PDB-6p3z: Crystal Structure of Full Length APOBEC3G E/Q (pH 5.2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p3z

タイトル

Crystal Structure of Full Length APOBEC3G E/Q (pH 5.2)

要素

Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / APOBEC3G / HIV / Cytidine Deaminases

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / : / DNA cytosine deamination / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.844 Å

データ登録者

Yang, H.J. / Li, S.X. / Chen, X.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Understanding the structural basis of HIV-1 restriction by the full length double-domain APOBEC3G.
著者: Yang, H. / Ito, F. / Wolfe, A.D. / Li, S. / Mohammadzadeh, N. / Love, R.P. / Yan, M. / Zirkle, B. / Gaba, A. / Chelico, L. / Chen, X.S.

履歴

登録	2019年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p3z.cif.gz	314 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p3z.ent.gz	253.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6p3z_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p3z_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6p3z_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	6p3z_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/6p3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/6p3z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p3xC 6p3yC 6p40C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p3y-d 6p3x-d 6uup-d 3f7u-d 3laq-d 5ltw-1 1ao5-1 3ayt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G

B: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G

ヘテロ分子

90.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

2

A: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.788, 153.513, 67.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 4 through 23 or resid 25...
2	1	(chain B and (resid 4 through 23 or resid 25...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	ASN	ASN	(chain A and (resid 4 through 23 or resid 25...	A	A	4 - 23	11 - 30
1	2	PRO	PRO	THR	THR	(chain A and (resid 4 through 23 or resid 25...	A	A	25 - 41	32 - 48
1	3	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain A and (resid 4 through 23 or resid 25...	A	A	43 - 190	50 - 193
1	4	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain A and (resid 4 through 23 or resid 25...	A	A	192 - 193	195 - 196
1	5	HIS	HIS	HIS	HIS	(chain A and (resid 4 through 23 or resid 25...	A	A	195 - 328	198 - 331
1	6	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain A and (resid 4 through 23 or resid 25...	A	A	330 - 372	333 - 375
1	7	LEU	LEU	ZN	ZN	(chain A and (resid 4 through 23 or resid 25...	A	A - C	374 - 701	377
2	1	GLN	GLN	ASN	ASN	(chain B and (resid 4 through 23 or resid 25...	B	B	4 - 23	11 - 30
2	2	PRO	PRO	THR	THR	(chain B and (resid 4 through 23 or resid 25...	B	B	25 - 41	32 - 48
2	3	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain B and (resid 4 through 23 or resid 25...	B	B	43 - 190	50 - 193
2	4	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain B and (resid 4 through 23 or resid 25...	B	B	192 - 193	195 - 196
2	5	GLN	GLN	ZN	ZN	(chain B and (resid 4 through 23 or resid 25...	B	B - D	4 - 701	11
2	6	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain B and (resid 4 through 23 or resid 25...	B	B	330 - 372	333 - 375
2	7	LEU	LEU	ZN	ZN	(chain B and (resid 4 through 23 or resid 25...	B	B - D	374 - 701	377

#1: タンパク質	Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G 分子量: 45187.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: APOBEC3G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1GSK9
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 50 mM MES, pH 5.2 1.7 M lithium sulfate 10 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月5日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 27992 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.85→2.95 Å / Num. unique obs: 2278

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.844→48.171 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2459	2012	7.2 %
R_work	0.2041	25951	-
obs	0.2071	27963	94.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.55 Å² / B_iso mean: 44.3038 Å² / B_iso min: 9.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.844→48.171 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6042	0	2	0	6044
B_iso mean	-	-	35.64	-	-
残基数	-	-	-	-	724

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2112	X-RAY DIFFRACTION	1.555	TORSIONAL
1	2	B	2112	X-RAY DIFFRACTION	1.555	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8445-2.9156	0.3083	114	0.2935	1420	1534	74
2.9156-2.9944	0.3559	118	0.289	1597	1715	81
2.9944-3.0825	0.3351	132	0.2682	1713	1845	86
3.0825-3.182	0.2541	137	0.2432	1782	1919	92
3.182-3.2957	0.2902	139	0.2353	1858	1997	96
3.2957-3.4276	0.2549	147	0.2174	1893	2040	96
3.4276-3.5836	0.2736	151	0.2072	1929	2080	98
3.5836-3.7724	0.2536	157	0.1923	1949	2106	99
3.7724-4.0087	0.2439	149	0.182	1959	2108	100
4.0087-4.318	0.1946	152	0.1674	1943	2095	100
4.318-4.7522	0.2223	154	0.1526	1965	2119	100
4.7522-5.439	0.1972	150	0.1658	1973	2123	100
5.439-6.8495	0.2389	153	0.2265	1994	2147	100
6.8495-48.1779	0.2269	159	0.2112	1976	2135	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5039	0.7354	-0.4706	3.2121	-0.2967	1.8037	-0.1052	0.0482	-0.2666	-0.5359	0.077	0.2184	0.3762	0.0988	0.0325	0.2833	0.0471	-0.0118	0.1543	-0.035	0.1506	-4.8825	-18.924	1.7988
2	1.9276	0.6478	-1.6898	2.3159	-0.255	4.6145	-0.0975	-0.0053	-0.0955	-0.0645	-0.0171	-0.075	0.3502	0.2622	0.05	0.413	0.036	0.0602	0.3025	-0.0264	0.1603	-7.5838	-4.6619	32.4082
3	2.4121	0.6859	0.172	4.1588	-0.3847	1.1516	-0.0472	0.1703	0.5251	-0.5711	0.1659	0.7825	-0.1652	-0.1188	0.0165	0.3324	0.0755	-0.0232	0.1939	0.0449	0.3361	-1.551	23.0204	-6.508
4	1.2549	0.674	0.1482	3.4899	-0.3036	1.2967	-0.0365	-0.1108	0.3077	-0.4605	0.0779	0.2397	-0.2246	-0.0194	-0.0161	0.1823	0.0324	-0.0467	0.1458	-0.0247	0.1548	5.5826	17.8332	-2.6948
5	5.5364	0.1189	0.0164	2.239	-0.3562	1.4119	-0.0872	-0.1391	0.278	0.0808	0.057	0.138	-0.0379	-0.1185	0.0154	0.1767	0.017	-0.0358	0.2682	-0.0083	0.3623	32.667	5.0329	6.3535

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 4 through 193 )	B	4 - 193
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 194 through 383 )	B	194 - 383
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 4 through 57 )	A	4 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 193 )	A	58 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 194 through 383 )	A	194 - 383

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関連情報:EMDBヘッダ

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