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万見
- PDB-6p6f: BG505 SOSIP-I53-50NP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p6f
タイトルBG505 SOSIP-I53-50NP
要素
  • I53-50A.1NT1
  • I53-50B.4PT1
キーワードIMMUNOGEN / nanoparticle / self-assembling / HIV / SOSIP
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Berndsen, Z.T. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1111923 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1132237 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Enhancing and shaping the immunogenicity of native-like HIV-1 envelope trimers with a two-component protein nanoparticle.
著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Zachary Berndsen / Anila Yasmeen / Brooke Fiala / Tom P L Bijl / Ilja Bontjer / Jacob B Bale / William Sheffler / Joel D Allen / Anna Schorcht ...著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Zachary Berndsen / Anila Yasmeen / Brooke Fiala / Tom P L Bijl / Ilja Bontjer / Jacob B Bale / William Sheffler / Joel D Allen / Anna Schorcht / Judith A Burger / Miguel Camacho / Daniel Ellis / Christopher A Cottrell / Anna-Janina Behrens / Marco Catalano / Iván Del Moral-Sánchez / Thomas J Ketas / Celia LaBranche / Marit J van Gils / Kwinten Sliepen / Lance J Stewart / Max Crispin / David C Montefiori / David Baker / John P Moore / Per Johan Klasse / Andrew B Ward / Neil P King / Rogier W Sanders /
要旨: The development of native-like HIV-1 envelope (Env) trimer antigens has enabled the induction of neutralizing antibody (NAb) responses against neutralization-resistant HIV-1 strains in animal models. ...The development of native-like HIV-1 envelope (Env) trimer antigens has enabled the induction of neutralizing antibody (NAb) responses against neutralization-resistant HIV-1 strains in animal models. However, NAb responses are relatively weak and narrow in specificity. Displaying antigens in a multivalent fashion on nanoparticles (NPs) is an established strategy to increase their immunogenicity. Here we present the design and characterization of two-component protein NPs displaying 20 stabilized SOSIP trimers from various HIV-1 strains. The two-component nature permits the incorporation of exclusively well-folded, native-like Env trimers into NPs that self-assemble in vitro with high efficiency. Immunization studies show that the NPs are particularly efficacious as priming immunogens, improve the quality of the Ab response over a conventional one-component nanoparticle system, and are most effective when SOSIP trimers with an apex-proximate neutralizing epitope are displayed. Their ability to enhance and shape the immunogenicity of SOSIP trimers make these NPs a promising immunogen platform.
履歴
登録2019年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct_keywords
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20261
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20261
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: I53-50A.1NT1
B: I53-50B.4PT1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6242
ポリマ－117,6242
非ポリマー00
水00
1
A: I53-50A.1NT1
B: I53-50B.4PT1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,057,415120
ポリマ－7,057,415120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: I53-50A.1NT1
B: I53-50B.4PT1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 588 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)588,11810
ポリマ－588,11810
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: I53-50A.1NT1
B: I53-50B.4PT1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 706 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)705,74212
ポリマ－705,74212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 I53-50A.1NT1


分子量: 99386.711 Da / 分子数: 1 / 断片: fusion of BG505 SOSIP.664 + GSG linker + I53-50A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6*PLUS
#2: タンパク質 I53-50B.4PT1


分子量: 18236.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Two-component self-assembling nanoparticle consisting of BG505 SOSIP-I53-50A.1NT1 and I53-50B.4PT1COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2I53-50A.1NT1COMPLEX#11RECOMBINANT
3I53-50B.4PT1COMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12synthetic construct (人工物)32630
23synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Homo sapiens (ヒト)9606HEK293F
23Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)1182032
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 10 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
12RELION2３次元再構成
13Rosettaモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
15Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3590 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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