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- PDB-6p77: 2.5 Angstrom structure of Caci_6494 from Catenulispora Acidiphila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p77
タイトル2.5 Angstrom structure of Caci_6494 from Catenulispora Acidiphila
要素Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
キーワードUNKNOWN FUNCTION / NTF2 Superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能
SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Catenulispora acidiphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of three noncanonical NTF2-like superfamily proteins: implications for polyketide biosynthesis.
著者: Vuksanovic, N. / Zhu, X. / Serrano, D.A. / Siitonen, V. / Metsa-Ketela, M. / Melancon 3rd, C.E. / Silvaggi, N.R.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
B: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2818
ポリマ－33,4522
非ポリマー8296
水48627
1
A: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

A: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

A: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,18112
ポリマ－50,1783
非ポリマー1,0039
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6810 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
2
B: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

B: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

B: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,66212
ポリマ－50,1783
非ポリマー1,4849
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
Buried area9800 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.260, 159.260, 159.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

21B-505-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit


分子量: 16726.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Catenulispora acidiphila (strain DSM 44928 / NRRL B-24433 / NBRC 102108 / JCM 14897) (バクテリア)
株: DSM 44928 / NRRL B-24433 / NBRC 102108 / JCM 14897 / 遺伝子: Caci_6494 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7PWR4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 1.4 M K2HPO4 0.07 M Na2H2PO4 pH 8.3 5% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.02 Å / Num. obs: 23351 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 21.7 % / Biso Wilson estimate: 48.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1958 / Net I/σ(I): 28.48
反射 シェル解像度: 2.501→2.591 Å / Rmerge(I) obs: 1.358 / Num. unique obs: 2330

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.501→45.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.141 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22456 2004 8.6 %RANDOM
Rwork0.20232 ---
obs0.20422 23351 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 55 27 2310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0182325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.8513130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.062.8494841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2655271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35822.656128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.2915338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0291528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5733.411102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.563.4071101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1945.0761367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1965.0791368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7164.311223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7154.3111224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.3176.1431764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.88341.8572380
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.87841.8362379
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 147 -
Rwork0.257 1559 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.57960.6828-0.07853.93140.36182.422-0.01670.20980.1666-0.26250.03550.2298-0.2267-0.1195-0.01880.07420.0017-0.04150.02630.01420.057748.32965.746.815
22.4242-0.91960.0683.5536-0.62591.77150.10210.1347-0.2462-0.3704-0.00450.32990.1847-0.3413-0.09760.137-0.0062-0.08420.08820.00330.087143.29898.23642.455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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