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- PDB-6p5v: Structure of DCN1 bound to N-((4S,5S)-7-ethyl-4-(4-fluorophenyl)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p5v
タイトルStructure of DCN1 bound to N-((4S,5S)-7-ethyl-4-(4-fluorophenyl)-3-methyl-6-oxo-1-phenyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)-3-methylbenzamide
要素Lysozyme,DCN1-like protein 1 fusion
キーワードLIGASE / E3 Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process ...positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / Neddylation / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : ...Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O37 / Endolysin / DCN1-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.398 Å
データ登録者Guy, R.K. / Kim, H.S. / Hammill, J.T. / Scott, D.C. / Schulman, B.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Novel Pyrazolo-pyridone DCN1 Inhibitors Controlling Cullin Neddylation.
著者: Kim, H.S. / Hammill, J.T. / Scott, D.C. / Chen, Y. / Min, J. / Rector, J. / Singh, B. / Schulman, B.A. / Guy, R.K.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme,DCN1-like protein 1 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9123
ポリマ－44,3071
非ポリマー6052
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.310, 96.985, 60.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme,DCN1-like protein 1 fusion / DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / ...DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / Squamous cell carcinoma-related oncogene


分子量: 44307.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: e, T4Tp126, DCUN1D1, DCUN1L1, RP42, SCCRO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: Q96GG9, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-O37 / N-[(4S,5S)-1-[(1S)-cyclohex-3-en-1-yl]-7-ethyl-4-(4-fluorophenyl)-3-methyl-6-oxo-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl]-3-methylbenzamide


分子量: 486.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C29H31FN4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 7% PEG3350, 0.2M NH4Br

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.00232 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00232 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 72513 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.518 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 259468
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.453.30.5869950.7840.3540.6820.39391.8
1.45-1.513.60.41472380.8820.2480.4840.40395.2
1.51-1.583.60.27672730.9350.1670.3240.40895.2
1.58-1.663.50.18272110.9640.1140.2160.42694.3
1.66-1.763.60.12269750.9840.0740.1440.43590.9
1.76-1.93.70.08673360.9920.050.10.47696.5
1.9-2.093.60.05374640.9970.0320.0620.55397.3
2.09-2.393.40.03570430.9980.0220.0420.67492.1
2.39-3.023.80.02775460.9990.0160.0320.81798.4
3.02-503.60.0274320.9990.0120.0240.55395.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V86

5v86


解像度: 1.398→37.128 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 3450 4.76 %
Rwork0.1712 69019 -
obs0.1728 72469 94.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.68 Å2 / Biso mean: 27.3644 Å2 / Biso min: 11.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.398→37.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 0 85 419 3514
Biso mean--30.6 35.28 -
残基数----373
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3976-1.41680.31661170.28182477259485
1.4168-1.4370.29281220.24052717283993
1.437-1.45850.26571570.21322717287495
1.4585-1.48130.21551580.18272782294095
1.4813-1.50560.24561140.17362769288396
1.5056-1.53150.23651600.17152759291995
1.5315-1.55940.21861260.17232767289395
1.5594-1.58940.23951440.16152786293095
1.5894-1.62180.20761310.15582758288995
1.6218-1.65710.19731420.1562715285794
1.6571-1.69560.23721230.15832427255083
1.6956-1.7380.22541300.16272776290695
1.738-1.7850.2121520.16122817296996
1.785-1.83750.20011300.1652836296697
1.8375-1.89680.22731350.16822802293797
1.8968-1.96460.22131490.1682846299597
1.9646-2.04330.21911280.16112842297098
2.0433-2.13630.22281460.16042836298297
2.1363-2.24890.20921390.15792816295596
2.2489-2.38980.17661270.15072497262486
2.3898-2.57420.22141380.16562872301098
2.5742-2.83320.1941600.17542852301298
2.8332-3.2430.2021290.17712943307299
3.243-4.0850.16941510.16212854300597
4.085-37.14150.20571420.19252756289893

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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