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- PDB-6p4n: Salmonella typhi PltB Homopentamer with Neu5Ac-alpha-2-6-Gal-beta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p4n
タイトルSalmonella typhi PltB Homopentamer with Neu5Ac-alpha-2-6-Gal-beta-1-4-GlcNAc Glycans
要素Putative pertussis-like toxin subunit
キーワードTOXIN / PltB
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6'-sialyl-N-acetyllactosamine / Pertussis-like toxin subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nguyen, T. / Milano, S.K. / Hillpot, E.C. / Yang, Y.A. / Song, J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI137345 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI139625 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI141514 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R03 AI135767 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Salmonella Typhoid Toxin PltB Subunit and Its Non-typhoidal Salmonella Ortholog Confer Differential Host Adaptation and Virulence.
著者: Lee, S. / Yang, Y.A. / Milano, S.K. / Nguyen, T. / Ahn, C. / Sim, J.H. / Thompson, A.J. / Hillpot, E.C. / Yoo, G. / Paulson, J.C. / Song, J.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative pertussis-like toxin subunit
B: Putative pertussis-like toxin subunit
C: Putative pertussis-like toxin subunit
D: Putative pertussis-like toxin subunit
E: Putative pertussis-like toxin subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5518
ポリマ－81,5275
非ポリマー2,0243
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12450 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.736, 98.483, 105.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative pertussis-like toxin subunit / PltB Protein


分子量: 16305.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
遺伝子: STY1891, t1107 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Z6A3
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 26% PEG1500, Sodium actetate pH 4.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.87 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 79595 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 3755 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829精密化
HKL-2000717データ削減
HKL-2000717データスケーリング
PHENIX1.10.1-2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→49.694 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1962 2002 2.54 %
Rwork0.1766 --
obs0.1771 78962 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4425 0 138 291 4854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9176683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7233859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006836
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6968-1.73930.24851410.19625122X-RAY DIFFRACTION94
1.7393-1.78630.21741300.17925441X-RAY DIFFRACTION99
1.7863-1.83890.18461490.17765395X-RAY DIFFRACTION99
1.8389-1.89820.20881330.18235458X-RAY DIFFRACTION99
1.8982-1.96610.2111540.18095436X-RAY DIFFRACTION99
1.9661-2.04480.23061300.18415462X-RAY DIFFRACTION100
2.0448-2.13780.2251470.18245488X-RAY DIFFRACTION100
2.1378-2.25060.22781440.17845494X-RAY DIFFRACTION100
2.2506-2.39160.18851300.18135513X-RAY DIFFRACTION100
2.3916-2.57620.21231510.18915522X-RAY DIFFRACTION100
2.5762-2.83540.21571420.18915545X-RAY DIFFRACTION100
2.8354-3.24570.22041480.19375596X-RAY DIFFRACTION100
3.2457-4.08890.16561500.17345639X-RAY DIFFRACTION100
4.0889-49.71560.15741530.14645849X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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