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- PDB-6p3c: E. coli fumarase mutant - T187A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p3c
タイトルE. coli fumarase mutant - T187A
要素Fumarate hydratase class II
キーワードLYASE / fumarase / metabolism / Krebs Cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / response to oxidative stress / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) ...Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Fumarate hydratase class II
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.459 Å
データ登録者May, J.F. / Bhattcharyya, B. / Weaver, T.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fumarase C variant at the active site
著者: May, J.F. / Bhattcharyya, B. / Weaver, T.M.
履歴
登録2019年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate hydratase class II
B: Fumarate hydratase class II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9914
ポリマ－102,6132
非ポリマー3782
水15,529862
1
A: Fumarate hydratase class II
B: Fumarate hydratase class II
ヘテロ分子

A: Fumarate hydratase class II
B: Fumarate hydratase class II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,9838
ポリマ－205,2264
非ポリマー7564
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area29530 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area55720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.065, 218.448, 86.649
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Fumarate hydratase class II / Fumarase C / Aerobic fumarase / Iron-independent fumarase


分子量: 51306.582 Da / 分子数: 2 / 変異: T187A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fumC, b1611, JW1603 / プラスミド: pASK40 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05042, fumarate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 862 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月24日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.459→30 Å / Num. obs: 170661 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 15.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.459→1.511 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.996 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 16898 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.271 / Rrim(I) all: 1.033 / % possible all: 99.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
autoPROCdata processing
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NZC

6nzc


解像度: 1.459→29.501 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1821 8576 5.03 %
Rwork0.1624 162062 -
obs0.1634 170638 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.8 Å2 / Biso mean: 20.5761 Å2 / Biso min: 9.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.459→29.501 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6960 0 26 862 7848
Biso mean--31.06 30.12 -
残基数----920
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.4591-1.47570.25473190.222353485667
1.4757-1.4930.2333030.208453245627
1.493-1.51120.21432630.199653405603
1.5112-1.53040.22212960.191753885684
1.5304-1.55050.20252740.187853805654
1.5505-1.57180.22082830.181953285611
1.5718-1.59420.21352720.176853855657
1.5942-1.6180.17332690.174753585627
1.618-1.64330.21632860.1753385624
1.6433-1.67020.18133060.164653745680
1.6702-1.6990.18582630.170653825645
1.699-1.72990.19062950.167753685663
1.7299-1.76320.21163000.176653415641
1.7632-1.79920.21382860.173353615647
1.7992-1.83830.19833090.172153985707
1.8383-1.8810.1952750.16753895664
1.881-1.92810.1762640.168753835647
1.9281-1.98020.18142930.170453835676
1.9802-2.03840.18673030.170653595662
2.0384-2.10420.1793210.165953495670
2.1042-2.17940.18092520.164854655717
2.1794-2.26660.18183190.159653385657
2.2666-2.36970.16572590.159954625721
2.3697-2.49460.19952820.167254155697
2.4946-2.65080.18882980.16754285726
2.6508-2.85530.17912920.163254335725
2.8553-3.14240.19092550.165854985753
3.1424-3.59640.17132890.155154835772
3.5964-4.52850.15542870.135155345821
4.5285-29.50730.16022630.150757305993

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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