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- PDB-6p20: Bacteriophage phiKZ gp163.1 PAAR repeat protein in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p20
タイトルBacteriophage phiKZ gp163.1 PAAR repeat protein in complex with a T4 gp5 beta-helix fragment modified to mimic the phiKZ central spike gp164
要素
  • Baseplate central spike complex protein gp5,PHIKZ164
  • PAAR-repeat central spike tip protein
キーワードVIRAL PROTEIN / bacteriophage / phiKZ / membrane piercing / central spike / cell puncturing device / PAAR-repeat motif / beta helix / T4 gp5 / Pseudomonas aeruginosa / contractile injection system
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity ...symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Gp5, C-terminal / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / PAAR motif / PAAR motif / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 ...Gp5, C-terminal / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / PAAR motif / PAAR motif / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
9-OCTADECENOIC ACID / PALMITIC ACID / STEARIC ACID / PHIKZ163.1 / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / PHIKZ164
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.749 Å
データ登録者Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_144243 スイス
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacteriophage phiKZ gp163.1 PAAR repeat protein in complex with a T4 gp5 beta-helix fragment modified to mimic the phiKZ central spike gp164
著者: Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: PAAR-repeat proteins sharpen and diversify the type VI secretion system spike.
著者: Shneider, M.M. / Buth, S.A. / Ho, B.T. / Basler, M. / Mekalanos, J.J. / Leiman, P.G.
#2: ジャーナル: Viruses / 年: 2015
タイトル: Structure and Biophysical Properties of a Triple-Stranded Beta-Helix Comprising the Central Spike of Bacteriophage T4.
著者: Buth, S.A. / Menin, L. / Shneider, M.M. / Engel, J. / Boudko, S.P. / Leiman, P.G.
履歴
登録2019年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate central spike complex protein gp5,PHIKZ164
B: Baseplate central spike complex protein gp5,PHIKZ164
C: Baseplate central spike complex protein gp5,PHIKZ164
D: PAAR-repeat central spike tip protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,60812
ポリマ－43,5844
非ポリマー1,0248
水10,701594
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29800 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.427, 66.597, 173.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Baseplate central spike complex protein gp5,PHIKZ164 / Peptidoglycan hydrolase gp5 / Protein Gp5


分子量: 11591.676 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
遺伝子: 5, PHIKZ164 / プラスミド: PEEVA2 / 詳細 (発現宿主): a PET-23A DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P16009, UniProt: Q8SCZ8, lysozyme
#2: タンパク質 PAAR-repeat central spike tip protein


分子量: 8809.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
プラスミド: pATE / 詳細 (発現宿主): A PACYCDUET-1 DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: L7T0L4

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非ポリマー , 7種, 602分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#5: 化合物 ChemComp-ELA / 9-OCTADECENOIC ACID / エライジン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細T4 gp5 beta helix fragment modified at the C-terminus to mimic gp164 of phiKZ phage. Chimera ...T4 gp5 beta helix fragment modified at the C-terminus to mimic gp164 of phiKZ phage. Chimera consists of a T4 gp5 fragment G484-S559 extended by a K262-T293 C-terminal fragment from phiKZ gp164

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20-30% PEG 3350 100 mM MES ph 6.5 200-350 mM Mg(NO3)2
PH範囲: 6-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY AND A TOROIDAL MIRROR (M2)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.749→50 Å / Num. obs: 77426 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.89 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 18.17
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique obs: 12230 / CC1/2: 0.807 / Rrim(I) all: 0.552 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSMarch 30, 2013データ削減
XDSMarch 30, 2013データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JJ2

4jj2


解像度: 1.749→36.384 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 18.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1914 2691 3.48 %
Rwork0.1477 --
obs0.1492 77378 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.749→36.384 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2995 0 66 594 3655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6434469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2131950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7491-1.78090.32921330.27893651X-RAY DIFFRACTION93
1.7809-1.81510.28781450.22873983X-RAY DIFFRACTION100
1.8151-1.85220.22711420.2133876X-RAY DIFFRACTION99
1.8522-1.89240.22131420.18233994X-RAY DIFFRACTION100
1.8924-1.93640.21691450.16393907X-RAY DIFFRACTION100
1.9364-1.98490.2041470.15383970X-RAY DIFFRACTION100
1.9849-2.03850.21181440.15613958X-RAY DIFFRACTION100
2.0385-2.09850.18291410.14773883X-RAY DIFFRACTION100
2.0985-2.16620.2171460.14054015X-RAY DIFFRACTION100
2.1662-2.24360.16781410.13953944X-RAY DIFFRACTION100
2.2436-2.33350.18331480.1343978X-RAY DIFFRACTION100
2.3335-2.43960.2011460.143949X-RAY DIFFRACTION100
2.4396-2.56820.19391380.14183920X-RAY DIFFRACTION100
2.5682-2.72910.18611400.14143976X-RAY DIFFRACTION100
2.7291-2.93970.16171440.1323931X-RAY DIFFRACTION100
2.9397-3.23540.20121350.13893963X-RAY DIFFRACTION100
3.2354-3.70320.19911370.12423964X-RAY DIFFRACTION100
3.7032-4.66410.16051320.12033903X-RAY DIFFRACTION99
4.6641-36.39230.17521450.18223922X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.31390.3677-0.61430.339-0.18880.16270.0966-0.34760.2727-0.0313-0.01940.11440.3197-0.04090.02380.4338-0.01350.0170.32820.05710.19458.3349-18.9198-7.419
20.38860.12840.08590.4074-0.01040.46190.07-0.0132-0.02080.0797-0.26440.03470.2214-0.0308-0.27190.32910.0020.11490.23380.00530.1913-7.6995-18.0433-13.5789
30.1281-0.11580.05830.30610.23780.4429-0.0247-0.0082-0.02530.10840.03740.00090.10180.0148-0.00010.2095-0.00350.06340.1987-0.0110.21060.3666-17.5869-31.8158
40.05450.0018-0.00410.0324-0.04410.05930.00370.0831-0.1033-0.1085-0.0639-0.02940.12420.068600.2234-0.01440.0640.2071-0.01290.18265.2372-14.5771-49.4614
50.0366-0.0066-0.00470.03210.00930.0343-0.0533-0.00820.0836-0.06780.00780.00220.1334-0.0772-0.00050.1944-0.00370.04640.1922-0.03190.219-2.7829-26.9376-54.9718
60.033-0.00660.05460.05230.01340.0998-0.0750.0173-0.0156-0.07630.06070.0443-0.00910.0262-0.00120.1782-0.01560.05980.2039-0.01330.19212.0909-21.5395-65.1711
70.0001-0.00520.00220.2439-0.10120.042-0.0677-0.20410.11650.3075-0.0464-0.08680.31210.2181-0.00190.24890.0220.06930.2768-0.02930.1863-0.6174-6.0793-9.4016
80.0474-0.0164-0.00970.00830.00810.00970.1422-0.193-0.26820.2255-0.07440.02530.3690.1638-0.00010.42930.01470.040.30560.03370.28075.257-23.2757-13.2466
90.0945-0.0984-0.08470.181-0.00390.17570.0198-0.1962-0.05390.1442-0.00680.04310.07490.052200.2268-0.00740.05880.21780.00920.21720.7995-14.5832-23.6401
100.53760.2807-0.02180.1659-0.01320.0002-0.10490.11170.0598-0.0170.007-0.13060.29350.0132-0.03580.25050.03430.04870.2113-0.02950.1794-4.1768-24.2166-31.0894
110.4643-0.1534-0.10170.1678-0.01050.1202-0.1242-0.20280.132-0.00910.0136-0.07940.0587-0.0083-0.08220.1633-0.00270.0720.2084-0.01950.21921.0962-10.9586-38.6213
120.01320.005-0.01720.0073-0.01870.0474-0.0954-0.04690.0167-0.10990.1013-0.14190.07660.0143-00.24110.00930.05530.1835-0.02640.25254.5341-24.8487-42.9351
130.04750.01870.02810.00660.01080.0162-0.04730.05490.00150.17980.08460.08740.008-0.1571-00.233-0.02520.04140.2511-0.02660.2427-5.0067-15.8932-50.152
140.1321-0.03550.10270.052-0.01650.0815-0.07250.13-0.0080.06380.1132-0.05410.0580.3004-0.0280.23210.00870.04770.202-0.04150.19217.6431-22.1888-56.126
150.048-0.0086-0.05250.0244-0.01250.0776-0.12870.0845-0.14430.1052-0.01460.08530.0704-0.0615-0.00010.2143-0.01190.04130.2495-0.01030.2804-5.9979-24.0528-61.7619
160.03180.01510.01070.0070.00470.0073-0.00640.08550.12050.05440.02910.02470.0737-0.0571-00.1863-0.01210.04970.2075-0.00810.17414.9443-16.364-69.0051
170.34550.01870.10280.1251-0.02020.03530.0573-0.31730.02020.1335-0.0877-0.01280.23190.0224-0.06160.3780.00210.0570.28980.05020.2017-6.68-20.0412-7.696
180.0050.02180.0130.09410.05670.03410.2023-0.042-0.0084-0.0335-0.1007-0.1151-0.0633-0.01350.00010.27340.00390.04510.2847-0.00280.24813.5233-7.875-15.2982
190.05110.0156-0.05950.0084-0.00830.09120.0485-0.0291-0.26530.1281-0.009-0.01540.21550.0491-0.00010.33720.04620.06430.22030.01370.24392.7036-25.5958-18.9094
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220.01380.01430.03520.03340.06320.12450.1038-0.03450.0187-0.1043-0.0065-0.1269-0.13030.041100.1969-0.02190.04690.1566-0.01240.17794.5581-13.0435-44.4834
230.0213-0.00780.01960.02660.01440.03780.09860.20950.22980.0433-0.14410.06580.10150.0345-0.00010.25380.02480.0680.25-0.00330.2945-0.6794-26.3806-49.1911
240.06530.1145-0.05110.24640.03110.34740.01160.0228-0.0101-0.0116-0.0246-0.0135-0.0030.013500.2218-0.01570.04790.2237-0.01940.214-0.7134-20.3729-62.8353
250.0321-0.01-0.03430.0623-0.01070.05040.08360.01680.0270.0813-0.11570.02-0.06520.0162-0.06610.15840.01260.05280.1946-0.0070.1294.7933-26.1393-82.6203
260.16360.0718-0.05750.13170.05840.0897-0.04270.04420.019-0.0246-0.0063-0.0805-0.0596-0.0031-00.1937-0.00510.05370.22080.00610.16494.5382-19.5801-83.4402
270.01770.0068-0.00240.01590.0590.26870.02450.03750.0379-0.0114-0.0564-0.01050.0508-0.0714-0.09620.3279-0.06030.16980.4534-0.07430.26030.0182-25.0233-102.6971
280.0463-0.01990.04440.049-0.00120.0498-0.09890.1792-0.0613-0.0985-0.14940.0467-0.02310.002-0.0010.2083-0.02010.05330.3364-0.01710.2345-4.3778-21.3091-89.1733
290.01430.0151-0.00120.01910.01090.0362-0.03320.04640.0006-0.109-0.1309-0.0518-0.1282-0.098-0.00020.1725-0.010.00570.2073-0.01450.1778-5.188-19.1905-77.051
300.02560.01080.00840.0173-0.00540.02330.01360.0879-0.2626-0.2158-0.17740.07320.1284-0.220.00020.2445-0.01960.0640.2741-0.0690.2462-4.1623-28.8075-84.9552
310.0480.05420.0070.20070.14110.126-0.16910.2166-0.29150.0684-0.0766-0.07210.32850.0062-0.01840.2104-0.01850.05720.2694-0.03630.1964-0.316-29.1663-82.9274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 482 through 491 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 492 through 501 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 502 through 551 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 552 through 561 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 562 through 571 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 572 through 591 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 483 through 492 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 493 through 502 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 503 through 522 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 523 through 532 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 533 through 542 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 543 through 552 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 553 through 562 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 563 through 572 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 573 through 582 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 583 through 591 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 483 through 492 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 493 through 502 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 503 through 512 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 513 through 532 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 533 through 542 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 543 through 552 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 553 through 562 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 563 through 591 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 2 through 11 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 12 through 41 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 42 through 46 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 47 through 56 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 57 through 66 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 67 through 71 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 72 through 88 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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