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- PDB-6p4e: Leishmania mexicana CPB in complex with an aza-nitrile inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p4e
タイトルLeishmania mexicana CPB in complex with an aza-nitrile inhibitor
要素Cysteine proteinase B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / endopeptidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteolysis involved in protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. ...Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-GES / Cysteine proteinase B
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Ribeiro, J.F.R. / Li, C. / De Vita, D. / Emsley, J. / Montanari, C.A.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Other governmentCAPES AUXPE 139/2015 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High Resolution X-Ray Crystal Structures of LmCPB2.8 Co-Crystalized with Dipeptidyl Aza-nitrile Inhibitor and Structure Activity Relationships
著者: Ribeiro, J.F.R. / De Vita, D. / Li, C. / Emsley, J. / Montanari, C.A.
履歴
登録2019年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr ...database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine proteinase B
B: Cysteine proteinase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,90415
ポリマ－46,4202
非ポリマー1,48413
水8,899494
1
A: Cysteine proteinase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9507
ポリマ－23,2101
非ポリマー7406
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cysteine proteinase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9548
ポリマ－23,2101
非ポリマー7447
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.636, 82.636, 134.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-306-

TRS

21B-306-

TRS

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cysteine proteinase B


分子量: 23210.004 Da / 分子数: 2 / 変異: N61D, D62N, D65S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
遺伝子: LMCPB, LMCPB2.8 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): ArcticExpress (DE3) competent cells
参照: UniProt: P36400, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

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非ポリマー , 6種, 507分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GES / 3-tert-butyl-N-[(2S)-1-(2-cyano-1,2-dimethylhydrazinyl)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1-methyl-1H-pyrazole-5-carboxamide (non-preferred name)


分子量: 362.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Tris 0.1M pH8, MPD 65%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→71.56 Å / Num. obs: 112897 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / CC1/2: 0.962 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.398 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 10475 / CC1/2: 0.45 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3kku

3kku


解像度: 1.35→71.56 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 5630 5 %Random selection
Rwork0.1899 ---
obs0.1911 112632 98.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→71.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3251 0 102 494 3847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1414935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0981306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007637
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3498-1.36520.3541530.32713187X-RAY DIFFRACTION89
1.3652-1.38120.30561720.30383385X-RAY DIFFRACTION93
1.3812-1.39810.33481740.29183406X-RAY DIFFRACTION95
1.3981-1.41580.30672100.29753406X-RAY DIFFRACTION96
1.4158-1.43440.3371780.30033566X-RAY DIFFRACTION97
1.4344-1.45410.28141860.27213536X-RAY DIFFRACTION99
1.4541-1.47480.30681870.25663603X-RAY DIFFRACTION100
1.4748-1.49690.27411750.24133599X-RAY DIFFRACTION100
1.4969-1.52030.26091970.2423637X-RAY DIFFRACTION100
1.5203-1.54520.27641860.23913559X-RAY DIFFRACTION100
1.5452-1.57180.25662320.23143592X-RAY DIFFRACTION100
1.5718-1.60040.25711630.22543609X-RAY DIFFRACTION100
1.6004-1.63120.27981810.22263628X-RAY DIFFRACTION100
1.6312-1.66450.24962120.2263568X-RAY DIFFRACTION100
1.6645-1.70070.24881800.22073589X-RAY DIFFRACTION100
1.7007-1.74030.25371820.21613609X-RAY DIFFRACTION100
1.7403-1.78380.2382030.22133562X-RAY DIFFRACTION100
1.7838-1.8320.23281860.2123608X-RAY DIFFRACTION100
1.832-1.88590.22981830.20813628X-RAY DIFFRACTION100
1.8859-1.94680.2241940.20583559X-RAY DIFFRACTION100
1.9468-2.01640.22971730.20133638X-RAY DIFFRACTION100
2.0164-2.09710.21611610.19243576X-RAY DIFFRACTION100
2.0971-2.19260.19431800.1813635X-RAY DIFFRACTION100
2.1926-2.30820.19311720.17463636X-RAY DIFFRACTION100
2.3082-2.45280.211890.16463592X-RAY DIFFRACTION100
2.4528-2.64220.18192060.15453601X-RAY DIFFRACTION100
2.6422-2.90810.1821810.15093610X-RAY DIFFRACTION100
2.9081-3.32890.15711920.13973631X-RAY DIFFRACTION100
3.3289-4.1940.14252220.12293601X-RAY DIFFRACTION100
4.194-71.66540.17812200.15753646X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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