PDB-6p2n: Crystal structure of Paenibacillus graminis GH74 (PgGH74)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p2n

タイトル

Crystal structure of Paenibacillus graminis GH74 (PgGH74)

要素

Xyloglucanase

キーワード

HYDROLASE / glycosyl hydrolase / GH74 / xyloglucanase / 7-fold beta-propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

xyloglucan metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellulose binding / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus graminis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Stogios, P.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Substrate specificity, regiospecificity, and processivity in glycoside hydrolase family 74.
著者: Arnal, G. / Stogios, P.J. / Asohan, J. / Attia, M.A. / Skarina, T. / Viborg, A.H. / Henrissat, B. / Savchenko, A. / Brumer, H.

履歴

登録	2019年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年9月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p2n.cif.gz	330 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p2n.ent.gz	261.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6p2n_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p2n_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	6p2n_validation.xml.gz	47.4 KB	表示
CIF形式データ	6p2n_validation.cif.gz	73.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p2kC 6p2lC 6p2mC 6p2oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mgk-4 6mgl-d 6mgj-8 3lk6-4 4xzh-d 6mgj-4 6mgj-7 2eja-d 6mgj-5 1r8g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Xyloglucanase

ヘテロ分子

80.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: scanning transmission electron microscopy

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.494, 86.214, 130.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Xyloglucanase 分子量: 80484.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenibacillus graminis (バクテリア) 遺伝子: PGRAT_12815 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A089M3R3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 5% (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.5% (w/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→35 Å / Num. obs: 136921 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 31
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.838 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6842 / CC_1/2: 0.567 / R_pim(I) all: 0.449 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15_3448: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.35→30.451 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.21

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1799	1954	1.51 %	RANDOM
R_work	0.1494	-	-	-
obs	0.1499	132007	87.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→30.451 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5618	0	21	1258	6897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	5924
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.289	8136
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.888	2067
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114	874
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.3673	0.2084	85	0.2286	5192	X-RAY DIFFRACTION	49
1.3673-1.3861	0.2526	94	0.2193	6284	X-RAY DIFFRACTION	61
1.3861-1.4059	0.2155	100	0.2255	7012	X-RAY DIFFRACTION	67
1.4059-1.4269	0.2395	116	0.2173	7676	X-RAY DIFFRACTION	74
1.4269-1.4491	0.2158	128	0.2164	8489	X-RAY DIFFRACTION	81
1.4491-1.4729	0.2558	143	0.2129	9079	X-RAY DIFFRACTION	87
1.4729-1.4983	0.2094	145	0.2042	9244	X-RAY DIFFRACTION	89
1.4983-1.5255	0.2255	143	0.1971	9368	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5255-1.5549	0.2322	145	0.1872	9609	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5549-1.5866	0.2224	146	0.1856	9464	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5866-1.6211	0.22	154	0.1796	9552	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6211-1.6588	0.1918	142	0.1736	9423	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6588-1.7003	0.2004	143	0.167	9462	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7003-1.7463	0.2103	143	0.1588	9349	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7463-1.7977	0.1996	146	0.1575	9251	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7977-1.8557	0.1856	141	0.1559	9309	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8557-1.922	0.1909	140	0.151	9317	X-RAY DIFFRACTION	89
1.922-1.9989	0.1559	139	0.1394	9449	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9989-2.0899	0.1584	147	0.1377	9527	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0899-2.2	0.1626	149	0.1384	9830	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2-2.3378	0.1519	157	0.1424	10020	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3378-2.5183	0.1965	162	0.1459	10292	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5183-2.7715	0.2017	155	0.1466	10379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7715-3.1722	0.1495	161	0.1388	10390	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1722-3.9952	0.1692	158	0.1179	10393	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9952-30.459	0.1631	154	0.1426	10201	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4641	-0.1562	-0.333	0.53	0.4335	1.0674	-0.0249	-0.0386	-0.0255	0.0443	0.0258	-0.1168	0.0856	0.1158	0.0026	0.1017	0.0046	-0.0034	0.1033	0.0053	0.1311	45.665	43.047	48.7526
2	1.5099	0.4444	-0.5631	1.1293	-0.4461	1.5424	-0.0219	-0.1346	-0.1537	0.0178	0.0096	-0.0436	0.1641	0.1052	-0.0269	0.0953	0.0003	-0.0149	0.0783	-0.0005	0.1092	44.1208	50.157	68.4477
3	0.5229	0.0688	0.072	0.546	0.5496	1.3384	-0.0067	0.0335	-0.0675	0.0437	-0.0635	0.0645	0.0918	-0.0796	0.0693	0.1056	0.0036	0.0092	0.112	-0.0029	0.1323	22.1413	41.8917	60.4614
4	5.0239	4.2332	3.0128	5.9383	6.0111	6.8971	-0.2522	0.1634	0.2151	0.1076	0.0281	0.3119	0.0328	-0.0181	0.2245	0.0999	0.0157	-0.0158	0.1544	0.0497	0.1562	24.7167	53.2211	48.3134
5	0.6234	-0.9201	-0.3528	1.8296	0.757	0.5112	0.0195	0.0864	-0.0444	-0.041	-0.0441	0.0748	-0.0369	-0.0969	0.0312	0.0707	-0.0059	-0.0025	0.1229	-0.0147	0.0928	30.1807	31.1224	40.8753
6	1.915	-0.5375	0.1965	1.0386	-0.0849	0.8056	0.0069	-0.0886	-0.1639	0.0912	-0.0171	0.1407	0.0765	-0.1228	0.0121	0.106	-0.021	0.0039	0.0805	-0.0072	0.1148	39.9977	5.5316	41.6548
7	1.6306	-0.1688	0.532	2.5347	0.0031	1.5011	0.0381	-0.1301	-0.0048	0.18	-0.0194	-0.2225	0.0601	0.0078	-0.0135	0.0668	0.0014	0.0103	0.0776	0.0024	0.1143	58.8794	17.5769	36.6126
8	1.7119	0.1518	-0.9068	1.6099	0.5727	1.9157	0.0439	-0.0755	0.108	-0.002	-0.0189	-0.0914	-0.12	-0.0043	-0.0157	0.0777	0.0112	0.0034	0.0573	0.0051	0.0914	50.2703	29.5179	33.6165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 34:160)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 161:263)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 264:417)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 418:423)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 424:506)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 507:638)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 639:735)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 736:781)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)