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- PDB-6p45: Crystal structure of the G-quadruplex formed by (TGGGT)4 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p45
タイトルCrystal structure of the G-quadruplex formed by (TGGGT)4 in complex with N-methylmesoporphryin IX
要素DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / parallel G-quadruplex / N-methymesoporphyrin IX / end-stacking / TT propeller loops
機能・相同性: / N-METHYLMESOPORPHYRIN / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.339 Å
データ登録者Yatsunyk, L.A. / Lin, L.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1R15CA208676-01A1 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Biophysical and X-ray structural studies of the (GGGTT)3GGG G-quadruplex in complex with N-methyl mesoporphyrin IX.
著者: Lin, L.Y. / McCarthy, S. / Powell, B.M. / Manurung, Y. / Xiang, I.M. / Dean, W.L. / Chaires, B. / Yatsunyk, L.A.
履歴
登録2019年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0359
ポリマ－12,6782
非ポリマー1,3577
水724
1
A: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, determined purity and oligomerization state, isothermal titration calorimetry, determined binding constants and thermodynamics of binding, native gel ...根拠: equilibrium centrifugation, determined purity and oligomerization state, isothermal titration calorimetry, determined binding constants and thermodynamics of binding, native gel electrophoresis, determined purity and homogeneity of the samples, mass spectrometry, determined binding stoichiometry and binding constants
  • 7.04 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0375
ポリマ－6,3391
非ポリマー6984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9984
ポリマ－6,3391
非ポリマー6593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.280, 59.280, 63.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 6339.056 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-MMP / N-METHYLMESOPORPHYRIN / 3,8,13,17,23-ペンタメチル-7,12-ジエチル-21H,23H-ポルフィリン-2,18-ジプロパン酸


分子量: 580.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H40N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 3.5 M lithium chloride, 0.03 M magnesium chloride, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.339→51.34 Å / Num. obs: 5377 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 71.28 Å2 / CC1/2: 1 / R split: 0.039 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.339→2.423 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 498 / CC1/2: 0.367 / % possible all: 92.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FXM

4fxm


解像度: 2.339→51.338 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 27.08
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 535 9.99 %Random selection
Rwork0.2001 ---
obs-5355 98.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.339→51.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 783 75 4 862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7441479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d36.511384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00842
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3392-2.57460.2951290.26891175X-RAY DIFFRACTION97
2.5746-2.94710.31881410.281199X-RAY DIFFRACTION100
2.9471-3.71290.21031290.19791213X-RAY DIFFRACTION99
3.7129-51.35030.20811360.18341233X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.7873 Å / Origin y: 1.528 Å / Origin z: 0.6068 Å
111213212223313233
T0.4032 Å20.023 Å20.0241 Å2-0.4114 Å20.0935 Å2--0.6725 Å2
L10.8955 °2-2.4376 °2-0.7208 °2-8.063 °22.8575 °2--11.8098 °2
S-0.4673 Å °0.0675 Å °-0.2748 Å °0.5059 Å °0.3469 Å °0.5035 Å °0.6098 Å °-0.2433 Å °0.0847 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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