PDB-6p2a: Chimera of bacteriophage OBP gp146 central spike protein and a T4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p2a

タイトル

Chimera of bacteriophage OBP gp146 central spike protein and a T4 gp5 beta-helix fragment

要素

CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

キーワード

VIRAL PROTEIN / Bacteriophage OBP / membrane piercing / central spike / cell puncturing device / beta helix / T4 gp5 / contractile injection system

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

Pseudomonas phage OBP (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Chimera of bacteriophage OBP gp146 central spike protein and a T4 gp5 beta-helix fragment
著者: Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

履歴

登録	2019年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2025年7月23日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6p2a.ent.gz	448.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6p2a_full_validation.pdf.gz	1003.5 KB	表示
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CIF形式データ	6p2a_validation.cif.gz	80.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jj2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4o8w-1 3vac-1 1w3a-d 6p22-d 3vac-2 2hb0-2 5wix-d 2hb0-1 7bxx-1 6mhj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
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リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (4)
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フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

B: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

C: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

D: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

E: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

F: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

ヘテロ分子

92.9 kDa, 6 ポリマー
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1

A: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

B: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

C: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.5 kDa, 3 ポリマー
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2

D: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

E: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

F: CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	140.013, 140.013, 63.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5 / Peptidoglycan hydrolase gp5 / Protein Gp5 分子量: 15188.354 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Pseudomonas phage OBP (ファージ) プラスミド: PEEVA2 / 遺伝子: 5, OBP_146 / 詳細 (発現宿主): a PET-23A DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P16009, UniProt: G9IA38, lysozyme

#1: タンパク質

CHIMERA OF BACTERIOPHAGE OBP GP146 AND A T4 GP5 / Peptidoglycan hydrolase gp5 / Protein Gp5

分子量: 15188.354 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現)

Pseudomonas phage OBP (ファージ)
プラスミド: PEEVA2 / 遺伝子: 5, OBP_146 / 詳細 (発現宿主): a PET-23A DERIVATIVE / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P16009, UniProt: G9IA38, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 1208分子

#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ELA / Elaidic acid / 9-OCTADECENOIC ACID / エライジン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	N
配列の詳細	T4 GP5 BETA HELIX FRAGMENT GP5G484-S559 EXTENDED BY A K259-A326 C-TERMINAL FRAGMENT FROM OBP GP146

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG3350 18-20% 100 mM Ammonium citrate / PH範囲: 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月3日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.502 Å / Num. obs: 193033 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.72 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.02825 / R_pim(I) all: 0.02825 / R_rim(I) all: 0.03996 / Net I/σ(I): 19.65
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 4.43 / Num. unique obs: 19193 / CC_1/2: 0.922 / R_pim(I) all: 0.175 / R_rim(I) all: 0.2475 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS	March 30, 2013	データ削減
XDS	March 30, 2013	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JJ2

4jj2

解像度: 1.9→49.502 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 13.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1579	9454	5 %
R_work	0.1266	-	-
obs	0.1282	188939	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6328	0	120	1198	7646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	7228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	9841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.044	4193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1346

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2408	312	0.2306	5982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9216-1.9442	0.2208	316	0.1982	6029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9442-1.9679	0.1806	315	0.1655	5967	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.1806	312	0.1542	5908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.0191	0.1898	318	0.1426	6029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0467	0.1588	313	0.1324	6006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.076	0.1773	311	0.1327	5955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.076-2.107	0.1863	318	0.1369	6030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.107-2.1399	0.1652	315	0.1382	5950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1399-2.175	0.1685	322	0.1273	5978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.2125	0.1592	309	0.1191	5917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2125-2.2527	0.1564	321	0.1171	6053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.296	0.1488	318	0.1099	5993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3429	0.1338	314	0.106	5932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.3938	0.1454	312	0.1063	5966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4495	0.1542	322	0.1136	6064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5108	0.1622	311	0.1212	5952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5108-2.5787	0.1531	314	0.1151	5944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5787-2.6545	0.153	321	0.116	6036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7402	0.1617	320	0.1218	6026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.1674	311	0.1173	5909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9518	0.1392	317	0.1097	6010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9518-3.0861	0.1503	314	0.1129	5983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0861-3.2488	0.1517	318	0.1143	5990	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2488-3.4522	0.14	314	0.1129	5957	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4522-3.7187	0.1365	317	0.109	6021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7187-4.0928	0.1514	314	0.1212	5947	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0928-4.6846	0.1176	313	0.1004	5983	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6846-5.9006	0.1458	311	0.1331	6021	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9006-49.5189	0.2433	311	0.2175	5947	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	0.001	-0.001	0.0204	-0.0224	0.025	-0.0621	0.0008	-0.019	-0.0045	-0.0015	-0.0264	0.0532	-0.0339	-0.0912	0.3961	0.1098	-0.0867	0.3373	-0.2225	0.4818	-37.0415	8.6237	31.1589
2	0.1099	-0.0542	0.0305	0.1376	-0.0205	0.0088	0.023	0.0112	0.0205	-0.0102	0.001	-0.0403	0.0205	0.0044	0.0909	0.4658	0.1158	0.1002	0.3565	-0.1801	0.3645	-29.4851	24.1694	26.2484
3	0.0134	-0.0134	-0.0136	0.063	0.0168	0.0136	0.0065	0.0202	-0.0142	-0.0741	-0.0156	0.0233	-0.0222	-0.0288	0.0013	0.3102	0.0861	-0.0653	0.3028	-0.2304	0.3918	-46.4846	21.8616	29.9578
4	0.0599	-0.0027	0.0078	0.0069	-0.0176	0.0469	0.0932	0.0108	0.0244	-0.0495	0.0235	-0.0291	-0.1064	0.0366	0.0846	0.3169	0.1082	0.0071	0.2412	-0.1508	0.3008	-33.8665	25.9832	41.0963
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50	0.0125	0.0083	-0.0049	0.0056	-0.0032	0.0021	0.038	-0.0419	0.0373	0.0764	0.0195	0.014	0.0179	0.0732	0.0793	0.6184	0.1911	-0.0462	0.5128	-0.283	0.5404	-23.0777	64.6032	72.6625
51	0.0746	-0.0335	0.0341	0.0169	-0.0124	0.0196	-0.002	-0.056	0.0475	0.0622	0.0415	-0.0221	-0.0047	-0.0094	0.0409	0.5418	0.2186	0.1306	0.5133	-0.0864	0.3632	-29.8713	47.6682	75.2317
52	0.0038	-0.0053	-0.0007	0.0179	-0.0026	0.0205	0.0172	-0.0323	0.0174	0.0105	0.0717	0.0051	0.0424	0.0268	0.0257	0.3917	0.0981	0.0032	0.2667	-0.1172	0.3732	-25.6974	56.2674	59.7283
53	0.1006	-0.0427	0.0246	0.0194	-0.0064	0.0192	-0.1427	-0.0934	-0.0196	0.1132	0.0658	-0.0192	0.0655	0.034	-0.0717	0.3923	0.1487	-0.0017	0.3618	-0.1646	0.2928	-15.0209	46.0394	68.9465
54	0.0118	-0.0061	0.0049	0.0284	0.0163	0.0239	-0.1115	-0.0058	-0.0563	0.0544	-0.0082	0.1051	0.0318	-0.0136	-0.0495	0.3314	0.0691	0.0836	0.2708	-0.0444	0.2886	-25.1518	41.4966	56.6906
55	0.0528	0.0173	-0.0109	0.0929	-0.1109	0.1345	0.0118	-0.0099	0.0456	-0.0228	0.1105	-0.047	-0.0173	0.0844	0.0581	0.2657	0.0497	-0.0569	0.2041	-0.1143	0.269	-9.5712	44.9437	55.1124
56	0.036	-0.0125	0.0046	0.0098	0.0069	0.013	-0.1317	-0.0611	-0.0465	0.0867	0.0564	0.0848	0.0586	0.037	-0.034	0.2338	0.0574	0.0575	0.1704	-0.0519	0.227	-15.7587	30.4216	55.3103
57	0.0034	0.0004	0.0023	0.0032	0.0021	0.0025	0.0535	0.0017	0.0389	0.0038	-0.0041	-0.037	-0.0725	-0.0258	-0	0.216	0.0165	-0.0161	0.1977	-0.0633	0.2566	-8.9807	37.0037	43.4774
58	0.1086	-0.0364	0.1003	0.0361	-0.0106	0.117	-0.0492	-0.0007	0.1171	-0.0172	-0.0075	0.0262	-0.0454	0.0532	-0.0295	0.1374	0.0065	0.0009	0.1193	-0.021	0.1444	-1.4585	20.2896	36.741
59	0.0178	-0.0082	0.0082	0.0277	-0.0033	0.0034	0.0094	-0.0445	-0.0344	-0.072	0.019	-0.0758	0.0013	0.096	-0	0.1299	-0.0081	0.0238	0.1521	-0.0026	0.128	15.1071	2.7028	20.746

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 483 through 492 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 493 through 502 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 503 through 512 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 513 through 522 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 523 through 532 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 533 through 542 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 543 through 552 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 553 through 562 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 563 through 602 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 603 through 627 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 483 through 492 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 493 through 502 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 503 through 512 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 513 through 522 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 523 through 532 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 533 through 542 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 543 through 552 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 553 through 562 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 563 through 602 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 603 through 627 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 482 through 511 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 512 through 521 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 522 through 531 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 532 through 541 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 542 through 551 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 552 through 571 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 572 through 601 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 602 through 614 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 615 through 627 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 483 through 492 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 493 through 502 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 503 through 512 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 513 through 522 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 523 through 532 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 533 through 542 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 543 through 552 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 553 through 572 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 573 through 602 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 603 through 627 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 483 through 492 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 493 through 502 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 503 through 512 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 513 through 522 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 523 through 532 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 533 through 542 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 543 through 552 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'E' and (resid 553 through 562 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'E' and (resid 563 through 602 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'E' and (resid 603 through 627 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 483 through 492 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 493 through 502 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 503 through 512 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 513 through 522 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'F' and (resid 523 through 532 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'F' and (resid 533 through 542 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'F' and (resid 543 through 552 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'F' and (resid 553 through 562 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'F' and (resid 563 through 602 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'F' and (resid 603 through 627 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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