.2459
2	1.3479	0.2356	-0.4546	0.3747	-0.1828	0.435	0.0243	0.0252	0.1336	0.0101	0.0063	0.0691	-0.0448	-0.0628	-0.0309	0.1452	0.0112	-0.0082	0.1317	0.0008	0.1231	49.9355	-25.3268	25.0078
3	0.4814	0.3823	0.183	1.2737	0.4803	0.5167	-0.0042	-0.0378	-0.1197	0.0965	0.0428	-0.2055	0.1058	0.096	-0.041	0.1522	0.0217	-0.0055	0.1691	0.0155	0.146	14.842	-13.716	63.1057
4	-0.0005	0.0001	0	-0.0006	0.0001	-0.0007	-0.0014	-0.0599	-0.0978	0.0318	-0.0299	-0.1111	0.0307	0.0636	0.0203	0.1447	0.0032	-0.0482	0.158	0.0703	0.1331	-0.0106	-0.0049	17.1069
5	0.1218	0.1641	-0.057	0.2204	-0.0767	0.0261	-0.0266	-0.0585	0.1101	0.0482	0.0069	0.0748	-0.0625	-0.032	0.0183	0.1442	0.0101	-0.0028	0.153	-0.0586	0.1021	65.7997	-37.9898	12.9093
6	-0.0002	-0	0.0001	-0.0003	-0	-0.0005	0.0012	0.0066	0.007	-0.0524	0.0336	-0.0809	0.0472	0.0512	-0.0296	0.1961	0.004	0.0661	0.1765	0.0208	0.0868	-0.0017	0.0013	75.3544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 3 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 1 through 3 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 1 through 3 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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